Комментируя слова Юговича, Приамурский генерал-губернатор генерал Н.И. Гродеков в донесении Военному министру писал: «Донося об этом, обязываюсь прибавить, что настояние Юговича, будто и теперь все еще не дошли до войны, идут против очевидности фактов, так как по всей границе округа ведутся военные действия, отнюдь не против каких-либо мятежников, а против отрядов китайских войск, направляемых высшими представителями власти от имени императорского пекинского правительства».

Местные китайские власти, подчиняясь приказаниям Пекина, объявили открытую войну русским гарнизонам. Губернатор Цицикара Шоу Шань телеграфировал главному инженеру КВЖД, что он «сравняет с землей порт и город Харбин, уничтожит всех русских и победоносно войдет в Хабаровск».

В Харбине находилось большое количество локомотивов и вагонного парка железной дороги, склады и мастерские, которые китайцы сделали главными объектами своего нападения.

К середине июля русские караулы и заставы полностью покинули все станции и объекты на Южной ветке железной дороги, отошли в Харбин. К этому времени в городе оставалось около 4000 человек, из которых около 2000 — охранная стража и около 1000 — запасные чины с КВЖД. Из запасников, вооруженных берданками, были организованы полицейская, пожарная, музыкальная команды и «вольная Осетинская дружина», состоявшая в основном из кавказских мусульман.

К 13 июля, когда Харбин подвергся первому масштабному натиску со стороны противника, его гарнизон состоял из 8 рот, 10 сотен, т.е. 2300 штыков и 1130 сабель с тремя орудиями. Силы осадивших Харбин китайцев оценивались русской разведкой в 8000 человек.

12 июля китайские войска численностью около 2000 человек с 20 орудиями вышли из Хуланьчэна в поход против Харбина. 13 июля в 4.00 начался артиллерийский обстрел Затона, левобережного пригорода Харбина. Русский отряд под командованием командира роты охранной стражи поручика Апостолова по приказу генерала А.А. Гернгросса отошел на правый берег Сунгари.

В ночь на 13 июля другой отряд китайских войск численностью 2000 человек переправился через Сунгари выше Харбина и начал продвигаться к городу с севера.

В это время весь русский гарнизон Харбина был сосредоточен на Пристани. В 8.00 первого дня наступления китайцы заняли кирпичный завод в километре от Нового города. Они установили там 4-орудийную батарею и начали обстрел Пристани и Нового города. Вслед за тем в атаку пошла китайская пехота. Однако контратакой двух сотен охранной стражи с фланга китайская атака была сорвана.

Китайские войска отошли к винокуренному заводу южнее города, но остались смертники, спрятавшиеся и нападавшие на русских сзади. Ими был убит командир сотни штабс-ротмистр Чаленков с двумя казаками. После отчаянного штурма русскими войсками винокуренного завода, в стенах которого осталось 400 убитых китайцев, противник в панике бежал. К 15.00 бой закончился. Цицикарские войска, потеряв до 800 человек убитыми, отступили. Потери русских составили 5 человек убитыми и 10 — ранеными. Русским войскам удалось взять богатые трофеи, в числе которых оказалось 3 артиллерийских орудия.

Первая победа оказала огромное вдохновляющее влияние на русский гарнизон Харбина и одновременно деморализовала китайские войска. Китайцы так и не предприняли никаких решительных действий против защитников города.

Осада Харбина закончилась только с подходом русских войск из Хабаровска и Пограничной. 22 июля в Харбине состоялся совместный парад гарнизона защитников города и подошедших накануне из России войск подкрепления. Общие потери харбинцев за месяц боев и осады составили более 60 человек убитыми, более 100 ранеными и несколько пропавшими без вести. Китайцам не удалось вытеснить русских из Харбина ни дипломатическим путем, ни путем психологического давления, ни с помощью военной силы.

Столица КВЖД осталась за русскими. Ей суждено было сыграть важную роль в развернувшихся к тому времени военных действиях в Маньчжурии.

Таким образом, сооружение Китайско-Восточной железной дороги явилось одним из крупнейших экономических и военно-стратегических проектов Российской империи на Дальнем Востоке в начале XX века.

Несмотря на достаточно выгодные условия российско-китайского соглашения о КВЖД, Пекин относился к этому проекту неоднозначно. Центральные китайские власти и местная администрация в Маньчжурии, получая определенные дивиденды от этого проекта, не предпринимали решительных мер по содействию строительству. С началом антиимпериалистического, «антииностранного» движения «боксеров» недовольство народных масс было направлено на объекты железной дороги и на русский персонал КВЖД.

Одной из причин такого недовольства были, естественно, действия российской стороны — администрации КВЖД и охранной стражи. Не всегда в своей деятельности они учитывали специфику своего положения на территории суверенного государства, допуская нарушение прав и обычаев местного населения. Мукденские власти, например, сообщали в Пекин, что «русские в разных деревушках самовольно занимали дома, насиловали женщин, обманом вымогали деньги, отбирали имущество, силой брали хлеб и провиант, всякими способами беспокоили и обижали население, так что последнему от них житья не стало».

Китайские войска в первой половине июня еще не имели четких инструкций о том, как относиться к русским гарнизонам. В результате этого в большинстве районов КВЖД русским удавалось избегать боевых стычек с китайскими гарнизонами. Последние ставили перед собой цель не столько уничтожение русских, сколько их изгнание, «выдавливание» с территории Маньчжурии и разрушение железнодорожного полотна и станционных построек.

Отступление русского персонала КВЖД и охранной стражи продолжалось в течение полумесяца. Отход с Южной ветви происходил с тяжелыми боями и сопровождался значительными потерями русских отрядов. Вооруженные стычки происходили вдоль КВЖД и в северной части Маньчжурии.

Отход русских отрядов из всех пунктов КВЖД осуществлялся в целом организованно. Вместе с тем администрацией КВЖД и охранной стражей не все было сделано для того, чтобы вовремя вывести персонал и имущество железной дороги из-под ударов мятежников. По мнению генерал-лейтенанта Линевича, огромная доля вины лежала на инженере Юговиче, о котором он писал:

«В сколь тяжелое положение поставил свою охрану и своих служащих инженер Югович! Потеря 48 человек, павших у полковника Мищенко, должна лечь тяжелым камнем на душу инженера Юговича. Он один дозволил себе дерзко и преступно обманывать Министра финансов и всех других начальников о спокойствии в Маньчжурии.

Всех своих служащих он третировал словами, что они свои нервы распустили, и потому им будто бы грезится какое-то волнение между китайцами. Неужели же это тяжкое Юговича преступление пройдет бесследно?

Кто же возместит потерю жизни несчастных 48 человек и чем? А равно, кто возместит десятки миллионов рублей, потерянных с разрушением пути, станций, мостов и разных складов железнодорожного имущества? Господи!!! Как велико преступление перед отечеством господина инженера Юговича, это один Бог ведает…»