Думаю, что, узнав эту новость, владивостокские начальники вздохнули с облегчением. К этому времени о заболевании и поведении Шмидта, а также о его желании покинуть флот контр-адмирал Чухнин проинформировал дядю, после чего адмирал Шмидт решил определить непутёвого племянника на гражданское поприще.

9 июля 1898 года приказом командира Владивостокского порта контр-адмирала Г.П. Чухнина № 475 лейтенант Пётр Шмидт был списан с брандвахты «в наличие экипажа», а уже на следующий день, 10 июля, приказом командира Владивостокского порта № 476, как офицер, пославший прошение на высочайшее имя, был уволен в отпуск с 10 июля, впредь до зачисления в запас флота. Думал ли тогда контр-адмирал Чухнин, какая встреча ждёт его через несколько лет со своим бывшим подчинённым…

24 сентября 1898 года высочайшим приказом по Морскому ведомству № 204 лейтенант Пётр Петрович Шмидт был зачислен в запас флота. Так закончилась вторая попытка Шмидта послужить Отечеству, причём, как мы видим, закончилась столь же бездарно, как и первая.

Относительно службы Шмидта на Дальнем Востоке пишут обычно более чем скромно: «В 1896–1897 гг. он совершил заграничное плавание на канонерской лодке „Бобр“». При этом никогда не упоминаются портовые суда и блокшив, куда постоянно ссылался наш герой. Да и относительно «Бобра» никто никогда не указывал, что за время этого своего заграничного плавания Шмидт так и не был допущен к самостоятельному несению ходовой вахты, а занимался расписанием нарядов, приборками и подсчётом подштанников у матросов своей роты. О подштанниках, кстати, писал сам Шмидт.

Вот как он оправдывал в одном из писем свой уход с военного флота: «Я бросил военный флот только для того, чтобы остаться моряком, а не выродиться в новую разновидность человека, поклоняющегося своим правильно развешанным подштанникам и блеску судовой медяшки». Пресловутые подштанники, возможно, Шмидту и на самом деле осточертели, но виноват в этом только он. Большего, чем подштанники, в военно-морском флоте Шмидту доверить, даже при всём уважении к заслугам его дядюшки, не могли.

Здесь любопытно ещё раз вспомнить рассказы о Шмидте, как о выдающемся мореплавателе. Увы, как мы теперь понимаем, на самом деле это всего лишь очередная легенда, не имеющая под собой никакого реального основания. Оценивая службу Петра Шмидта на Дальнем Востоке, можно сказать, что там он как моряк вообще не состоялся. У Шмидта не было ни времени, ни возможности, чтобы приобрести сколь-нибудь серьёзную мореходную практику. По существу, «огромный» морской опыт Шмидта заключался всего лишь в переходе на канонерской лодке «Бобр» из Владивостока в Нагасаки и обратно, но даже при этом он не был допущен к несению самостоятельной ходовой вахты. Всё же остальное время наш герой провёл исключительно в акватории Владивостокского порта, а то и вообще на берегу. Увы, как ни хотелось бы кому-то сделать из Шмидта настоящего Колумба, но факты говорят об обратном — реального морского опыта за душой у него не было никакого.

Итак, указ об увольнении со службы подписан, и нашего героя ожидало долгое лечение в лучших психических клиниках столицы, в том числе и в знаменитой Калинкиной. Вообще создаётся впечатление, что наш герой отметился во всех ведущих психиатрических лечебницах России. В Москве, к примеру, он стал пациентом не менее знаменитой тогда психической клиники Савей-Могилевича. Одновременно окончательно разладилась и личная жизнь. Жена, громогласно заявив о психической и сексуальной неполноценности мужа, снова вернулась к старому позорному ремеслу. И психически больной Шмидт остался один с малолетним сыном на руках. Что и говорить, в это время Шмидту пришлось нелегко.

В ту пору отставного лейтенанта снова обуревает старая навязчивая идея полететь на воздушном шаре с бомбами во Францию. Чем провинилась перед Шмидтом именно Франция, так и осталось неизвестным. Новая «воздушно-бомбическая» идея приобретения всеевропейской известности, наряду с не менее оригинальной идеей массового перевоспитания проституток всего мира, отмечены в его лечебном деле. Непонятый сослуживцами и знакомыми, Шмидт, как одержимый, мечтает о подвиге и о славе! Все симптомы шизофрении на почве мании величия налицо.

В какой-то момент в болезни Шмидта наступает ремиссия (период ослабления заболевания), и он выходит на свободу. Что делать, чем заниматься?

Уже многим позднее, после ареста Шмидта в ноябре 1905 года, была составлена опись книг его домашней библиотеки. Примечательно, что подавляющее большинство книг в ней было посвящено вопросам гинекологии, половых и сексуальных расстройств. Согласитесь, но данная проблематика, казалось бы, должна быть далеко от интересов морского офицера. Флотскому офицеру более подошло бы читать, к примеру, «Рассуждения по вопросам морской тактики» вице-адмирала С.О. Макарова. Впрочем, каждый вправе читать то, что ему нравится.

На сей раз в связи с явной психической неполноценностью Шмидта его судьба могла бы закончиться весьма печально: увольнением с диагнозом «шизофрения» и как следствие этого невозможность работать по специальности. Однако снова (в который уже раз!) на выручку племяннику пришёл дядя-сенатор. Он не просто добивается увольнения непутёвого племянника со службы без «волчьего билета», замяв все дела с психическими клиниками, но и устраивает его на весьма доходную и престижную службу в Добровольный флот, о которой мечтали тогда многие.

Суда Добровольного флота в то время обслуживали океанскую линию Одесса — Владивосток. Служащие на них отставные офицеры получали весьма неплохие деньги и могли жить на широкую ногу. Так Шмидт второй раз попал в Одессу, где, по-видимому, вновь встретился со своими старыми знакомыми. В Одессу приезжает и его супруга с сыном.

О годах пребывания Шмидта в Одессе известно немного. Плавания плаваниями, но только ли этим ограничивался круг его интересов? Известно, что в начале XX века в Одессе происходили забастовки моряков РОПИТа (российского общества пароходства и торговли). И хотя Шмидт служил совсем в другой организации, «Доброфлоте», он вполне мог иметь какое-то отношение и к данным событиям.

Впоследствии Шмидт будет рассказывать, что, будучи в Одессе, он якобы впервые познакомился с некими социалистами из рабочей организации, которые во многом и изменили его взгляды. Что же это была за организация и что это были за социалисты? На тот момент в Одессе существовала всего одна подобная организация — «Южнорусский рабочий союз». Настоящих рабочих там, как выяснили историки, отродясь не было, всем заправляли недоучившиеся студенты из местных купеческих семей и среди них некто Лейба Бронштейн — будущий Лев Троцкий. На Лейбу Шмидт, видимо, должное впечатление не произвёл. Пройдёт три десятка лет, и именно Троцкий прикажет поэту Пастернаку написать поэму о славных подвигах друга своей юности Шмидта.

Впрочем, общаться с отпрысками местной купеческой элиты Шмидту довелось недолго. В 1898 году социалистов скопом, в том числе и выгнанного из университета Лейбу, арестовали. Шмидта, однако, не тронули. Возможно, в момент ареста он просто был в море.

Несколько лет Шмидт плавает ревизором, потом вахтенным начальником на пароходе «Кострома», который совершает рейсы между Одессой и Владивостоком.