До разделения экспедиции ее руководитель провел совещание со своими капитанами, на котором возник вопрос о том, продолжать ли двигаться вперед или повернуть назад. Все во главе с Магелланом, кроме лоцмана «Сан-Антонио» португальца Эстебана Гомеса, твердо выступили за продолжение намеченного маршрута, и именно это решение было принято. Честолюбивый Гомес все время рассчитывал на получение капитанского поста, а после отстранения Картахены ждал, что он займет его место на «Сан-Антонио», но когда его занял Мескита, затаил обиду и злобу на Магеллана и его слабовольного родственника. Когда «Сан-Антонио» оказался в отрыве от остальных судов во время обследования одного из восточных рукавов пролива, Гомесу удалось подкупом привлечь на свою сторону несколько его крепких моряков, заковать в кандалы Мескиту и затем передать командование каравеллой своему сообщнику Герра. Подняв мятеж, Гомес и его приспешники повернули назад и в марте 1521 года достигли Севильи, где он сам и Мескита были брошены в тюрьму. Однако Гомесу удалось не только вскоре выйти из заключения, но и получить королевское поручение найти другой пролив через новый континент. Мескиту освободили только через два года, когда он смог доказать свою невиновность в мятеже и затем вернуться в Португалию по приглашению короля Дона Мануэля.

Продолжая путь дальше по проливу, Магеллан и его спутники увидели далекие огни ночных костров обитателей очень большого острова, который по этому случаю и был назван ими Огненной Землей. Продвигаясь вперед, они вскоре достигли мыса, который оказался самой крайней южной оконечностью американского континента — мыса Форвард, где сам пролив поворачивал свое центральное русло на северо-запад среди величественных заснеженных гор с живописными ледниками и водопадами, множества островов и бесконечного числа бухт, заливов и протоков. Весенняя антарктическая пора украшала берега широкими пестрыми коврами ярких цветов и сочного моха. Это были действительно захватывающие дух пейзажи, оживляемые массами незнакомых птиц. Воды кишели косяками знакомых и не виданных ранее путешественниками рыб. Около устья одной из рек, названной Магелланом рекой Сардин, что отражало обилие в ней этой рыбы, он остановился в ожидании двух других каравелл.

За эти четыре дня, как сообщает Пигафетта, «они отправили хорошо снабженную лодку в поисках мыса другого моря и вернулись на третий день и сообщили, что они увидели мыс огромного моря. И генерал-капитан от радости расплакался. Они назвали его мысом Желания, так как столь долго желали его увидеть. И они повернули назад в поисках двух других кораблей, но нашли только "Консепсьон"...» Ее капитан Серрану ничего не мог рассказать о «Сан-Антонио», а его тщательные поиски по водам пролива ничего не дали. Тогда, оставив на трех высоких вершинах флаги с письмами для пропавших и возведя небольшой крест у реки Сардин, Магеллан направил экспедицию к выходу из пролива в другое море.

«Они выплыли из этого пролива, — пишет Антонио Пигафетга, — в Тихое Море 28 ноября 1520 года...» Пролив между Атлантическим океаном и Южным морем, который оказался очень протяженным — длиной свыше 400 миль — и невероятно сложным для навигации, был наконец найден и даже пройден благодаря огромному опыту и силе воли Фердинанда Магеллана — одного из самых великих мореплавателей за всю историю человечества. Этим плаванием была открыта также самая южная часть американского континента. Теперь перед путешественниками лежал еще один океан, о подлинных размерах которого ни они сами и ни кто другой не имели никакого представления. Они скорее готовились к непродолжительному переходу от Нового Света к Островам Пряностей.

Продолжение дальнейшего плавания Магеллана не имеет прямого отношения к открытию или завоеванию американских земель, хотя оно содействовало последующему освоению их западного побережья, в том числе из Азии, но его короткое изложение тем не менее представляется заслуживающим внимания с точки зрения целостности этой героической экспедиции.

После дезертирства «Сан-Антоиио» эскадра Магеллана вышла в новый океан в составе трех каравелл; флагмана «Тринидад», парусника «Виктория» с капитаном Дуарте Барбозой и корабля «Консепсьон» под командованием Жоау Серрану. В течение двух дней и трех ночей они продвигались вдоль берегов сегодняшнего Чили, стараясь держаться подальше от множества его водных скал и наблюдая за тянувшейся на север бесконечной горной цепью Анд, индейское название которой, означающее «горы», им было еще неизвестно. После этого флотилия стала углубляться в просторы океана, который за хорошую спокойную погоду, сопровождавшую путешественников, был наречен Магелланом «Тихим».

Маршрут, которым экспедиция продвигалась по просторам Тихого океана, где, как нам известно, имеется множество обитаемых и необитаемых островов, прошел мимо всех них, порой даже на незначительном расстоянии, удачно найдя попутные северо-восточные ветры и благоприятные течения. Поднявшись на широту несколько севернее теперешнего чилийского города Вальдивиа, Магеллан стал двигаться на северо-запад, а где-то на широте Вальпараисо повернул на запад, постепенно легко склоняясь к юго-западу. 24 января 1521 года они встретили свой первый остров, который, по мнению исследователей, был атоллом Пука-Пука в архипелаге Туамоту. Остров оказался необитаемым, глубина окружавших его вод не позволяла встать на якорь, и экспедиция продолжила путь дальше. К этому времени прошло уже почти два месяца после выхода каравелл из открытого ею пролива, и положение ее экипажей уже давно стало невероятно тяжелым. Вот как описывает их страдания сам Антонио Пигафетта:

«... и они ели гальеты, а когда они кончились, то ели крошки, пахнущие мышиной мочой с кишащими в них червями. Они пили желтую воду, которая сгнила уже несколько дней назад. И они ели кожу, которой были подбиты большие паруса и которая одеревенела от солнца, дождей и ветров. Они отмачивали ее в море в течение четырех или пяти дней, а потом клали в котел на огне и затем ели вместе с массой опилок. За мышь давали целый дукат или половину. Десна у некоторых людей распухли так, что они свисали над их верхними и нижними зубами, и это не позволяло им есть, и люди умирали. От этой болезни умерло 19 человек вместе с индейцем из Бразилии и великаном, а 25 или 30 человек были настолько больны, что не могли пошевелить ни рукой, ни ногой. А других, но очень немногих божьей милостью болезни миновали». Голод, жажда и цинга в течение трех месяцев и двадцати дней косили, валили и мучили людей. Магеллан и Пигафетта были одними из тех немногих, кто, перенося страшный голод и жажду, все-таки не заболели.

Через двести лиг пути после первого острова экспедиция повстречала второй, но он тоже оказался необитаемым и не мог принести облегчения измученным путешественникам. Оба острова поэтому были названы ими Несчастными. Далее Магеллан шел курсом на северо-запад и запад. Первую свою передышку экипажи получили только через 99 дней перехода, когда они достигли островов Гуам и Рота.

После столь долгих страданий и ожиданий передышки люди с чувством спасения и неописуемой радости нового открытия теперь уже на противоположной стороне Тихого океана смотрели на зеленые плодовые деревья и культивированные поля. Найдя подходящую бухту, парусники встали на якоря и тут же были окружены массой легких и проворных лодок местных жителей, которые моментально заполонили палубы каравелл и, захватив все, что попадалось им под руку, в том числе и длинную лодку флагмана, сбегали. Ослабленные хозяева судов ни словами, ни действиями не могли противостоять этому грабительскому налету и были вынуждены применить огнестрельное оружие, чтобы избавиться от непрошеных гостей, в результате чего погибло семь чаморрос. Теперь было необходимо в первую очередь обеспечить людей продуктами и вернуть столь нужную лодку перед лицом враждебно настроенных островитян. Магеллан решил отвести каравеллы подальше от берега, а с наступлением ночи атаковал прибрежную деревню, забрав достаточное количество риса, фруктов, овощей и питьевой воды для продолжения плавания. На следующий день генерал-капитан снова вывел экспедицию в океан и взял курс на юг. Это было 9 марта 1521 года.