Принятие военной присяги, как и сегодня, предварял КМБ — «Курс молодого бойца» или, как назывался он тогда в Чугуевском училище, «Курс отдельного (от слова "отделение") бойца». Многим он давался непросто, но для здоровяка Кожедуба занятия по физической подготовке прошли почти незаметно. В училище он продолжал регулярные тренировки с пудовой, а затем и с привычной двухпудовой гирей. «Начал замечать, — вспоминал Кожедуб, — что мышцы становятся более рельефными и упругими, сила растет. Наш опытный физрук внимательно следил за моей тренировкой с двухпудовиком и часто говорил:

"Работайте, работайте! Сила истребителю в боях пригодится"».

Теоретические занятия включали несколько общеобразовательных предметов и целый ряд специальных — аэродинамику, штурманское дело, теорию авиации, конструкцию самолета, устройство мотора. Для этого имелись стенды, которые помогли изучить М-11, поднимавший в воздух У-2, М-22, стоявший на первых И-16.

Свободного времени фактически не было. Изредка удавалось выкроить пять минут, чтобы черкнуть несколько строчек домой: «Учимся. Летаем. Все нормально. Целую». Кино — по воскресеньям, вечером, отчего и отбой на час позже — в двенадцать.

Не прошло и полугода с момента поступления в училище, как курсант Кожедуб, выполнив полет с командиром звена старшим лейтенантом Зориным, после приземления получил команду:

— Останетесь в самолете. Полетите самостоятельно. Выполнять полет будете так же.

Успешно выполнив полет на учебно-тренировочном самолете УТ-2, он получил похвалу от инструктора Константина Ивановича Тачкина. Кожедуб вспоминает Тачкина как «молодого коренастого лейтенанта», «отличного инструктора, умелого методиста».

С началом Великой Отечественной войны старший лейтенант К.И. Тачкин ушел на фронт, в составе 296-го истребительного авиационного полка сражался на Сталинградском направлении и погиб в воздушном бою в конце 1942 года.

Полет на моноплане УТ-2 произвел на Ивана сильное впечатление, а в своей записной книжке он сделал пометку: «17 мая 1940 года. Полет на самолете УТ-2». Всего Кожедуб совершил 1166 вылетов на УТ-2, налетал на нем 162 часа 28 минут.

В конце мая курсанты приступили к полетам в зону и стали самостоятельно выполнять фигуры пилотажа. Первой такой фигурой, выполненной Кожедубом, стала «бочка» — вращение самолета вокруг продольной оси.

«Бочка», замечает Кожедуб, — «одна из тех фигур, которая требует особой собранности, точности действий, быстроты реакции… Чувство величайшего удовлетворения испытывает человек, управляя техникой в воздухе!».

В училище Кожедуб последовательно проходит подготовку на УТ-2, УТИ-4, И-16. В январе того же, 1941 года, совершив два чистых полета по кругу, он, к своему разочарованию, был выпущен в звании сержанта (а не лейтенанта) и оставлен в училище инструктором. В марте Чугуевское училище стало военной авиационной школой летчиков, и выпускало оно теперь не офицеров, а только сержантов.

Выпуск 1941 года был воистину великим выпуском Чугуевской школы. Школу окончили 54 будущих Героя Советского Союза, четверо будут удостоены этого звания дважды и один — трижды!

Разочарованный было своим назначением Иван быстро нашел забвение в летной работе. «Было бы можно, кажется, не вылезал бы из самолета. Сама техника пилотирования, шлифовка фигур доставляла мне ни с чем не сравнимую радость», — пишет Иван Никитович в своей книге.

После УТ-2 курсантам предстояло освоить учебно-тренировочный истребитель УТИ-4 с двойным управлением, созданный в КБ Поликарпова по типу И-16 — знаменитого и грозного, хотя уже и устаревшего истребителя. На этой машине Кожедуб произвел 2144 посадки, больше, чем на любом другом типе, налетал 327 часов и 46 минут. Больше он налетал только на Ла-5 — 357 часов и 43 минуты. Именно на УТИ-4 сформировался он как летчик. Хорошо освоил Иван Никитович и свой первый истребитель — И-16, совершив на нем 187 коротких учебно-тренировочных вылетов с налетом 26 часов 15 минут.

В августе 1941 года при взлете для учебно-тренировочного полета в зону из-за ошибки курсанта новенький УТИ-4, едва оторвавшись от земли, столкнулся с самолетом, совершавшим рулежку. Кожедуб и курсант Клочков получили травмы, на неделю угодили в госпиталь.В октябре школу эвакуируют в Узбекистан, в Манкент. Здесь, в сложных климатических условиях, наш герой продолжил инструкторскую работу. Была она, по воспоминаниям Кожедуба, непростой:

«Условия, в которых мы работали, были нелегкие. Вокруг аэродрома расстилались хлопковые плантации, журчали арыки, зеленели сады. Но нас очень разочаровал сам аэродром: гравий с землей, а сверху слой пыли. После взлета пыль на аэродроме поднималась столбом и долго не оседала.

…Моторы сильно нагревались от зноя. Пыль проникала всюду и вызывала преждевременный износ узлов, деталей. Приходилось с особенной тщательностью рассматривать и готовить к полетам материальную часть».

Большую помощь Кожедубу как аналитику воздушного боя оказал преподаватель тактики ВВС майор Владимир Максимович Гуринович. Гуринович собрал альбом по тактике ВВС — «отличное наглядное пособие», куда вклеивал вырезки из газет с описаниями воздушных боев, схемы боев, проведенных знакомыми боевыми летчиками. В условиях 1941 года такой «тактический альбом» был бесценен.

В начале ноября 1942 года инструкторы Чугуевской военной авиационной школы командиры звеньев И.Н. Кожедуб и П.М. Кучеренко, после неоднократных устных и письменных просьб, получили направление на пункт сбора летно-технического состава. Оттуда дорога была одна — на фронт.

Начальник школы майор Н.И. Богослов напутствовал их словами:

— Направляетесь в Москву, на пункт сбора летно-технического состава. Там и определится ваша служба. Надеюсь, скоро услышим о ваших боевых делах.

К началу своей боевой работы Кожедуб лично имел более 500 часов налета, из них около 50 часов на истребителях И-16 и Ла-5. Это была отличная летная подготовка.

Всю войну Кожедуб воевал на истребителях Лавочкина — Ла-5Ф, Ла-5ФН и Ла-7. Это был удивительный самолет, самый грозный истребитель советских ВВС с 1943 года и до конца войны. В этом полудеревянном самолете слились терпение, усилия и талант авиаконструкторов Лавочкина и Алексеева, Поликарпова и Гуревича, двигателистов Швецова и Валединского, Эвича и Бутусова, летчиков-испытателей Мищенко и Никашина, Якимова и Кубышкина. Он был создан на базе планера ЛаГГ-3 с использованием винтомоторной группы с несчастливого И-185, при скрытном противодействии заместителя наркома А.С. Яковлева, пытавшегося наладить на горьковском заводе № 21 производство Як-7. Трудно представить себе трудоемкость конструкторских и технологических работ, когда требовалось поставить по сути дела на тот же планер мотор в полтора раза шире и выше, на 40 процентов более тяжелый, чем предыдущий, да еще в условиях 1942 года.