Хубилай решил сперва расправиться с Чампой. Правда, в августе 1279 г. к его двору прибыли послы этой страны, доставившие ему в дар слона, носорога и драгоценные камни. Хубилай принял эту дань, но потребовал, чтобы следующее посольство возглавил лично Джайя Индраварман VI. Послы из Чампы приехали в Даду в 1280 г., с данью, но без правителя. Хубилай обратился к ним с гневными упреками и приказал передать их монарху, чтобы тот прислал к императорскому двору своих братьев или сыновей в качестве заложников. Не дождавшись ответа, великий хан решил перейти к более жестким мерам. В 1281 г. он приказал Соду, главному чиновнику в Кантоне и смотрителю морской торговли, возглавить карательный поход против дерзкого и непокорного правителя Чампы. Собрав армию в 5000 человек и 100 кораблей с моряками, Соду вышел в море, направившись к побережью Чампы, находившемуся относительно недалеко. Высадившись в порту Виджайя, Соду и его войска быстро захватили город, но выяснилось, что Джайя Индраварман VI отступил вглубь страны и ушел в горы. Хотя Соду продолжил наступление, он не сумел вынудить противника к сражению. Напротив, его постоянно беспокоили партизанские действия неприятеля, заманивавшего в ловушки его солдат, которые попадали в плен или погибали. В начале следующего года Хубилай послал в Чампу подкрепления — 15000 солдат под началом некоего Атахая, однако они также завязли и не совершили ничего достойного внимания. Несколько месяцев спустя великий хан отправил на помощь Соду Ариг-Хайя, одного из лучших своих военачальников. Тем не менее, ничто не действовало.

Достигнув столь незначительных успехов, Хубилай решил сменить стратегию и послать в Чампу войска по суше. Чтобы добраться до места назначения, им нужно было пройти через земли Аннама. Получив дань от местного правителя, Хубилай увидел в этом знак того, что Чан Тхань Тон согласится сотрудничать с монголами и пропустит их через свои владения. Поэтому он отправил на выполнение этого задания своего сына Тогона с отрядом, составленным из монгольских и китайских солдат. Великий хан дал Тогону титул князя Чжэньнаня и приказал ему вместе с Соду усмирить непокорного правителя Чампы.

Однако оказалось, что Хубилай ошибался в своих предположениях. Еще не дойдя до Чампы, Тогон ввязался в войну с Аннамом. Чан Тхань Тон не позволил монголам использовать территорию своей страны в качестве базы для вторжения в Чампу. Тогон и Соду были вынуждены напасть на правителя Аннама, не выказавшего готовности к сотрудничеству. Набрав армию в Фуцзяни и других южных провинциях Китая, они выступили на юг против Аннама. Поначалу казалось, что юаньское войско не испытает особых сложностей, так как оно продвигалось к Ханою, не встречая сильного сопротивления и неоднократно нанося поражения и обращая в бегство аннамские отряды. Однако они попали в западню. Воспользовавшись своим преимуществом в знании местности, аннамцы ушли в леса и горы и развязали партизанскую войну, совершая внезапные нападения, когда оказывались в лучшем тактическом положении, чем противник. Партизанские набеги, жара и болезни начали сказываться на состоянии захватчиков. Войска под началом монголов все больше падали духом, терзаемые неуловимым врагом и несущие все более значительные потери в людях и припасах. Они были сильны в заранее подготовленных сражениях, а не в мелких неожиданных стычках. Летом 1285 г. Тогон, командовавший одной из двух монгольских армий, решил отвести свои войска. Однако он не уведомил о своих намерениях Соду, начальника второй армии, и тот оказался отрезанным на вражеской территории и был вынужден перейти к обороне. Князь Чан Ньят Кань сосредоточил свои силы и напал на отставшие монгольские части под началом Соду, нанеся им поражение в центральной части страны. Осознавая всю серьезность положения, в котором он очутился, Соду попытался уйти на север. Он дошел до Сымина на аннамско-китайской границе, но там его догнал неприятель. Аннамцы окружили армию Соду, состоялось одно из немногих настоящих сражений, которыми была столь скудна аннамская кампания, и монгольские войска были разгромлены, а сам Соду погиб в бою. Таким образом, первый поход на Аннам закончился провалом.

Хубилай не мог оставить неотомщенным столь обидное поражение. В марте 1286 г. он послал своего внука Есен Темура, сына своего сына Угэчи, на помощь командующему Ариг-Хайе, войска которого продолжали стоять у аннамской границы. Через несколько месяцев в ту же область был отправлен Насир ад-дин. В 1287 г. к ним присоединилась гораздо более мощная армия, которую вновь возглавил Тогон. Монгольские силы дошли до Ханоя, но обнаружили, что правитель Аннама и его сын уже бежали. Впрочем, монголы в конце концов очистили Ханой, так как жара и сложные условия вынудили Тогона отступить. Когда Хубилай узнал о неудачах Тогона, он не позволил сыну явиться ко двору. А чтобы дать ему почувствовать все свое разочарование, он перевел его в Янчжоу, считавшееся синекурой, и не разрешил вернуться в Даду. Однако, как бы то ни было, нельзя возлагать вину за неудачи на одного лишь Тогона. Ни один из способных и даже блестящих полководце, отправленных Хубилаем на войну с Аннамом и Чампой, не смог справиться с поставленными перед ними задачами.

Впрочем, аннамскому правителю стало очевидно, что монголы не прекратят опустошать его страну, если он формально не признает их гегемонии в Азии. Чтобы избежать дальнейших вторжений, он изъявил покорность, отправив ко двору Хубилая посла с данью и уверениями в верности. Хубилай принял его «подчинение» и не стал больше отправлять войска в Аннам. В свою очередь, Аннам начал регулярно посылать дань великому хану. Из сходных соображений правитель Чампы Джайя Индраварман VI также стал посылать к императорскому двору дипломатические миссии.

Между тем Хубилай не оставлял намерений наказать гордого правителя Пагана Наратхихапати. В 1283 г. он послал мощную армию, чтобы заставить его покориться, но Наратхихапати просто укрылся в горах. Только в 1287 г. Хубилай снарядил против бирманцев новый поход. Это войско под началом внука великого хана Есен Темура с боями дошло до столицы Пагана и несколько месяцев оставалось стоять в городе. Униженный и обесславленный, Наратхихапати был вынужден послать дань к монгольскому двору, чтобы вернуть столицу. Позорное поражение от монголов подорвало его престиж в родной стране, и этим воспользовался его сын, приказавший отравить отца. Впрочем, монголы не извлекли из этих походов особой выгоды. Бирма выплатила дань, но финансовые затраты на войны с Наратхихапати оказались неоправданно велики.

Еще сложнее найти разумное объяснение знаменитым походам против Явы. Как и в случае с вторжениями в Японию, экспедиции на Яву отправлялись морем, и потому главную роль в них должен был играть флот.

Опять же, войны с Явой, как и войны с Японией, были спровоцированы оскорблением, нанесенным монгольскому послу. Правитель Явы Кертанагара проявил такую же неуступчивость, как и Ходзё Токимунэ. Он объединил под своей властью значительную часть острова, обратился в буддизм тантрического толка и заключил союз с Чампой, скрепив его браком. Он стремился поставить под свой контроль доходную торговлю пряностями, шедшую через Молуккские острова, и сделать яванцев посредниками в этой торговле. Кертанагара вполне мог опасаться, что Хубилай намерен перехватить у него эту выгодную сферу деятельности.