Судетские «вервольфы» приложили все усилия, чтобы по возможности максимально выгодно использовать все эти благоприятные факторы. Они изображали из себя последний оплот германства и ожидали, что им будет оказана такая же поддержка, как и в 30-х годах. Они так же с нетерпением ждали начала войны между Союзниками и Советским Союзом, полагая, что смогут воспользоваться новым вооруженным конфликтом для достижения своих целей. Буквально накануне капитуляции Германии в судетских лагерях было подготовлено более тысячи «вервольфов». На территории Чехии создавались даже не сотни, а тысячи (!) тайников. Например, одна из специальных групп создала девятьсот тайников, другая пятьсот. Всего же на территории страны действовало около дюжины подобных групп. Швейцарские наблюдатели в начале 1945 года отмечали, что судетские немцы открыто вооружались, не скрывая этого ни от чехов, ни от журналистов. Журналист, путешествовавший в июне 1945 года по Чехословакии, писал, что в небольших городках и деревнях этнические немцы активно поддерживают идею вооруженного сопротивления. Он видел тысячи молодых людей, которые были готовы с оружием в руках бороться против депортации. «Они предпочли бы умереть, но не собирались покидать свои дома». В марте 1945 года Ганс Пруюцман поставил во главе Судетской организации «Вервольфа» обер-группенфюрера СС Карла Франка. Тот сразу же начал активно заниматься новой для него деятельностью. К формированию партизанского движения был привлечен даже абвер, сотрудникам которого было поручено составление планов по оказанию активного и пассивного сопротивления. Но первоочередной задачей Франка был поиск добровольцев среди 400 тысяч этнических немцев. Постепенно область поисков распространилась на немецких беженцев и чешских националистов, которых пытались привлечь антисоветской агитацией.

С чешскими «вервольфами» пришлось столкнуться и американцам, и Красной Армии. Когда советские войска взяли город Прессбург, из него удалось вырваться небольшому отряду, состоявшему из четверых австрийцев. Этот крошечный отряд умудрился нанести достаточно большие потери Красной Армии. Была разработана несложная тактика. В узких горных ущельях, которые предварительно минировали, устраивалась засада. Целью этого отряда становились колонны моторизованной пехоты. Когда подрывалась головная машина колонны, немецкие партизаны открывали усиленный огонь по последней. После этого «вервольфы» устраивали обвал камней, которые сыпались на растерявшихся красноармейцев. Как правило, из подобных засад редко кому удавалось вырваться. В ответ на такие вылазки советское командование при поддержке чешских антифашистских партизан создало несколько мобильных групп, которые охотились в горах за «вервольфами». Подобные отряды не брали пленных, их цель состояла в полном уничтожении диверсантов.

Американцы столкнулись с подобными проблемами, когда в апреле 1945 года вошли в Западную Богемию. В городе Аш их ждал отнюдь не радостный прием. Его жители даже не считали нужным скрывать свою враждебность. В солдат летели камни и пустые бутылки. Чехи, проживавшие в Аше, казались забитыми и запуганными. Почти сразу же они попросили защиты и покровительства. Их дети опасались просить у американцев конфеты и шоколад, так как полагали, что будут жестоко избиты немецкими сверстниками. Вскоре враждебность сменилась «активным сопротивлением». Оказавшись на окраинах города, американские машины стали попадать в многочисленные засады. Теперь в них летели не камни, а гранаты и пули. 7 мая американские части по всей территории вели ожесточенные бои с остатками Фольксштурма. В Пльзене, на Центральной площади, собралась огромная толпа чехов, которые хотели поприветствовать американцев. Но как только к мирным жителями приблизились американские военнослужащие, несколько немецких снайперов открыли огонь по всем собравшимся. Многие американские солдаты пытались проявить максимум осторожности, не желая погибать накануне окончания войны. Они не ввязывались в перестрелки, а вызывали бронетанковую поддержку или вовсе бомбардировщики. Бессмысленность и жестокость подобной ответной реакции, по мнению американцев, должна была отбить желание устраивать засады. Но для немцев ситуация выглядела с точностью до наоборот. Их жизнь рушилась, и они, не задумываясь, отдавали ее, унося с собой жизни американцев. Чешские источники утверждают, что даже после капитуляции Германии судетские немцы охотно помогали отрядам вермахта, которые действовали в тылу противника.

В Богемии не только гражданские жители испытывали ненависть к Союзникам. Эта область была местом высочайшей концентрации разбитых немецких частей, которые не намеревались сдаваться на милость победителей. Эту ситуацию усугубляло еще и то, что Гитлер совершил стратегическую ошибку. Он полагал, что Красная Армия нанесет главный удар на Пражском, а не Берлинском плацдарме. Поэтому он послал значительную часть элитных воинских формирований на укрепление позиций группы армий «Центр», которая в конце войны размещалась именно в Богемии. Находясь под командованием фельдмаршала Шёрнера, эти части продолжали оказывать организованное сопротивление Красной Армии вплоть до 19 мая, то есть даже одиннадцать дней спустя после официальной капитуляции. Большинство из этих солдат принципиально не хотели сдаваться в плен советским оккупационным властям, а потому любыми силами пытались прорваться в американскую зону оккупации. В частности, эсэсовцы и власовцы полагали, что попадание в руки красноармейцев для них было равносильно смертному приговору. Такая же участь их ждала и у чешских партизан. Другие полагали, что они вскоре покинут американские лагеря военнопленных, дабы вновь взять оружие в руки и принять участие в «великой войне» Запада против Востока. Подобные настроения были весьма распространенными в последние дни войны.

Сам Шёрнер придерживался таких же иллюзий, он намеревался оказывать сопротивление частям Красной Армии максимально длительный срок. Подобные убеждения только укрепились, когда 3 мая в Богемию прибыл командующий люфтваффе Риттер фон Грайма, который предложил фельдмаршалу не принимать никаких условий капитуляции. Двумя днями ранее Грайм участвовал в военном совете, который проходил под начальством Дёница. «Фленсбургское правительство» Германии согласилось с инициативой генерала Йодля, который хотел предложить Шёрнеру «выиграть время». В полночь 7 мая Шёрнер вышел в радиоэфир с обращением. Он заявил, что сообщения о безоговорочной капитуляции Германии являются не более чем провокационными слухами, а стало быть, война на Восточном фронте продолжается. Он подчеркнул: «И речи не может быть о сдаче большевикам. Для нас это верная смерть». Но 8 мая советская бронетанковая колонна разнесла в клочья штаб фельдмаршала, которому только чудом удалось скрыться. Находясь в сложной ситуации, он решил пойти на уступки и разрешил своим войскам отказаться от активной борьбы и сдаваться в плен американцам. Само Верховное командование вермахта, чтобы хоть как-то оправдать, по сути, партизанские действия этих отрядов, использовало версию, будто бы чешские партизаны разрушили все коммуникации, что сделало невозможным распространение приказа о безоговорочной капитуляции.

Реакция солдат была самой различной. Некоторые офицеры, несмотря на предупреждение фельдмаршала, предпочли сдаться в плен Красной Армии. Так поступил командующий Пражского гарнизона. Этим жестом он хотел показать, что его солдаты не имели никакого отношения к эсэсовцам, продолжавшим отчаянную борьбу. Более того, при сдаче в плен он пообещал помочь в подавлении очагов сопротивления. Другие солдаты и офицеры растворились в местных лесах. В качестве иллюстрации можно привести один факт. В июне 1945 года части НКВД, зачищавшие лесные массивы, раскинувшиеся вокруг Праги, взяли в плен около 2700 солдат вермахта и 700 фольксштурмистов. Большинство из них были одеты в гражданскую одежду и занимались грабежами и разбоем. Были и другие, те, кто намеревался продолжать войну. После того как в город Кутна Хора вошли войска IV Украинского фронта, саботажники взорвали мост. Уже после капитуляции Германии на судетских холмах еще несколько дней слышалась беспорядочная стрельба. Там остатки германских частей вели спорадические бои против чешских партизан и красноармейцев. Вплоть до 18 мая шоссе между Веной и Прагой фактически контролировалось разнообразными немецкими отрядами. В самой Праге, которая пала 9 мая, остатки эсэсовских формирований в различных частях города продолжали оказывать сопротивление вплоть до 20 мая. Вечером 24 мая новым чешским властям удалось ликвидировать подпольную радиостанцию «вервольфов». Этот подпольный передатчик неоднократно сообщал, что германским отрядам в ближайшее время удастся отбить у Красной Армии чешскую столицу. Даже в оккупированной американцами части Судет было зафиксировано несколько случаев нападений. Почти всегда это были остатки отрядов Ваффен-СС, которые намеревались после поражения Германии вести борьбу. 10 мая в Кляйнберге немецким снайпером был застрелен американский сержант. Его взвод попытался найти террориста, но безуспешно. В середине мая в Комотау под откос был пущен поезд, в котором ехали расформированные отряды чешских партизан. 20 мая в окрестностях Хороздовица в засаду попали шесть американских офицеров.