Вслед за РП Гоголь заказал переписку нового экземпляра, предназначенного для цензуры (РЦ). Законченная для печати рукопись была передана в Московский цензурный комитет. Заседание комитета состоялось 12 декабря 1841 г. Комитет постановил передать «Мертвые души» цензору И. М. Снегиреву. Цензор сначала нашел произведение «совершенно благонамеренным» и потребовал только самых незначительных изменений, но, смущенный кем-то, не решился самостоятельно разрешить к печати и передал рукопись на рассмотрение цензурного комитета. О мытарствах в комитете подробно рассказывает Гоголь в письме к П. А. Плетневу. «Как только занимавший место президента Голохвастов услышал название „Мертвые души“, — закричал голосом древнего римлянина: „Нет, этого я никогда не позволю: душа бывает бессмертна; мертвой души не может быть, автор вооружается против бессмертья“».[10]Разъяснение, что речь идет о ревизских душах, не успокоило цензоров. «Это значит против крепостного права», — заявляли они. Возражение, что поэма — «ряд характеров, внутренний быт России и некоторых обитателей, собрание картин самых невозмутительных», тоже не помогло: «цензоры-азиатцы» боялись, что пример Чичикова может других толкнуть на уголовное преступление. «Цензоры-европейцы» тоже восставали. «Цена два с полтиною, которую Чичиков дает за душу, возмущает душу. Человеческое чувство вопиет против этого. Хотя, конечно, эта цена дается только за одно имя, написанное на бумаге, но всё же это имя душа, душа человеческая; она жила, существовала. Этого ни во Франции, ни в Англии и нигде нельзя позволить. Да после этого ни один иностранец к нам не приедет». Кончилось тем, что рукопись объявили запрещенною, хотя комитет «прочел три или четыре места».

Узнав об этом, Гоголь взял рукопись из Московского цензурного комитета и через В. Г. Белинского послал ее князю В. Ф. Одоевскому с просьбой хлопотать о ней в Петербурге. В середине февраля он получил от Плетнева первое известие о благоприятном повороте дела в цензуре. 9 марта 1842 г. цензор А. В. Никитенко сделал разрешительную надпись. Кроме отдельных искажений текста, цензура изменила заглавие «Мертвые души» на «Похождение Чичикова или Мертвые души», а главное, вовсе запретила «Повесть о капитане Копейкине». Сам Никитенко писал Гоголю 1 апреля: «Сочинение это, как видите, прошло цензуру благополучно; путь ее узок и тесен и потому неудивительно, что на нем осталось несколько царапин и его нежная и роскошная кожа кой-где поистерлась… Совершенно невозможным к пропуску оказался эпизод Копейкина — ничья власть не могла защитить его от его гибели».[11]5 апреля Гоголь получил рукопись из цензуры. Запрещение «Повести» он пережил очень тяжело. Этот эпизод «для меня очень нужный, более даже, нежели думают они», — жаловался Гоголь Н. Я. Прокоповичу.[12]Он решил отстаивать «Повесть» и переделал ее так, что «никакая цензура не может придраться: генералов и всё выбросил».[13]Посылая новый вариант, Гоголь 10 апреля написал лично Никитенко, убеждая его разрешить «Повесть о капитане Копейкине» в переделанном виде. Разрешение было получено.

Листы с запрещенной «Повестью» были вырваны из рукописи и вместо них вшиты другие с новым вариантом. Никитенко подписал эти листы, после чего рукопись поступила в набор. Ныне она хранится в Научной библиотеке Московского государственного университета. Рукопись в переплете с кожаным корешком, на котором вытиснено: «Гоголя Мертвые души». Форзац чистый. На первой странице — рукой Гоголя: «Мертвые души. Поэма Н. Гоголя». Внизу его же рукой: «Печатать на моей бумаге 2400. Деньги сто рублей в задаток положил. Н. Гоголь». На этой же странице пометки канцелярии цензурного комитета: «№ 109. 3 марта 1842 г., по жур. п. № 101». Над заглавием Никитенко вставил красными чернилами добавление, исказившее заглавие поэмы: «Похождения Чичикова или». На обороте этого листа печать и разрешительная надпись цензора. Рядом с его печатью поставленная позднее печать Московского университета. Шифр МГУ в конце книги: 1 R/y 399 в . Подпись Никитенко имеется на каждом листе. Рукопись написана двумя переписчиками. Все цензурные пометки сделаны красными чернилами.[14]С конца страницы 311 зачеркнут запрещенный цензурой текст, относящийся к «Повести о капитане Копейкине». Оборот этого листа тоже зачеркнут и заклеен бумагой (впоследствии почти полностью отклеенной). Следующие четыре листа с текстом «Повести» были вырезаны и сравнительно недавно обнаружены в Красноярске. Весь текст «Повести» Гоголь исправил карандашом, дав на тех же листах новую, смягченную для цензуры редакцию «Повести о капитане Копейкине». Новый текст был начисто переписан на четырех листах другого формата, вшитых затем в РЦ взамен вырезанных. Доцензурная редакция «Повести» опубликована в третьем томе десятого издания Сочинений Гоголя по копии, так как местонахождение подлинника не было известно. Расхождения с текстом найденного теперь подлинника незначительны.

Цензурная рукопись является механической копией предыдущей, но искажений текста, вызванных ошибками переписчиков, в ней значительно меньше, чем в РП. К тому же, особенности цензурной рукописи позволяют выставить предположение, что некоторые части ее, преимущественно во второй половине, если не диктовались, то переписывались под наблюдением автора. Так, например, некоторые поправки РП (большей частью карандашные) не перенесены в РЦ. Ряд смысловых отличий между РП и РЦ тоже может свидетельствовать об авторском вмешательстве во время переписки.

С цензурного экземпляра «Мертвые души» были набраны. Корректуры держал сам автор. Они не сохранились, но разночтения с последней (цензурной) рукописью свидетельствуют, что в процессе печатания творческая работа не прекращалась. Это подтверждает и С. Т. Аксаков, вспоминая день 1 мая 1842 г.: «Гоголь у нас обедал, после обеда часа два сидел у меня в кабинете и занимался поправкою корректур, в которых он не столько исправлял типографические ошибки, сколько занимался переменою слов, а иногда и целых фраз».[15]

Издание проходило без задержек. В то время как книга набиралась, Гоголь сам рисовал обложку для нее, — с этой обложкой она и вышла из печати 21 мая 1842 г.

Отличия второго прижизненного издания «Мертвых душ» (1846 г.) от первого незначительны: они введены в варианты с следующим обозначением: текст МД; МД2 — текст. Предисловие Гоголя ко второму изданию печатаем вслед за текстом других редакций. Оно перепечатывается со второго издания «Мертвых душ»; местонахождение автографа неизвестно.