Происхождение Гермогена неизвестно. В 1611 году поляки, затевавшие суд над Гермогеном, получили письменное свидетельство одного московского священника о «житии» Гермогена. Священник показал, что в начале жизни Гермоген пребывал «в казаках донских, а после — попом в Казани». По другим данным, Гермоген происходил из рода Шуйских. Так или иначе, поп Гермоген в 1579 году служил в казанской церкви Святого Николая в Гостином дворе. .Он заслужил упоминание в летописи в связи с обретением иконы Казанской Богородицы. В 1588 году Гермоген стал игуменом казанского Спасо-Преображенского монастыря. 13 мая 1589 года Гермоген был возведён в сан епископа и поставлен митрополитом Казанским и Астраханским — первым в новоучреждённой митрополии.

Гермоген отличился при обращении в православие инородцев — татар, мордвы, мари, чувашей и других народов. По настоянию Гермогена в Синодик, читаемый в неделю православия, были внесены «православные благочестивые воеводы и воины, пострадавшие за Христа под Казанью и в пределах казанских в разные времена», а также мученики, убитые татарами за веру, — Иван Новый, Стефан и Пётр.

На такого патриарха, твёрдого в вере и большого патриота земли русской, царь Василий вполне мог положиться, а Филарету предложил малой скоростью ехать в свою ростовскую митрополию — он ведь по-прежнему митрополит Ростовский.

Итак, ценой больших усилий царю Василию удалось укрепить свою власть в столице. Совсем иначе дела складывались в провинции. Жители юго-западных городов — Путивля, Чернигова, Кром и других — наотрез отказались присягать новому царю. Там правили воеводы — сторонники Лжедмитрия.

По всей стране распространялись слухи, что Дмитрий не был убит в Москве, а скрылся и вот-вот объявится. В какой-то мере распространению таких слухов способствовали действия царя Василия.

Так, глупости и противоречия царской грамоты, разосланной по всей стране с объяснением причин переворота 17 мая 1605 года и мотивировками воцарения Шуйского, вызывали серьёзные подозрения как у воевод, так и у простых горожан.

В день переворота трупы Отрепьева и Басманова сторонники Шуйского отволокли на Лобное место, раздели донага, да ещё на Отрепьева надели страшную маску, в которой тот собирался быть на маскараде. Никто не подумал, что народ, привыкший видеть царя в роскошных одеяниях, не будет ассоциировать его с изуродованным трупом, да ещё с закрытым маской лицом. Сразу же начались разговоры, что убитый совсем не похож на царя Дмитрия. Через три дня Басманова похоронили в церкви Николы Мокрого, а Отрепьева — в убогом доме за Серпуховскими воротами. Но по Москве поползли разные слухи: говорили, что сильные холода стоят благодаря волшебству расстриги, что над его могилой творятся чудеса. Тогда труп самозванца вырыли, сожгли в деревне Котлы и, смешав пепел с порохом, выстрелили им из пушки в ту сторону, откуда он пришёл.

В начале 1606 года, ещё в царствование Дмитрия, на Тереке появился новый самозванец — царевич Пётр. На самом деле это был бродяга Илья, сын муромской проститутки Ульяны, которая ушла от мужа и прижила Илью от посадского человека Ивана Коровина. Подросший Илья поначалу торговал яблоками у нижегородского купца Грозильникова. Позже это занятие Илье надоело, и он подался в Казань на Волгу, а затем на Терек. На Тереке Илейке-Петру удалось собрать большой отряд гулящих казаков. Самозванец рассказал им фантастическую историю, будто Ирина Годунова, жена царя Фёдора Иоанновича, была беременна, но очень боялась своего брата, Бориса Годунова, который уже метил на царство. И вот, родив в 1592 году сына, она подменила его девочкой, чтобы коварный Борис не извёл младенца. Сына же она отдала на воспитание дьяку Андрею Щелкалову и князю Мстиславскому. Царевич рос у жены Щелкалова полтора года, затем его отдали Григорию Васильевичу Годунову, тоже посвящённому в тайну. У него царевич прожил два года, а потом его перевезли в монастырь под Владимиром, где игумен научил его грамоте. Когда царевич освоил грамоту, игумен написал об его успехах Григорию Васильевичу Годунову, считая его отцом мальчика. Но Григорий Годунов к тому времени уже умер, а его родные отписали, что «у родича нашего не было сына, не знаем, откуда взялся этот мальчик». Заинтригованные родные обратились за разъяснениями к Борису Годунову, и Борис написал игумену, чтобы тот прислал мальчика к нему. Царевича повезли в Москву, но по дороге он, почувствовав недоброе, сбежал, какое-то время жил у князя Барятинского, а затем ушёл к казакам, где и объявил о себе.

О появлении самозванца донесли царю Дмитрию. Реакция его была совершенно необъяснима. В конце апреля 1606 года царь послал к казакам дворянина Третьяка Юрлова с грамотой, где говорилось, что если называющий себя Петром и в самом деле царевич, то царь ждёт его у себя в Москве, а если «он чувствует за собой, что он не царевич», то пусть лучше быстрее убирается из Московского государства. К грамоте прилагалась подорожная, где предписывалось выдавать «царевичу Петру» корм на всём пути до Москвы.

«Царевич Пётр» встретил Юрлова с грамотой в Самаре и двинулся дальше, говоря всем, что он едет в Москву к своему дяде царю. В Свияжске «царевич Пётр» узнал о смерти Дмитрия и воцарении Василия Шуйского. Теперь Петра в Москве однозначно ждала плаха, а то и кол. Поэтому «царевич» со своей ватагой повернул обратно. Обманом казаки проскочили Казань и отправились вниз по Волге-матушке, грабя встреченные суда и прибрежные городки.

17 мая 1606 года, когда заговорщики были заняты истреблением самозванца и поляков, один из убийц Фёдора Годунова Михаил Молчанов успел выбраться из дворца и покинуть Москву. В сопровождении двух поляков Молчанов двинулся к литовской границе, распуская по дороге слухи, что он царь Дмитрий, что он спасся, а вместо него заговорщики по ошибке убили другого человека.

Василий Шуйский сделал огромную глупость, распихав сподвижников Гришки Отрепьева воеводами по дальним городам. Того же князя Григория Петровича Шаховского он поставил воеводой в Путивле — щуку бросили в реку. Новый воевода немедленно объявил жителям Путивля, что царь Дмитрий жив и находится в Польше. Шаховский во время переворота выкрал в Кремле государственную печать и, используя её, рассылал грамоты по городам, поднимая народ за «царя Дмитрия». И на эту роль Шаховскому сгодился бы любой другой самозванец. Он начал переписку с польскими панами, которые также искали кандидата на роль царя Дмитрия.

Тут всплывает довольно любопытный персонаж — Иван Исаевич Болотников, служивший когда-то боевым холопом у князя А. А. Телятевского. В Польше в городе Самборе Болотников встречается с Михаилом Молчановым. Последний убедил Болотникова, что Лжедмитрий I жив, и отправил с письмом от «царя Дмитрия» в Путивль