По возвращении в Англию Франклина и его неугомонной путешественницы моряк представил в Адмиралтейство тщательно разработанный план новой арктической экспедиции. Но лорды не собирались в ближайшее время отправлять туда людей. Ему предложили должность вице-губернатора Австралии, управлять Землёй Ван-Димена, позже получившей название Тасмании. Вот это был уже настоящий край света. Но супруга восприняла назначение как праздник. Отправляясь в заморские края, они взяли с собой Изабеллу, к которой отец относился с большой нежностью.

Австралия и Тасмания в ту пору были местами, куда из метрополии отправляли преступников. Отбыв срок наказания, они становились свободными гражданами и занимались фермерством. Труд их бывших собратьев использовался как рабский. Была ещё малочисленная группа чиновников и их семей, которые руководили жизнью колонии.

Франклин сразу оказался в атмосфере интриг, подсиживания и доносов. Всё это было противно прямой и открытой натуре моряка. Жители колонии с ненавистью относились к аборигенам, убивали их, как животных. Франклин не мог понять этой злобы. Он никогда не забывал, что его и товарищей по экспедиции спасли от верной гибели индейцы-аборигены. Вице-губернатор сразу дал понять, что не потерпит подобного отношения к людям. Это не понравилось, как не понравилось и то, что он настаивал на гуманном отношении к каторжникам и на помощи тем, кто отбыл наказание.

Леди Франклин поддерживала мужа. К тому же она пренебрегала многими условностями. Местных светских дам шокировало поведение «первой леди». Это послужило потом поводом обвинения Джона в том, что его жена, а не он руководила колонией, что являлось злобным наветом. Несмотря на внешнюю мягкость и добродушный характер, Джон Франклин был не из тех, кого можно держать под каблуком.

Леди Джейн наслаждалась путешествиями по неизведанным землям. Забиралась со своими спутниками в такие дебри, что приходилось прорубать себе дорогу в зарослях. Можно представить себе физиономии джентльменов, непривычных к подобным зрелищам, когда первая леди, сбросив юбку и оставшись в нижнем белье, наравне с остальными рубила лианы, преграждавшие путь.

Она первая поднялась на вершину Веллингтон, первая из женщин проделала путь из Порт-Филиппа в Сидней, посетила новое селение Мельбурн, проехав путь верхом. Побывав в Южной Австралии, она убедила губернатора, полковника Джорджа Гаулера отметить заслуги капитана Мэтью Флиндерса, сделавшего опись тамошних берегов. Капитану позже поставили памятник.

При ней Тасмания стала интеллектуальным центром колонии. Вместе с мужем Джейн основала научное Королевское общество, первое за пределами метрополии. К её добрым делам относится открытие средней школы для мальчиков и девочек, организация общества «Тасманийские леди», занимавшегося облегчением участи женщин, отбывавших каторгу. Жена вице-губернатора купила 130 акров (примерно 53 гектара) земли для ботанического сада в окрестностях будущего города Хобарта. Но иногда она чрезмерно увлекалась. Джейн стала необычайно популярной среди каторжников, когда решила избавить остров от змей. Каждому, кто приносил убитую змею, она выплачивала в награду шиллинг. Когда начальство разобралось, откуда у каторжников деньги на выпивку, муж сразу же пресёк её инициативу, и бедные пресмыкающиеся получили пощаду. К тому времени она успела истратить свыше 600 фунтов.

Интриги колониального секретаря лорда Стенли всё-таки привели к увольнению Франклина. Память о нём в Тасмании и Австралии сохранилась надолго. При нём улучшилось материальное положение обитателей, появились образовательные и культурные учреждения, пресечена коррупция. Изменилось в лучшую сторону отношение властей к свободным поселенцам и каторжникам. Немудрено, что население провожало супружескую чету с большим сожалением. В подавленном состоянии духа Франклин вернулся домой. Там он принялся за литературный труд, описав свой опыт работы в Тасмании. Книгу опубликовали в Лондоне в 1845 году.

Настроение у него поднялось, когда ему вручили приглашение прибыть в Адмиралтейство. Оказалось, что там решили вернуться к проекту отыскания Северо-Западного прохода для судов с учётом накопленных сведений. В сущности, неисследованной осталась лишь 300‑мильная полоска, начиная от пролива Бэрроу. Адмиралтейству понадобились его консультации для организации экспедиции. Франклин предложил свои услуги, но лорды в Адмиралтействе колебались, им хотелось поставить во главе экспедиции человека помоложе, ведь сэру Джону было уже 58 лет. Однако все опрошенные ветераны арктических походов в один голос заверили, что это наилучшая кандидатура, к тому же Франклин находился в хорошей физической форме.

7 февраля 1845 года Франклина назначили начальником экспедиции. Никогда ещё ранее, за всю предыдущую историю освоения Арктики, не было экспедиции, равной этой по оснащению и подготовке. Англия была тогда наиболее развитой промышленной державой. Все достижения науки и техники использовались при подготовке кораблей «Эребус» и «Террор» к арктическому плаванию. Бывшие военные суда особо прочной постройки обшили в носовой части железом, чтобы они могли проламывать лёд. Машины не только приводили в действие винты, но и подавали пар, который по трубам обогревал судовые помещения. Экспедиция насчитывала 129 человек. Их снабдили провизией на три года, в том числе огромным запасом солёных овощей и лимонного сока.

Поставщики соперничали за право поставлять консервы, свежую пищу, столовое серебро, сервизы, хрусталь, фарфор. Денег ни на что не жалели. Экипажи снабдили новейшей научной аппаратурой, прекрасными библиотеками, учебниками, чтобы им было чем заполнить досуг.

Леди Джейн простилась с мужем на палубе. Они крепко обнялись, и Франклин последний раз поцеловал жену. Это было 19 мая 1845 года на Темзе, откуда в тот день отправилась экспедиция.

В том же году капитаны двух китобойных судов сообщили, что 26 июля встретили «Эребус» и «Террор» в северной части моря Баффина.

С тех пор никто и никогда их не видел.

Сначала отсутствие известий беспокойства не вызвало: такие уж были средства связи. Но когда минули два года, а от мужа не было никаких вестей, леди Джейн уже не могла сдерживать свою тревогу. Она обратилась в Адмиралтейство с требованием послать судно на поиски пропавшей экспедиции. Однако лорды её тревоги не разделяли. На судах был трёхлетний запас провизии. Даже если суда зажаты льдами, люди могут продержаться ещё год.

Отсутствие известий от большой и великолепно экипированной экспедиции привлекло внимание общественности не только в Англии, но и в других странах. Истёк третий год со времени отплытия судов Франклина. Забили тревогу и в Адмиралтействе.

Оно организовало первую поисковую арктическую экспедицию под командой капитана Джеймса Кларка Росса, не менее известного исследователя, чем Франклин. Этот выбор определялся ещё и тем, что Росс в своё время командовал исчезнувшими судами и успешно плавал на них в арктических водах. Одновременно на поиски отправилась наземная экспедиция, которой руководил старый друг и соратник Франклина доктор Джон Ричардсон. Он пригласил к себе в помощники врача Компании Гудзонова залива Джона Рэя.