Некоторая военная активность в течение апреля-мая наблюдалась на северном направлении (восточные отроги Муровдагского хребта, район Полистан), где армянское командование стремилось восстановить ранее утраченные позиции, предприняв несколько атак и неудачную попытку высадки тактического вертолетного десанта.

Оперативная пауза в боевых действиях, установившаяся с середины апреля и вызванная активизацией международных усилий по урегулированию конфликта, завершилась 12 июня переходом карабахских частей в массированное наступление на центральном участке фронта.

И снова боевые действия оказались заложником очередного резкого обострения внутриполитического противостояния в Азербайджане, вызванного мятежом командования и личного состава 709-й мотопехотной бригады, дислоцированной в г. Гянджа, которым руководил полковник Сурет Гусейнов.

Руководством республики в этих условиях был отдан приказ на проведение операции по разоружению бригады силами президентской гвардии и внутренних войск. 4–5 июня произошли вооруженные столкновения, в ходе которых с обеих сторон было убито более 60 военнослужащих.

Используя переданную технику и вооружение выведенной неделей ранее российской 104-й гвардейской воздушно-десантной дивизии (105 боевых машин десанта, БТР, 42 артиллерийско-минометные системы), руководство военной оппозиции взяло под контроль г. Гянджу, аэропорт и прилегающие районы, разоружило и расформировало подразделения внутренних войск, лояльных НФА.

В течение последующих нескольких суток оппозиционные силы, поддержанные перешедшей на ее сторону 707-й бригады 1-го армейского корпуса и других частей армии Азербайджана, совершили марш-бросок в восточном направлении вдоль шоссе Тбилиси — Баку. К исходу дня 10 июня они вышли на дальние подступы к столице, установив контроль над северо-западным и центральным регионами Азербайджана. Передвижение сил оппозиции происходило беспрепятственно, при негласном нейтралитете высшего военного командования и частей регулярной армии. В результате было обеспечено начало процесса отстранения от власти НФА.

Тем временем с утра 12 июня карабахские части предприняли массированное наступление в направлении райцентров Агдам и Мардакерт. В этой операции задействовалось более 6 тысяч военнослужащих, до 75 единиц бронетехники, поддержанных огнем гаубичной и реактивной артиллерии, ударами эскадрильи вертолетов Ми-24. В качестве ближайшей задачи ставилось расчленение боевых порядков азербайджанских частей с последующим окружением Агдама, уничтожением сосредоточенных в нем группировки сил, штабов, склада боеприпасов, базы ремонта бронетехники и военного госпиталя. При этом учитывалось сложное положение обороняющейся стороны, отрезанной от основных сил частями оппозиции, продвигавшихся из Гянджи в направлении Баку.

В ходе первых трех суток наступления карабахцам удалось выйти на рубеж в 5 км севернее и 10–15 км южнее Агдама, таким образом, охватив город с двух сторон. Хотя азербайджанские части пытались оказать сопротивление, однако удержать основные позиции снова не удалось. И это при том, что в бой были брошены все наличные самолеты и вертолеты ВВС Азербайджана, которые практически непрерывно наносили удары по армянским частям. Только 18 июня после подхода подкреплений азербайджанские войска предприняли контратаку, отбросив противника на исходные позиции практически по всему периметру Агдама.

Не добившись успеха в районе Агдама, армянское командование перенесло усилия на мардакертское направление. Перебросив сюда мобильные танковые части из-под Агдама, карабахцы начали атаку на прикрытые минными полями азербайджанские позиции вокруг райцентра. После затяжных боев, сопровождавшихся значительными потерями, 26 июня карабахские части заняли Мардакерт.

Таким образом, к началу июля армянское командование сосредоточило на агдамском направлении основные силы 2-го армейского корпуса ВС Армении: 4 пехотных полка (до 6 тысяч военнослужащих), 2 танковых батальона (60 танков), 5 артиллерийских дивизионов (120 стволов артсистем), часть 1-го десантно-штурмового полка, вертолетную эскадрилью.

Задействовав имеющиеся силы, армянские войска предприняли в общей сложности 6 массированных атак с целью захвата Агдама. При этом они неоднократно входили в пределы городской черты, но были выбиты после уличных боев. Несмотря на упорную оборону, гарнизон города был поставлен в сложное положение из-за затяжного внутриполитического кризиса, развернувшегося в Баку. Личный состав был измотан многодневными боями и испытывал отсутствие подкреплений, нехватку боеприпасов. В результате воздействия всех факторов в ночь с 23 на 24 июля после 42 суток непрерывных боевых действий части агдамской бригады оставили город и отошли в северном и восточном направлениях.

Политический кризис негативно отразился на обороноспособности Азербайджана. Начатая в апреле мобилизация была сорвана, произошли очередные перемещения высшего командного состава МО и ГШ. И как результат — активизировался саботаж, массовым явлением стало уклонение от призыва в армию. Как показали дальнейшие события, ошибкой стало расформирование корпусного звена управления, в результате чего было нарушено руководство частями действующей армии.

Кроме того, отрицательным фактором при обороне Агдама и других населенных пунктов явилось вмешательство в оперативное планирование руководства «военной оппозиции», добившейся ряда ключевых государственных постов (прежде всего, это касается премьер-министра Сурета Гусейнова). Но самое главное — политический кризис негативно повлиял на морально-психологическое состояние личного состава. Из-за негативного настроя военное командование было вынуждено расформировать непосредственно в зоне боевых действий в общей сложности 33 батальона, контролировавшихся НФА.

Осуществляя мероприятия по урегулированию проблемы и стабилизации обстановки, руководство Азербайджана перебросило в южные районы дополнительные войска, вынужденно ослабив фронтовую группировку.

Подобным «козырем» не могло не воспользоваться армянское командование, которое возобновило наступательные действия. Применив принцип концентрации сил на направлении главного удара, армянская сторона вновь ввела в действие мобильные бронегруппы, ранее использовавшиеся в районах Мардакерта и Агдама. В соответствии с замыслом операции, предполагалось оккупировать Физулинский, Джебраильский районы Азербайджана, выйти к иранской границе у населенного пункта Горадиз, таким образом, отрезав Зангиланский и Губадлинский районы от остальной территории республики.

Одновременно 11 августа армянская армия начала наступление на райцентры Физули и Джебраил. При этом только на физулинском направлении было задействовано не менее одного танкового батальона (до 35 танков Т-72). По истечении нескольких суток боевых действий боевая устойчивость азербайджанских частей была нарушена ввиду отсутствия подкреплений и подвоза боеприпасов.

20 августа после боев армянские части заняли оборонявшийся ленкоранским батальоном райцентр Джебраил, ранее трижды переходивший из рук в руки.

22 августа под давлением армян части 160-го азербайджанского полка и физулинской бригады оставили г. Физули и одноименный район.