Получив инструкцию от Министерства народного просвещения, руководство православной церковью в Японии в августе 1940 г. просило митрополита Сергия благославить управление церковью японцем. Тот ответил кратко: «В настоящее время весь Ниппон употребляет героические усилия, чтобы объединиться во всех областях жизни и превратиться в несокрушимую скалу — Ниппонскую беспримерную скалу. Как бы иностранец ни любил Ниппон, он психологически не может в этом отношении сделать то, что легко и естественно сделает ниппонец. Просьбу вашу я понимаю, и она для меня не является неожиданной».

Так закончилась деятельность Русской православной миссии. Отлучение митрополита Сергия, который сохранял полный нейтралитет, от обязанностей происходило непросто. 5 сентября 1940 г. он передал все дела и имущество отцу А. Ивасаве, хотя Собор Японской православной церкви еще не вынес соответствующего решения. Удалившись от дел, Сергий стал получать небольшую пенсию. О своих планах он говорил: «Как начальник Российской православной миссии, буду духовно окормлять русских в Токио (до 200 человек), в Йокогаме (до 150), временами в Кобе (до 250 человек) и в других городах Ниппона. Литургии, всенощные, крещения, исповедь, венчания, панихиды, похороны, молебны, соборования и всюду проповеди и поучения… для русских. Ниппонцев может поучать лишь ниппонец. А дома у меня занятий много. Больше, чем успею сделать в краткое время, оставшееся жить здесь… Сейчас я печатаю свою «Двоенадесятицу Св. Апостолов» в ниппонском переводе. Выйдет в свет на днях (до 500 страниц). Усиленно пишу «Историю Православной проповеди в Ниппон за 80 лет» (1860–1940 — до моего добровольного удаления от управления церковью). Мною уже написано до 2500 страниц. Остается написать еще около 1000 страниц. Тихая обстановка за городом даст мне возможность кончить все в 4–5 месяцев. А после — в тихой же обстановке — пересмотр этого громадного труда. И, кто знает? Может быть, мой труд выйдет и не «посмертным изданием»?! Службы же в соборе, в Сергиевской церкви, Никольской, главным образом, с русским хором и для русских, но с ниппонским духовенством, с которым у меня неизменно добрые отношения, будут питать меня духовно».

Зерна раздора, посеянные среди верующих, дали обильные всходы, в результате чего среди православных произошел раскол. Арсению Ивасаве не удалось уговорить Собор утвердить принятое решение об устранении Сергия, и он попросил однокашника по Духовной академии, главу Зарубежной православной церкви митрополита Анастасия, благословить хиротонирование в епископы протоирея Иоанна Оно. Он родился на Хоккайдо в 1870 г., окончил семинарию в Токио в 1891 г. и стал священником в 1905 г. Вместе с ним была пострижена в монахини его жена Вера Оно, получившая имя Елена. Ее отец Павел Савабе был первым японским православным христианином и священником.

Хотя акт избрания этого иерарха подписали только два действующих священника и три заштатных, японские власти настояли на этом решении. 6 апреля 1941 г. в Харбине, в Свято-Николаевском соборе состоялась хиротония в сан епископа Ниппонского и Токийского протоирея отца Иоанна Оно. Все произошло очень быстро. Митрополит Мелетий постриг Оно в монахи, дав ему имя Николай, и сразу же возвел в архимандриты.

19 апреля 1941 г. новый епископ вернулся домой и хотел было провести богослужение, но… разгневанные верующие не дали ему произнести ни слова. Опять пришлось вмешаться властям, и 23 июня того же года был подписан формальный акт примирения, на основании которого епископ Николай Оно стал главой Японской православной церкви. К этому времени митрополита Сергия выселили из архиерейского дома. Он поселился на окраине Токио, где устроил молитвенный дом. Во время одного из воздушных налетов американцев дом сгорел, и митрополит нашел приют у одного русского эмигранта. 10 августа 1945 г. он скончался от разрыва сердца. Отпевание и погребение было совершено епископом Оно с тремя священниками, а в последний путь бывшего главу Русской православной миссии пришли проводить менее сотни христиан. Прах митрополита Сергия положили рядом с могилой архиепископа Николая.

Начало Тихоокеанской войны значительно изменило положение эмигрантов в Японии. Местная полиция стала обращать на иностранцев, особенно выходцев из России, особое внимание, подозревая их в шпионаже. Еще в январе 1939 г. японцы произвели серию арестов на юге Сахалина.

Через два года последовала новая волна арестов. Всего в декабре 1941 г. по обвинению в шпионаже арестовали 126 иностранцев, среди которых были и русские эмигранты. Случаи арестов по подозрению в шпионаже повторялись и позже: в 1942 г. на Южном Сахалине арестовали и этапировали в Токио торговца В. А. Просцевича. В числе тех, кто в это время был арестован и погиб в тюрьме, оказался К. Р. Зверев. Позже на Хоккайдо и Южном Сахалине были арестованы еще семеро эмигрантов.

Среди других репрессивных мер по отношению к русским были ограничения по передвижению по Японии и запрещение жить в некоторых городах, имевших отношение к военным операциям и военной промышленности. Пользуясь затруднительным положением малоимущих эмигрантов, японская полиция стала вербовать русских на роль осведомителей. Эта политика не могла не сказаться на настроениях: многие эмигранты из России стали ходатайствовать о получении советских паспортов, которые могли как-то защитить от произвола. Просоветские настроения стали нарастать после перелома в ходе Великой Отечественной войны и по мере продвижения Советской армии на запад.

Когда в 1953 г. Георгий Александрович Ленсен приехал в Хакодате, он застал здесь только четырех русских эмигрантов, двух мужчин и двух женщин, имевших японских супругов. Трое из них получили японское гражданство. Из них выделялся Анатолий Николаевич Королев, участник Первой мировой войны, откомандированный в июне 1917 г. в распоряжение морского агента в США. Летом 1919 г., как только забрезжила надежда, что адмирал Колчак сможет победить большевиков, Королев вернулся во Владивосток. Здесь его назначили командиром учебного судна «Маньчжур». С падением колчаковской власти 33-летний моряк навсегда уехал в Японию и поселился в Хакодате, устроившись бухгалтером в рыболовно-китобойную компанию «Ничиро». Вскоре он женился на японке и среди японцев был больше известен как Хашимото-сан. По сведениям Ленсена, Королев-Хашимото пользовался большим уважением у японцев. На вопрос исследователя, почему он остался на Хоккайдо, Анатолий Николаевич ответил: «Потому что здесь, как в России…»

После капитуляции Японии натерпевшиеся невзгод русские эмигранты засобирались в другие страны. Первыми уезжали русские девушки, нашедшие себе мужей среди американцев. Очередь в Американское консульство за визами быстро росла. По-прежнему обращались и за советскими паспортами, но быстро выяснилось, что получившие их для советских властей являются людьми второго сорта. Это, а также нерадостные сообщения от тех, кто все-таки попал в Советскую Россию, заставило многих отказаться от паспортов СССР и попытаться поискать лучшей доли в других странах. Правда, японские власти объявили, что «бросать советские паспорта сов. подданные, быв. эмигранты могут, но их по-прежнему будет правительство считать советчиками, и в сертификатах, выдаваемых полицейскими властями, ставилась отметка «СССР».