28 февраля было издано постановление СНК СССР № 277-119сс «О мероприятиях, связанных с размещением советских вооруженных сил на территории Эстонии, Латвии и Литвы», согласно которому НКВТ следовало заключить договоры на аренду земельных участков и строений с Эстонией не позднее 20 марта, а с Латвией и Литвой не позднее 5 апреля с предварительным рассмотрением этих соглашений в советском правительстве. НКИД поручалось договориться о пребывании и деятельности в Эстонии Строительного отдела НКВМФ по строительству оборонных объектов и Управления НКСтроя по строительству военно-морской базы в Палдиски, а в Латвии Строительного отдела НКВМФ по строительству оборонных объектов. Заключить соглашение с эстонским правительством о пропуске на строительство военно-морской базы в Палдиски 6 стройбатов по 1 200 человек каждый, 3 000 вольнонаемных рабочих и 600 ИТР для НКСтроя и 3 стройбатов по 1 200 человек каждый, 5 000 вольнонаемных рабочих и 500 ИТР для НКВМФ. Договориться о вводе в Латвию 1 стройбата численностью 1 200 человек, 1 500 вольнонаемных рабочих и 150 ИТР. Экономсовету при СНК СССР следовало до 15 марта определить, какие стройматериалы необходимо будет завозить из СССР, а какие закупать на месте. НКВТ было разрешено создать специальную группу для заключения договоров, продажи стройматериалов из СССР местным подрядчикам, финансирования и контроля за осуществлением работ. На НКО, НКВМФ и НКСтрой возлагалась организация обеспечения и контроль за выполнением подрядных работ. Кроме того, НКО и НКВМФ было запрещено направлять в прибалтийские гарнизоны семьи командно-начальствующего состава без согласия правительства[534].

4 марта в беседе с В.М. Молотовым эстонский посланник обратил внимание советской стороны на то, что, по мнению Таллина, в установленное договором количество советских войск входят и расположенные на суше части ВМФ. «Кроме того, в настоящее время поднимается вопрос о дополнительном вводе в Эстонию 2 тыс. бойцов и двух инженерно-строительных батальонов. Между тем Эстония сама может предоставить для советского строительства 10 тыс. рабочих». Молотов ответил, что согласно договору речь шла об установлении численности «наземных и воздушных сил, то есть количество морских сил в данном случае не ограничено. Советский Союз даже не использует предоставленного для него соглашением лимита и содержит в Эстонии только около 22 тыс. человек. Что же касается строительных батальонов, то это не войска, а организованные по-военному рабочие, которые будут находиться в Эстонии только на время строительства, и никак не могут войти в контингент» советских войск, как и другой обслуживающий персонал. Как заявил нарком иностранных дел, советское правительство «не принимало решения о посылке в Эстонию новых 2 тыс. бойцов. С другой стороны, советское правительство заинтересовано в том, чтобы максимально использовать эстонских рабочих, и будет дано указание, чтобы советских рабочих посылали возможно меньше. У советского правительства есть намерение производить выплату денег войскам в эстонской валюте, чтобы в большей мере перевести их на местное бытовое обслуживание и тем самым сократить ввоз обслуживающего персонала. Как отнесется к этому эстонское правительство?» А. Рей уклонился от ясного ответа на этот вопрос, но отметил, что «частое общение советских военных с населением может явиться не совсем желательным». В заключение эстонский посланник просил «не использовать полностью лимит, установленный для количества советских войск в Эстонии». В ответ Молотов заметил, что «советское правительство сейчас не намерено увеличивать свои войска в Эстонии, но без ввоза в Эстонию рабочих обойтись нельзя, так как строительство нельзя затягивать, а Эстония не сможет покрыть всей потребности в рабочей силе, в особенности по линии квалифицированных рабочих, нужных для гидростроительства»[535].

7 марта эстонская сторона заявила, что не возражает против ввода на территорию страны для строительства военно-морской базы в Палдиски 9 батальонов военизированных рабочих по 1 200 человек в каждом, 5 тыс. рабочих для специальных работ, 1 200 инженерно-технических работников, разрешает организацию в Таллине строительного управления и готово оказать помощь торгпредству в аренде необходимых помещений. Таллин согласился организовать эвакуацию населения из района строительства, но просил авансировать и по возможности полностью возместить расходы и убытки, связанные с переселением. Так же эстонская сторона была готова помочь с наймом необходимых эстонских рабочих. Сообщая об этом заявлении эстонских властей, советский полпред К.Н. Никитин также просил выделить аванс порядка 200 тыс. крон[536]. Потребность строительства военно-морской базы в рабочих руках оценивалась советской стороной в 6 800 человек[537]. 26 марта эстонский посланник в Москве просил В.М. Молотова не настаивать на строительстве капитальных казарм в районе Лигулы, Клооги и Хаапсалу, так как это районы временного пребывания частей РККА. Со своей стороны нарком иностранных дел СССР поставил вопрос об аренде острова Оденсхольм (Осмуссааре)[538]. Указав «на задержку разрешения ряда практических вопросов по реализации пактов», советская сторона 7 апреля предложила Эстонии провести новые консультации по накопившимся проблемам. Вскоре в Москву прибыл специальный эстонский уполномоченный генерал А. Траксмаа. На начавшихся 15 апреля переговорах эстонская сторона согласилась передать в аренду остров Оденсхольм, вновь просила переместить советские войска в менее людные районы и предложила СССР возместить все расходы с эвакуацией населения вплоть до утраты возможного дохода граждан. Советская сторона выразила готовность к обсуждению всех этих проблем по существу[539].

16 апреля нарком обороны направил в Политбюро ЦК ВКП(б) и СНК СССР докладную записку, в которой указал, что «существующую дислокацию наших наземных и воздушных частей в Эстонии нахожу целесообразным изменить в сторону усиления островов Даго [Хийумаа], Эзель [Сааремаа] и района порт Балтийский [Палдиски]». По мнению наркома обороны, «прочное удержание вместе с Военно-Морским Флотом островов Даго, Эзель, порта Балтийский и прилегающих к нему островов Пакри и Оденсгольм, является для нас основной задачей – обороны подступов к Финскому заливу и ко всему побережью Эстонии. Имея же главные силы, как сейчас, в районе Гапсаль [Хаапсалу], мы не сможем обеспечить наземными войсками быструю помощь нашим частям, расположенным на островах и в районе порта Балтийский». Маршал К.Е. Ворошилов предлагал новую дислокацию войск (см. таблицу 12) и представил график ежегодной замены частей в Прибалтике[540]. В тот же день заместитель наркома обороны командарм 1-го ранга Г.И. Кулик и нарком ВМФ флагман флота 2-го ранга Н.Г. Кузнецов направили в Политбюро ЦК ВКП(б) и СНК СССР «проект постановления по дислокации» и решения «других вопросов, связанных с требованием наших вооруженных сил на территории Эстонии» и список отводимых земельных участков общей площадью 29 157 га (из них 13 352 для НКВМФ)[541].