Другой катастрофой был Ленинград. Ворошилов, отвечавший за вооруженные силы в этом районе, оказался не в состоянии справиться с наступлением немцев и был отстранен представителями ГКО Молотовым и Маленковым, которые прилетели туда с проверкой[488]. Партийный руководитель Ленинграда Жданов также был в смятении, он был в плохой физической и психологической форме (в сентябре у него случился сердечный приступ, и он страдал от астмы). Сын Маленкова утверждает, что его отец застал Жданова в состоянии шока «в роскошном бункере — опустившегося, небритого, пьяного»[489], а Молотов, менее красочно, писал, что Жданов был «очень растерян»[490]. По словам Микояна, Жданов позже рассказал Сталину, что у него был панический страх погибнуть под обстрелом или под бомбами, поэтому ему пришлось оставить большую часть повседневной работы в городе своему заместителю Алексею Кузнецову[491]. Поначалу падение города казалось лишь вопросом времени, но в ноябре 1941 года фронт, которым теперь руководил Жуков, стабилизировался. Поскольку для ленинградского населения, составлявшего несколько миллионов человек, продовольствия осталось меньше чем на неделю, по льду Ладожского озера была проложена дорога, а в январе 1943 года добавился и узкий наземный коридор. Тем не менее в осажденном Ленинграде погибло более миллиона человек, и блокада была снята только 27 января 1944 года[492].

Учитывая то, через что прошла команда во время больших чисток, удивительно, что они вообще в последующие годы были в состоянии действовать, не говоря уже о том, чтобы проявлять какую-либо инициативу. Тем не менее по большей части во время войны им это удавалось; они эффективно работали под огромным давлением, и часто им приходилось принимать решения самостоятельно. Члены ГКО, как и большинство их подчиненных, прошли без отдыха всю войну. В годы войны произошло возвращение к модели начала 1930-х годов — «коллективное руководство», сосуществующее со сталинской диктатурой де-факто, где каждый член команды имел свою зону ответственности. В этих областях им не только позволено было проявить инициативу, от них это требовалось. Как позже вспоминал Микоян, в первые годы войны команда, как единое целое, была на пике, все работали на полную мощность в обстановке взаимного доверия, важные вопросы решались по телефону без волокиты, и команда трудилась в «отличной товарищеской атмосфере»[493]. Когда основная группа из пяти членов ГКО (Сталин, Молотов, Маленков, Берия и Микоян) собиралась, как это обычно бывало, поздно вечером, без заранее запланированной повестки и без протокола, у каждого была возможность высказаться и отстаивать свое мнение, а отношение Сталина было здравым и терпеливым, даже если ему не нравилось это выслушивать. Нередко Сталин под воздействием аргументов сотоварищей менял свое первоначальное мнение[494].

Каждый советский гражданский или военный руководитель, посетивший Сталина в Кремле в то время, вспоминал, что его обычно окружали Молотов и другие члены команды, чаще всего Берия и Маленков, хотя говорили они редко[495]. Некоторые из посетителей считали, что они там просто, чтобы поддакивать, и были раздражены их присутствием, но маршал Жуков, который бывал у Сталина чаще, чем кто-либо еще, помимо членов команды, видел это по-другому: «Участвуя много раз при обсуждении ряда вопросов у Сталина в присутствии его ближайшего окружения, я имел возможность видеть споры и препирательства, видеть упрямство, проявляемое в некоторых вопросах, в особенности Молотовым; порой дело доходило до того, что Сталин повышал голос и даже выходил из себя, а Молотов, улыбаясь, вставал из-за стола и оставался при своей точке зрения. Многие предложения Сталина, касавшиеся укрепления обороны и вооружения армии, встречали сопротивление и возражения. После этого создавались комиссии, в которых шли споры, и некоторые вопросы тонули в этих спорах. Это тоже была форма сопротивления»[496].

Молотов, несмотря на проблемы 1939 года и понижение в должности в мае 1941 года, почти постоянно находился рядом со Сталиным в Кремле и других местах встреч в Москве и Подмосковье, включая бомбоубежище на станции метро «Кировская». Позже Микоян выражал недовольство этим и утверждал, что то, что Молотов обязан был присутствовать на этих встречах, отвлекало его от полезной деятельности, что Молотов служил «украшением», но это могло быть вызвано ревностью. Сам Микоян также часто бывал в сталинском кабинете в Кремле, хотя и не так часто, как он утверждал (в годы войны он не был вторым после Молотова по частоте посещений Сталина, а был четвертым в списке, пропустив вперед Берию и Маленкова). Сталин и Молотов были двумя членами команды, которые постоянно находились в Москве, в то время как другие ездили по фронтам. За исключением Тегеранской конференции с союзниками в конце 1943 года, Сталин практически не покидал столицу во время войны. В первые годы войны Молотов совершил две-три поездки по стране, чтобы устроить выволочку какому-нибудь старшему военачальнику от имени Сталина, но в остальном его поездки в качестве наркома иностранных дел были международными: важная (и опасная) поездка на самолете в Великобританию и США в 1942 году, а затем в Тегеран в 1943 году[497].

В отчасти формализованном разделении работы в ГКО Сталин отвечал за военную сферу, а остальные — за экономику (успехи в экономике, по мнению историков, были на удивление хорошими, лучше, чем у военных). Маленков, Берия и Микоян вместе с Молотовым сформировали оперативное руководство ГКО. Микоян, как обычно, занимался снабжением, в том числе Красной армии, а затем и производством вооружений; он также по-прежнему возглавлял Наркомат внешней торговли и, таким образом, руководил ленд-лизовскими поставками из США и Великобритании. Это был один из самых ярких моментов его карьеры, как с точки зрения эффективности, так и по той роли, которую он играл во власти. Производство танков, авиастроение и атомная промышленность в разное время находились под контролем Молотова, Маленкова и Берии, причем Берия на протяжении войны брал на себя все больше обязанностей[498]. Планированием занимался новый фаворит Сталина Николай Вознесенский, который быстро шел в гору.