По мере катастрофического развития событий на фронте поток тех, кто по разным причинам покидал расположение воинских частей или отрывался от них, нарастал. Один лишь пример: всего через две недели после начала войны, как констатировал нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов, целые группы краснофлотцев и даже некоторые командиры, самостоятельно «эвакуируясь» с линии фронта и из прифронтовой полосы, захватывая автомашины, «беспрепятственно и бесконтрольно» попадали не куда-нибудь, а в Ленинград.

Вскоре с объединением НКВД и НКГБ в единый Наркомат внутренних дел туда из Наркомата обороны была передана военная контрразведка. 17 июля 1941 г. постановлением ГКО № 187сс как в действующей армии, так и в военных округах органы 3-го управления НКО от отделений в дивизиях и выше были преобразованы в особые отделы НКВД, а само 3-е управление НКО — в Управление особых отделов НКВД СССР. В качестве главной задачи особых отделов на период войны были определены «решительная борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидация дезертирства в непосредственно прифронтовой полосе». Особые отделы получали право ареста дезертиров, а «в необходимых случаях» и расстрела их на месте. В их распоряжение выделялся личный состав из войск НКВД, а кроме того, всяческую поддержку им были обязаны оказывать начальники охраны войскового тыла, каковыми, к слову, были кадровые офицеры войск НКВД, преимущественно пограничных.

Для обеспечения оперативных мероприятий «по борьбе с дезертирами, трусами, паникерами, шпионами и диверсантами» при особых отделах в соответствии с приказом наркома внутренних дел Л.П. Берии к 25 июля 1941 г. были сформированы: в дивизиях и корпусах — отдельные стрелковые взводы, в армиях — отдельные стрелковые роты, во фронтах — отдельные стрелковые батальоны. Все они комплектовались личным составом войск НКВД, находившимся в подчинении начальников охраны тыла фронтов.

Используя эти части, особые отделы организовывали службу заграждения, выставляя засады, посты и дозоры на дорогах, путях движения беженцев и других коммуникациях. Каждого задержанного командира, красноармейца, краснофлотца проверяли. Если его признавали бежавшим с поля боя, то он подвергался немедленному аресту и по нему начиналось оперативное (не более чем 12-часовое) следствие для предания суду военного трибунала как дезертира. На особые отделы возлагалась обязанность приведения в исполнение приговоров военного трибунала, в том числе перед строем. В «особо исключительных случаях, когда обстановка требует принятия решительных мер для немедленного восстановления порядка на фронте», начальник особого отдела имел право расстрелять дезертиров на месте, о чем должен был туг же донести в особый отдел армии и фронта (флота). Военнослужащих, отставших от части по объективной причине, организованно в сопровождении представителя особого отдела направляли в штаб соответствующей дивизии.

Некоторые детали практической деятельности такого рода формирований раскрыл генерал-майор в отставке В.А. Абызов — командир одного из тех пограничных отрядов, которые с отступлением в глубь страны были обращены на создание частей охраны тыла армий Юго-Западного фронта. «Пограничные отряды — 92-й, 93-й, 94-й — после отхода с границы в июле 1941 года вышли на рубеж Житомир — Казатин — Михайловский хутор и были объединены в один сводный заградительный отряд... — вспоминал он. — Сводный отряд по мере сосредоточения выдвигался: на охрану тыла 5-й армии — 92-й погранотряд и 16-й мотострелковый полк НКВД и на охрану тыла 26-й армии — 94-й погранотряд и 6-й мотострелковый полк НКВД. Таким образом, на участке Казатин — Фастов выдвигались для несения заградительной службы вышеуказанные части. 93-й пограничный отряд, которым я продолжал одновременно командовать, оставался в Сквире и составлял резерв командира сводного отряда».

Но события развивались столь стремительно, что уже на следующий день пограничники были выдвинуты на передовую с задачей создать узел обороны у станции Попельня, чтобы сдержать наступление танковой группы Э. Клейста.

Спонтанный характер многих мер заградительного характера, принятых в первые недели войны, подтверждают и воспоминания бывшего заместителя начальника Главного управления военной контрразведки КГБ СССР генерал-лейтенанта в отставке А.И. Матвеева, в дни описываемых событий — начало августа 1941 г. — оперуполномоченного особого отдела 253-й стрелковой дивизии. В районе Кривого Рога при отходе полка, в составе которого находился оперуполномоченный, во время ночного марша «отдельные неустойчивые красноармейцы стали отставать от походной колонны с целью дезертирства. Что делать? Как приостановить этот опасный процесс? Опыта, конечно, никакого не было. Надо было принимать решение самому. Обсудили обстановку с командиром полка... Решили срочно сформировать заградительный отряд. Для этого использовали взвод конных разведчиков, усилив его коммунистами и комсомольцами.

Поставили задачу — задерживать всех отставших и обеспечить их передвижение отдельной группой. Оперативная задача была решена успешно, выявлены зачинщики и приняты необходимые меры».

Первый опыт деятельности заградительных отрядов показал, что она требует совершенствования. Управление ОО НКВД СССР констатировало, что проверка задержанных лиц проводится поверхностно, зачастую этим занимаются не оперативники, а обычные заградотрядовцы, не способные выявить немецкую агентуру из числа военнослужащих Красной Армии и переброшенных на советскую территорию под видом бежавших из плена.

Своей директивой от 28 июля 1941 г. начальник Управления ОО НКВД СССР заместитель наркома внутренних дел комиссар госбезопасности 3-го ранга B.C. Абакумов потребовал укрепить заградительные отряды кадрами опытных оперативных работников, на которых и возлагался опрос всех без исключения задержанных. Всех лиц, возвратившихся из плена, как задержанных заградительными отрядами, так и выявленных агентурным и другим путем, было предписано арестовывать и тщательно допрашивать об обстоятельствах пленения и побега или освобождения из плена.

С разоблаченной вражеской агентурой работали дальше, а военнослужащих, чью причастность к органам разведки противника следствие не выявило, — обратим особое внимание — из-под стражи освобождали и направляли на фронт. При этом, правда, за ними должны были постоянно наблюдать как особый отдел, так и комиссар части.

Борьба с уклонением военнослужащих от участия в боях пошла с новой силой после широко известного приказа Ставки ВГК № 270 от 16 августа 1941 г. «О случаях трусости и сдаче в плен и мерах по пресечению таких действий». Ставка обязывала командиров и комиссаров расстреливать на месте «дезертиров из начсостава» — командиров и политработников, «во время боя срывающих с себя знаки различия и дезертирующих в тыл или сдающихся в плен врагу». «Если дать волю этим трусам и дезертирам, — говорилось в приказе, — они в короткий срок разложат нашу армию и загубят нашу Родину. Трусов и дезертиров надо уничтожать».

Приказ был хорошо известен личному составу, поскольку был прочитан во всех ротах, батареях, эскадронах, эскадрильях и штабах. Поэтому красноармейцы и командиры имели ясное представление о самых радикальных мерах, которые применялись к дезертирам (разумеется, не только из числа начсостава) и тем, кто добровольно переходил на сторону противника.