Суть нового закона о выборах в Государственную думу (разработанного под личным руководством Столыпина его ближайшими сотрудниками в МВД и введённого Николаем II чрезвычайно-указным порядком) заключалась в следующем: количество выборщиков от крестьян уменьшилось с 44 % до 22 %, а от городских рабочих – с 4 % до 2 %. Резко сокращалось количество мест в Думе от наиболее антиправительственно настроенных или полностью не подготовленных к введению парламентских выборов регионов – Средняя Азия была полностью лишена представительства, значительно уменьшилось количество депутатов от Царства Польского (12 вместо 36) и Кавказа (10 вместо 29), число городов с прямыми выборами было уменьшено с 26 до 5. Кроме того, было уменьшено и общее количество парламентариев – с 524 до 442.

Юридически действия императора (а по сути председателя Совета министров) можно характеризовать как государственный переворот (правовое обоснование Манифеста 3 июня не выдерживает никакой критики), но в данном случае речь шла о выборе меньшего из зол. Столыпин осознавал, что без принятия нового закона о выборах, который позволит сформировать конструктивно настроенную Думу, речь могла идти только о двух вариантах развития событий – дальнейшем нарастании хаоса или полной ликвидации молодого парламентаризма и других демократических институтов. Оба варианта были для главы правительства категорически неприемлемы, что и вынудило его инициировать более чем сомнительное, с правовой точки зрения, решение. Следует учесть также то, что огромная часть населения (в значительной степени полностью неграмотного) империи действительно была совершенно не подготовлена к введению парламентаризма. И не приходилось говорить о том, что оно будет в состоянии выразить на выборах свои подлинные интересы, а не станет объектом манипулирования (как со стороны революционеров, так, кстати, и самих властей). В конце концов, нельзя было за несколько месяцев безболезненно ввести в недавней самодержавной монархии институты парламентаризма, которые в европейских странах развивались на протяжении столетий.

Пожалуй, трудно не согласиться с оценкой событий 3 июня со стороны Савича, который вполне отдавал себе отчёт в антиправовом характере действий Столыпина: «В деле развития и укрепления конституционного строя не менее важную роль играет традиция, выработка и укрепление известных правил и взаимоотношений между властью и народным представительством. Для этого нужна известная традиция во взаимных отношениях власти и народного правительства, – вернее, тех классов населения, которые играют доминирующую роль на выборах.

Столыпин сознательно пошёл по раз избранному пути, он делал ставку на земский элемент, на класс земельных собственников. Представительство этих элементов во Второй Государственной Думе укрепило его в этом намерении, дало ему вещественное доказательство правильности избранного пути… Закон был издан в порядке указа, он был по существу государственным переворотом. Но он спасал самую сущность нового конституционного строя, «представительского строя», как его называл сам Столыпин».

И особенно показательно свидетельство Савича о том, как закон 3 июня был встречен умеренной интеллигенцией и земцами – то есть именно теми общественными кругами, на которые председатель Совета министров и пытался опереться в проведении политики реформ: «В той среде, к которой я принадлежал, этот закон встретили с нескрываемым ликованием. Для нас это было симптомом того, что, несмотря на нелепое поведение первых двух Государственных Дум, «увенчание здания», которого столько десятилетий добивались земцы, не получило смертельного удара, что сохранилось участие представителей общественности в деле управления государством, в контроле над деятельностью исполнительной власти. Вместе с тем мы полагали, что отныне путь революции будет оставлен, что общество убедится в том, что будущность и расцвет государства – в спокойной эволюции… Мы сознавали, что новый закон, давая нам большие права, тем самым налагал на нас большую ответственность за будущее страны… Мы были убеждены, что, став на путь созидательной работы совместно со Столыпиным, нам удастся прочно наладить отношения Власти с народом в лице вновь созданного народного представительства».

В своих расчётах относительно эффективности нового избирательного закона Столыпин не ошибся. Он действительно сумел блокировать доступ в Думу крайним элементам и сформировать достаточно лояльный к своей политике реформ парламент. Партийный состав III Думы разительно отличался от состава предыдущей. Из 442 членов Думы: октябристы составляли 154 депутата, умеренно правые – 70, кадеты – 54, правые – 51, «прогрессивная группа» – 28 (в том числе 7 мирнообновленцев), «национальная группа» – 26, социал-демократы – 19, «трудовая группа» – 14, польское коло – 11, мусульманская группа – 8, польско-литовско– белорусская группа – 7.

Конечно, было бы совершенно неправильно утверждать, что премьер получил безгласную и полностью управляемую Думу (Милюков был вынужден признать, что «оппозиция проникла в Думу через ряд щелей и скважин, оставленных как бы в предположении, что для полноты представительского органа какая-то оппозиция всё же должна в нём присутствовать»). Неоднократно как она в целом, так и проправительственные фракции шли против Столыпина, но, во всяком случае по многим ключевым для него вопросам, он мог получить поддержку октябристско-правого большинства.

Однако следует отметить, что даже в случае получения большинства в Думе решение могло быть блокировано в Государственном совете, где, как правило, против политики премьера выступали не слева, а справа. Именно так произошло в 1909 году с принятым Государственной думой законом о штатах Морского генерального штаба (который Столыпин считал жизненно необходимым для возрождения флота). Противники председателя Совета министров справа в своей ненависти и демагогии дошли до того, что обвинили его в попытке захватить управление армией и флотом, фактически в намерении устранить монарха от реальной власти. Вся огромная работа, проведённая Столыпиным в Государственной думе, ни к чему не привела – после рассмотрения закона в Государственном совете (несмотря на то что премьер с огромным трудом сумел получить большинство голосов) император его не подписал.

Дошло до того, что Столыпин из-за развязанной тогда против него правыми кампании оказался на грани отставки – для Николая II не было чувствительней темы, чем возможная узурпация власти Советом министров. Хотя всё же на отставку Столыпина царь не решился пойти, но 27 апреля 1909 года подписал на его имя рескрипт, показавший, что антистолыпинская истерия даром не прошла и выдвинутые обвинения главе правительства в попытке «узурпации власти» в определённой мере легли на благодатную почву В рескрипте давалось указание председателю Совета министров (вместе с военным и морским министрами) выработать «в пределах, указанных государственными основными законами, правила, в которых было бы перечислено, какие дела в сфере военного управления принадлежат исключительно верховной власти, какие, помимо нее, также и законодательным учреждениям».

Иногда в III Думе октябристы объединялись при голосовании с кадетами и прогрессистами, и тогда председатель Совета министров терпел поражение. Однако нельзя сказать, что кадеты не извлекли уроков из роспуска двух предыдущих Дум. Значительная часть руководства ПНС, пусть и со значительными оговорками и не объявляя об этом прямо, но признала необходимость столыпинских реформ. Во всяком случае, из радикально-непримиримой оппозиции кадеты превратились в оппозицию в целом конструктивную, для которой всё же было важнее содержание законопроектов, а не то откуда они исходят.