После гибели Лжедмитрия I его сторонники бежали в Путивль и другие северские города. Здесь находилось большое количество повстанцев. В южнорусских землях крестьянство и дворянство не признавали власти Шуйского и начали борьбу с царскими войсками. Во главе повстанцев встал Иван Болотников, бывший крепостной князя Телятевского. Сам князь также был в рядах мятежников. С большим трудом правительственная армия отразила поход Болотникова на Москву, которую повстанцы безуспешно осаждали в октябре – ноябре 1606 года. 2 декабря войска Шуйского разбили рать Болотникова у села Коломенского. При этом 10 тысяч казаков капитулировали и усилили армию царя Василия. Остальные пленные, взятые с боя, были казнены.

Болотников отступил к Калуге. Правительственные войска несколько месяцев осаждали город, пока в начале мая 1607 года не потерпели поражение в результате совместного удара осажденного в Калуге Болотникова и наступавшего от Тулы отряда самозванца «царевича Петра». Однако 5–7 июня на реке Восме Шуйский, собравшись с силами, нанес поражение восставшим.

Спустя несколько дней последовало новое тяжелое поражение Болотникова на реке Вороньей, после чего вождь восстания отступил в Тулу всего лишь с 10-тысячным отрядом. Шуйский начал осаду Тулы, но его положение в июле осложнилось появлением нового самозванца, Лжедмитрия II, в Стародубе-Северском в июле 1607 года. В сентябре Лжедмитрий начал поход к Брянску и нанес поражение нескольким отрядам царской армии. Однако ее главные силы остались под Тулой. Затопив часть города и лишив осажденных запасов продовольствия и пороха, правительственные войска 10 октября 1607 года вынудили Ивана Болотникова капитулировать. «Царевича Петра» повесили в Москве, а Болотникова сослали в Каргополь и полгода спустя утопили в проруби.

Главным врагом правительства Шуйского после разгрома Болотникова стал Лжедмитрий II, прозванный в народе Тушинским вором. Под его началом оказалось несколько тысяч воинов из числа сторонников Лжедмитрия I (считалось, что «названному Дмитрию» удалось чудесным образом бежать из Кремля в мае 1606 года). Основную же силу Тушинского вора составляли отряды польской и литовской шляхты, не подчинявшиеся королю и искавшие на Руси богатой добычи.

Лжедмитрий двинулся к Брянску, а потом занял Орел. У деревни Каменка 30 апреля и 1 мая 1608 года он нанес поражение армии Шуйского. Самозванцу также без боя сдался 5-тысячный гарнизон Болхова. Путь на Москву был открыт. В начале июня армия Лжедмитрия заняла деревню Тушино в 15 км к северо-западу от столицы. Здесь был разбит укрепленный лагерь. Однако взять Москву самозванцу не удалось. Основная часть стрельцов и дворян сохраняла верность Шуйскому, а казачьи и польские отряды не отличались дисциплиной и больше занимались грабежом, а не борьбой с русским войском. Не удалось отрядам Тушинского вора взять и хорошо укрепленный Троице-Сергиев монастырь, который литовские и казачьи отряды безуспешно осаждали в 1608–1609 годах. Кроме того, в июле 1608 года правительству Василия Шуйского удалось заключить трехлетнее перемирие с королем Сигизмундом, согласно которому освобождались из плена поляки, захваченные в Москве после свержения Лжедмитрия I, а король обязался вывести регулярные польские войска из пределов Русского государства. В июне 1609 года тушинцы потерпели два поражения в боях на Ходынском поле и отказались от попыток овладеть Москвой.

В начале 1609 года в Выборге московское правительство заключило союз с Швецией против Польши. Шведы, воевавшие с поляками в Ливонии, боялись усиления польского влияния в Москве и даже образования русско-польской унии. Швеция предоставляла в помощь Шуйскому 5-тысячный отряд. Москва, в свою очередь, уступала Швеции Корельский уезд и отказывалась от притязаний на Ливонию.

10 мая 1609 года 15-тысячное шведское войско под командованием Якова Делагарди соединилось в Новгороде с ратью царского племянника князя Михаила Скопина-Шуйского. Они двинулись к Москве и в июле неподалеку от Твери разбили тушинцев. После этого среди наемников начались волнения из-за невыплаты жалованья, и Делагарди с частью своей армии вернулся в Новгород. Однако к Скопину присоединилось несколько русских отрядов из Смоленска, Костромы и поморских городов. 18 августа его войско разбило на реке Жабне сильный литовский отряд Яна Сапеги, подошедший от Троице-Сергиева монастыря. В конце сентября к Скопину вернулся Делагарди с новым войском. Приближение армии Скопина к Москве и Троице вызвало распад тушинского войска. В ночь на 28 декабря 1609 года Лжедмитрий II тайно бежал в Калугу.

В сентябре 1609 года король Сигизмунд поспешил воспользоваться благоприятным моментом и овладеть землями, ранее захваченными русскими у Литвы. Он двинул польскую армию к Смоленску. 9 сентября поляки перешли границу, а 13-го из города Красный Сигизмунд послал грамоту царю Василию Шуйскому, где мотивировал нарушение перемирия заключением русско-шведского союза и стремлением избавить Московское государство от смут и кровопролития.

Смоленск оказался очень сильной крепостью, и овладеть городом поляки смогли только в июне 1611 года, после 20-месячной осады. Стены Смоленска высотой 13–19 м и толщиной 5–6 м были сложены из белого камня. Фундамент был заложен на глубину более 4 м, что практически исключало проведение подкопов. За время осады неприятельской артиллерии так и не удалось сделать в стенах крепости большие проломы. Только когда из 5,5-тысячного гарнизона в строю осталось 200 человек, город был взят штурмом.

12 марта 1610 года войска Скопина и Делагарди вступили в Москву. Тушинский лагерь был ликвидирован. Талантливый полководец Скопин готовился идти под Смоленск для деблокады крепости, но внезапно умер. Армию возглавил брат царя Дмитрий Шуйский. В мае в поход выступило 22-тысячное русское и 8-тысячное шведское войско Делагарди. Польские гарнизоны были выбиты из Волока Ламского и Можайска. Сигизмунд направил из-под Смоленска навстречу Дмитрию Шуйскому коронного гетмана Жолкевского с тысячью пехоты, 2 тысячами польской конницы и 3 тысячами украинских казаков. К нему под Царёво-Займищем присоединился 5-тысячный польско-литовский отряд под командованием Зборовского, ушедший из тушинского лагеря. Однако люди Зборовского требовали немедленной выплаты им жалованья, отказываясь в противном случае становиться под королевские знамена. 14 июня отряд Жолкевского внезапно атаковал и отбросил 6-тысячную передовую русскую рать под командованием воевод Валуева и Елецкого. Этот успех побудил Зборовского согласиться повременить с получением жалованья и принять участие в последующих боевых действиях. Отряд Валуева и Елецкого был блокирован в Царёво-Займище, для чего Жолкевский выделил 700 польских всадников, 200 пехотинцев и 400 казаков.

Главные силы русского войска вышли из Можайска и 23 июня сосредоточились на опушке леса у деревни Клушино. В рядах московской рати росло недовольство в связи с задержкой жалованья. 21 июня часть жалованья была выплачена, но только наемникам, служившим в русском войске. Дмитрий Шуйский и Делагарди не позаботились ни о разведке, ни об укреплении лагеря, что сыграло для них роковую роль. Жолкевский, узнав о появлении русской армии у Клушина, решил на рассвете 24 июня атаковать противника. Он пренебрег советами своих военачальников держаться оборонительного образа действий, так как Валуев из Царёва-Займища мог ударить в тыл, сбив сравнительно малочисленный блокирующий отряд. Гетман под Клушиным располагал 9 тысячами человек, в том числе 4 тысячами казаков, 3 тысячами польской конницы и 2 тысячами пехоты. У Делагарди и Дмитрия Шуйского было около 24 тысяч человек, т. е. почти втрое больше, чем у неприятеля.