В институте В. А. Котельников руководил сначала группой, а затем лабораторией. Начатые до войны работы по созданию аппаратуры телеграфного засекречивания были продолжены и привели к созданию необходимого шифратора к осени 1942 года. Созданные под руководством В. А. Котельникова системы шифросвязи с успехом использовались в 1942–1945 годах для связи Москвы с фронтами, в действующей армии, а также во время принятия капитуляции Германии для связи советской делегации с Москвой.

В 1942 году был издан приказ НКО № 0093 о взятии на вооружение частями связи приборов «Селектор», которые автоматически шифровали телеграммы, передаваемые аппаратом Бодо. К сожалению, пока не удалось обнаружить описание данного шифратора.

23 марта 1943 года СНК СССР было принято Постановление о присуждении Сталинских премий за выдающиеся изобретения за 1942 год. Третью степень с вознаграждением в 50 тысяч рублей за разработку новой аппаратуры специального назначения получили инженер-капитан 1 ранга И. П. Волосок, конструкторы завода № 707 П. А. Судаков и В. Н. Рытов. Также орденами были награждены Н. М. Шарыгин, М. С. Козлов, П. И. Строителев и Н. И. Гусев. Кроме того, И. П. Волосок получил ученую степень кандидата технических наук (без защиты диссертации), а 20 декабря 1943 года — звание генерал-майора войск связи.

На машинную шифросвязь в годы войны легла основная нагрузка при передаче секретных телеграмм. Только в 8-м (режимном) Управлении ГШ КА с 1941-го по 1945 годы было обработано свыше 1,6 миллиона шифротелеграмм и кодограмм. Временами нагрузка на шифровальщиков Управления доходила до 1500 телеграмм в сутки. В штабах фронтов нормой считалась суточная нагрузка до 400 телеграмм, в штабах армии — до 60. Вместе с шифрами гаммирования применялись шифры многоалфавитной замены. За годы войны 8-м Управлением ГШ КА нижестоящим штабам и войскам было разослано порядка 3,2 миллиона комплектов шифров.

К концу 1944 года в 130 военных шифрорганах были на вооружении шифровальные и кодировочные машины M-100/101 и К-37. Так, в 1943 году в войска было отправлено свыше 90 комплектов М-101, а к концу войны в эксплуатации всего находилось 396 комплектов техники специальной связи.

За время войны «Курсы усовершенствования командного состава шифрослужбы» и учебные команды фронтов и военных округов подготовили и отправили на фронт более пяти тысяч специалистов-шифровальщиков. Они с честью справились с возложенными на них задачами, обеспечивая машинной шифросвязью Ставку Верховного Главнокомандующего, Генеральный штаб, Управления НКО, Тегеранскую, Ялтинскую и Потсдамскую международные конференции.

Офицеры-конструкторы 8-го Управления ГШ КА в годы войны занимались не только созданием новых образцов шифротехники. Внедрение ее в войска и обучение работе на ней — вот что было их основным занятием. Конструктор М. С. Козлов в военные годы отправлялся на фронт 32 раза! А утром 9 мая 1945 года, получив срочное предписание госбезопасности и Генерального штаба, вылетел самолетом «Дуглас» в Берлин для участия в работе комиссии по отбору и отправке в СССР самого ценного оборудования заводов и фабрик гитлеровской Германии по репарации. Только из Карлсхорста и Потсдама для нужд мастерских по ремонту шифровально-кодировочной техники им было вывезено три вагона оборудования.

В конце 1945 года были подведены итоги эксплуатации шифровально-кодировочной техники в действующей армии. В это же время проводилась исследовательская работа по дальнейшему повышению криптостойкости применяемой техники, а также намечались пути и направления по созданию новых моделей М-104 «Аметист» и М-105 «Агат». Наряду с шифром гаммирования широкое распространение получил шифр колонной замены, техническая реализация которого была заложена еще в 1930-е годы в кодировочной дисковой машине К-37.

В 1950-е годы на замену M-105 «Агат» пришла модель М-125 «Фиалка», которая стала основной шифромашиной в СССР и странах Варшавского договора во время «холодной войны» до 1990-х годов. Она была основана на принципе немецкой «Энигмы» и имела десять роторов, установленных на одной оси, с нанесенными на них 30 буквами русского алфавита. Машины M-125 включали модели «M-125-MN», а начиная с 1978 года — более сложные модели «M-125-3MN» и «М-125-3МР3» с многоязычной клавиатурой и регулируемыми роторами.

В отличие от «Энигмы», на которой исходные символы засвечивались лампочками, «Фиалка» печатала символы на бумажной ленте и одновременно перфорировала отверстия на ленте и поэтому была подобна телетайпу Бодо. «Фиалка» имела считыватель установленной перфокарты, с помощью которого устанавливались внутренние кодирующие параметры машины. Также она имела считыватель бумажной ленты для превращения ленты с печатными символами в перфоленту.

«Фиалка» обеспечивала вращение каждого из своих десяти роторов в направлении, противоположном соседнему ротору. Кроме роторов она имела еще коммутатор, состоявший из двух комплектов 30-контактных полос. Перфокарта вставлялась между двумя комплектами контактов через отверстие на левой стороне машины. Каждая перфокарта имела 30 отверстий, которые определяли установку 30-контактных линий ротора.

Сначала на машине устанавливались только нерегулируемые роторы с фиксированными кольцевыми параметрами и фиксированной электропроводкой. С 1978 года на машине уже устанавливали регулируемые роторы, которые имели как электрические контакты, так и механические штыри. Установка ключа определяла порядок расположения роторов на оси и начальные параметры роторов. Изменения в параметры роторов можно было вносить перестановкой модулей внутренней проводки внутри роторов. Модуль любого ротора можно было переставить в другой ротор в каждую из 30 возможных позиций, что давало в целом 60 видов электрических цепей.

Ключевой материал «Фиалки» состоял из ежедневной ключевой книги, ключевой книги сообщений и книги идентификатора сообщения. Ежедневная ключевая книга содержала дневные ключевые данные на один месяц. Ежедневный ключ состоял из ключевой таблицы и перфокарты, действовал в течение 24 часов и менялся в 00:01. Ежедневно шифровальщик должен был извлекать карту из пакета и устанавливать ее в считыватель карты машины. Для фиксированных систем ротора ключевая таблица определяла порядок роторов на оси и начальные параметры ротора. Ключ сообщения должен был использоваться только один раз.

Для шифрования данных о погоде в 1965 году на базе М-125 была сконструирована шифромашина М-130 «Коралл», которая имела только цифровую клавиатуру. М-130 использовалась для обмена шифрованными метеосводками как в СССР, так и в странах Варшавского договора.

Изучая материалы о советском разведчике Рихарде Зорге (1895–1944) и его товарищах, очень сложно было найти правдивые материалы о шифрах его японской разведывательной группы. Как, впрочем, и о шифрах других его товарищей — Леопольда Треппера, Шандора Радо, Рудольфа Абеля. А между тем история их шифров — одна из самых замечательных страниц мировой криптологии.

«Триумфом советской разведки» назвал ее агентурные шифры известный историк Дэвид Кан. Именно советские шифры, разработанные, несомненно, выдающимися специалистами своего дела, на десятилетие определили вектор развития мировой криптологии в области так называемых «ручных» шифров.