Скандал вышел грандиозный, и многие расценили его так, что Бутаков «копает» под великого князя, зная о неприязненных отношениях между племянником-царём, и дядей — генерал-адмиралом, потому и выдал переписку газетчику. Изучив по документам весь жизненный путь адмирала, я глубоко убеждён, что Григорий Иванович был неспособен на такой поступок. Скорее всего, это сделал какой-то «доброхот» из его окружения или в министерстве.

Вскоре Попова в кораблестроительном отделении сменил вице-адмирал Иван Алексеевич Шестаков.

Андрей Александрович Попов, незадолго до ухода с должности, излил душу Константину «.. Бутаков и Копы-тов выступают против контракта на строительство “Владимира Мономаха” и двух машин с Балтийским заводом… Честный Лесовскии понимал Вас и энергическим пособием Вам отстоял завод. Думаю, что и Пещуров, так же как Лесовскии, смотрит на это дело. Я должен сказать, что прежде я считал Бутакова и Копытова только ничтожными людьми, но теперь я не могу допустить, что они были так глупы, чтоб не могли понимать того, что сделали… при всём желании оправдать их поступки, я не могу отыскать в них честного побуждения». Дружили когда-то в севастопольской юности четыре мушкетёра: Бутаков, Шестаков, Попов и Лесовскии. Сначала рассорились Попов и Бутаков.

С Шестаковым Григорий Иванович вместе проводил гидрографические исследования на Чёрном море, оба тогда получили одинаковые награды. Услышав о назначении Шестакова на должность Попова, Григорий Иванович приободрился, решил, что пришёл не только старинный друг, но и единомышленник. Поэтому он не только вёл с Шестаковым откровенные разговоры, но и передал ему всю свою переписку по Балтийскому заводу. В том числе и заготовленный рапорт на имя генерал-адмирала: «В 1877 году мне удалось помочь отстоять от постройки броненосной “Ливадии” (или “Екатерины II”), и затем я был отстранён от должности и потерял в бюджете своём до настоящего года около 10 тысяч рублей. Не знаю, дорого ли мне обойдётся борьба с Балтийской компанией? Сознаю слабость своих сил — я вооружён только средствами конторы над портом, которая не имеет весьма многих данных, имеющихся в канцелярии министерства, против себя же я, как нарушитель спокойного течения дел, имею целое солидарное министерство и силы Балтийского завода Нельзя не прибавить, что, возбуждая вопрос о высоких ценах, я был в праве ожидать сочувственной готовности вникнуть в такой важный вопрос и всевозможных облегчений по дальнейшему разъяснению его, конечно, не со стороны Балтийского завода Ожидал даже поощрения моему главному помощнику по кораблестроительной части, т.к. его бескорыстная деятельность в этом вопросе заслуживает только признательности начальства Исход дела покажет, неизвестный ли благоприятель, или тайный недруг постарался огласить в печати поднятые вопросы. Но, во всяком случае, он оказал делу медвежью услугу, обострив домашний вопрос и доставив прекрасный случай управляющему Балтийским заводом с полною свободою пускаться в печать со своими разглагольствованиями о бескорыстии завода и греховности автора статьи “Голоса”. Тогда как подобной свободы не имеют и не ищут те, кто находит цены завода непомерными. Лучшим судьёй в этом деле, конечно, не газетные статьи, а беспристрастный трибунал Адмиралтейств-Совета», — писал Григорий Иванович.

Напрасно Бутаков так безгранично доверял Шестакову, считая его по-прежнему своим союзником и другом 8 января 1882 года брат Иван, находившийся в непосредственном подчинении у царя, прислал записку Григорию Ивановичу: «Был я сегодня в Департаменте, там уже все знают о переменах и говорят, что Пещуров начал укладываться для переселения. Осторожность необходима, тем паче мне, ездящему в Гатчино». Видимо, Григорий Иванович питал какие-то иллюзии, что его могут назначить вместо Пещурова управляющим морским министерством. В архиве сохранилась записка Шестакова, датированная тем же днём: «Возвращая тебе все бумаги, которые прочёл внимательно, несмотря на то, что все эти дни завален делами. Терпение и терпение — вот мой искренно дружеский совет. Тебе говорили, что перемены будут; подожди же немного. Весь твой И. Шестаков». Григорий Иванович потом с горечью допишет на записке Шестакова: «Ещё 7 января, а может быть и раньше, он знал, что назначается управляющим Морским министерством».

Правильно говорят, что умные люди ещё не самые лучшие. Иван Алексеевич был не только умным, но и коварным человеком. Он не собирался начинать свою деятельность на посту управляющего Морским министерством с продолжения войны с Бутаковым, которую вёл его предшественник, и водил Григория Ивановича за нос, изображая интерес к его предложениям. Вот записка Шестакова от 13 января, которую он послал Бутакову: «Прикажи Кутейникову (Николай Евлампиевич Кутейников в ту пору был старшим кораблестроителем. — Примеч. авт.) представить чертежи в отделение, где проверят вычисления и тотчас же мне доложат. Хотел бы видеть их в пятницу утром в Адмиралтействе. Преданный И. Шестаков». «Преданный» Иван Алексеевич поступил с Бутаковым довольно подло. Он сочувственно его выслушивал, давал понять, что они заодно, всячески и вполне искренно ругал великого князя Константина, который уже был отстранён от руководства флотом.

Но Григорию Ивановичу, приободрившемуся после увольнения генерал-адмирала, не могло и в голову прийти, что Шестаков за его спиной проделал огромную работу, чтобы обойти всех конкурентов и добиться должности управляющего Морским министерством. Когда же вопрос о ею назначении был кулуарно решён, то первое, что сделал «преданный друг», — попросил великого князя Алексея, сменившего Константина, «развести» его с Бутаковым. Тот охотно согласился, поскольку недолюбливал Григория Ивановича, и пообещал поговорить об этом с царём В сентябре состоялось заседание адмиралтейств-совета, под председательством управляющего Морским министерством для разрешения конфликтной ситуации, о чём так ратовал Бутаков. Григорий Иванович собирался выступить на нём с докладом, но ему дали время только для выступления, как и всем остальным. Он рассчитывал на поддержку Шестакова во время разбора дела на адмиралтейств-совете, но жестоко просчитался: тот поддержал его противников. Бутаков остался в одиночестве. Он всё ещё продолжал считать случившееся на совете недоразумением, не хотел замечать предательства Шестакова, продолжал на что-то надеяться. Через три дня после заседания адмиралтейств-совета Ивана Алексеевича Шестакова назначили управляющим Морским министерством Это оказалось полной неожиданностью для Бутакова.

Когда Константина сменил великий князь Алексей, Григорий Иванович настроился на длительную работу. Он даже дал объявление в газетах о том, что «всем служащим, имеющим сообщить о каких-либо технических приспособлениях в судостроении, представляется свободный доступ к нему». Но теперь ему всё стало ясно. С Андреем Александровичем Поповым они воевали с поднятыми забралами, по принципиальным вопросам. А Иван Алексеевич Шестаков, продолжая выдавать себя за друга, нанёс ему удар в спину. А тем временем Шестаков, Алексей и царь решали его судьбу. Александр III согласился с предложением хитроумного Шестакова назначить Григория Ивановича в Государственный совет. Решили до времени об этом не объявлять. Уволили Григория Ивановича Бутакова из Морского министерства тихо, без скандала, можно даже сказать, изящно. Сначала Санкт-Петербургский порт перевели во 2-й разряд, и Бутаков снова потерял в окладе, а потом должность главного командира порта вообще упразднили. Григорий Иванович оказался за штатом. Вот тогда-то Бутакову и предложили место в Государственном совете. Как отметил в своих дневниковых записках Шестаков, Григорий Иванович понял, что потерпел окончательное поражение. Он был полностью сломлен. Человек, которого он считал другом, оказался врагом.