Каждый военный округ проводил серьезную работу по пресечению шпионской деятельности на своей территории. В мае 1915 г. Верховный главнокомандующий вел. кн. Николай Николаевич отдал секретное повеление главе Петроградского военного округа М.Д. Бонч-Бруевичу скоординировать выявление и высылку потенциальных шпионов из всех районов, находившихся на военном положении. Военные обратились к местному населению с просьбой доносить обо всех подозрительных личностях, и вскоре штабы военных округов были завалены тысячами доносов[160]. Янушкевич придал ксенофобский характер этой кампании своими приказами, в которых, например, все лица, имеющие семейные или деловые связи с зарубежными странами, должны были подвергаться «строжайшему надзору» и немедленно высылаться при малейшем подозрении в неблагонадежности. Не удивительно, что гораздо чаще других в доносах фигурировали иностранцы, российско-подданные немцы и евреи.

Выселение на индивидуальной основе стало особенно существенным для протестантских и вообще всех неправославных религиозных общин. Война дала противникам самого существования этих общин новый эмоциональный аргумент: именно они якобы являлись частью германского заговора с целью разрушить Россию.[161] Командующий Одесским военным округом закрыл 20 евангелических конгрегации в первый же день войны и начал активно пресекать деятельность евангелистов и штундистов, включая высылку десятков их пасторов.[162] Три месяца спустя, т.е. вскоре после начала войны, министр внутренних дел недвусмысленно обвинил евангелистов, баптистов и адвентистов в том, что они воодушевлены «германизмом», и приказал закрыть большую часть их конгрегации и организаций, а также призвал губернаторов решительно пресекать их деятельность.[163] Борьба против организованных неправославных религиозных общин была особенно драматичной в прибалтийских губерниях, где она вполне очевидно накладывалась на межнациональную напряженность. Например, губернатор Курляндской губернии выслал большое количество немецких пасторов под весьма прозрачным предлогом ослабления германского влияния в протестантской церкви (де-факто усиливая в ней латвийское влияние).[164]

Репрессии по религиозному признаку также затронули многие национальности, которые при желании можно было бы назвать союзниками в борьбе с общим внешним врагом. Это прежде всего относилось к западным губерниям, где местные протестантские, баптистские и евангелистские общины постоянно жаловались на то, что власти выслали многих польских, латышских и литовских их членов. Глава польских евангелистов подчеркивал, что их община насчитывала приблизительно 40 тыс. человек, многие из которых носили немецкие фамилии, но полностью ассимилировались с польской культурой. Он утверждал, что тысячи его единоверцев были высланы только из-за своей национальной и религиозной принадлежности.

Репрессии по отношению к представителям национальной интеллигенции отдельных народов, включая высылки выдающихся лиц, стали обычным явлением во время войны. Украинские, польские и прибалтийские политические лидеры всегда привлекали особое внимание полиции. Подобные репрессивные меры особенно основательно применялись в тех регионах, в частности в Галиции, где были чрезвычайно сильны антирусские настроения среди украинцев и поляков, а лидеры националистов, будучи вражескими подданными, сотрудничали с германским и австрийским правительствами в надежде спровоцировать восстания против России. Выборочное выселение национальных лидеров, например политически активных католических священников из польских губерний, серьезно обостряло напряженность в межнациональных отношениях. Высылка известных личностей — лидеров местных национальных элит, таких как глава прибалтийских немцев барон Э. Штакельберг-Зутлем, лидер украинских националистов Михаиле Хрущевский или политический и религиозный лидер немецких колонистов Якоб Штах, вызвала огромное общественное недовольство как в соответствующих общинах, так и в умеренной российской печати.

Данные массовые операции были поразительно похожи на современные «этнические чистки». Действительно, в приказах о выселении часто использовался термин «полное очищение»[165]. Технически эти выселения действительно имели много общего с современными этническими чистками, которые практически всегда предполагают защитные меры от угроз со стороны этнических групп, имеющих родственников за границами государства, а также идеологический компонент и националистическую освободительную риторику, подразумевающую возвышение одной группы за счет перемещения другой. Сходным является и переход от индивида, национализирующегося посредством ассимиляции, к национализации «экономики», «земли» или всего населения. Однако если подобные намерения трактовать как попытки удалить нежелательные национальные группы из политической и общественной жизни государства или вообще из состава воюющей нации, то последствия могут быть непредсказуемыми. В июньском письме 1915 г. командующего Петроградским военным округом М.Д. Бонч-Бруевича к Янушкевичу нашли отражение как эти намерения, выраженные в крайней форме, так и их противоречивые результаты: «Чисто русские губернии весьма засоряются враждебным нам элементом, и потому сам собой напрашивается вопрос о точной регистрации всех высланных подданных воюющих с нами держав, дабы по окончании войны ликвидировать без остатка весь этот наносной элемент».