После победы над Юлианом Септимий Север обращался с итальянскими флотами в более доброжелательной манере, чем со старой преторианской гвардией, поскольку нуждался в их поддержке для своей кампании против другого претендента Песценния Нигера. В июле 193 года Север отправился на Восток помогать своим полководцам, которые сдерживали Песценния у Геллеспонта. В то время как он двигался по суше, итальянские флоты доставили часть армии в Диррахий и затем продолжили путь в Эгейское море. Вероятно, они добрались до Геллеспонта, после чего Песценний отступил в глубь Малой Азии, но, возможно, флоты помогали переправе по очереди военачальников Севера. Некоторая часть флота, возможно, произвела демонстрацию силы в отношении Египта, поскольку эта провинция перешла на сторону Севера, до того как последняя битва при Иссе обеспечила ему решающую победу на Востоке.[604]

В то время когда Септимий Север вернулся на Запад сокрушать своего последнего соперника, Клодия Альбина, в Галлии, большая часть итальянских флотов осталась на Востоке помочь в осаде Византия, который поддержал Песценния Нигера и продолжал держаться после его самоубийства.[605]Быстрое течение Босфора препятствовало эффективной блокаде города, но его снабжение постоянно сокращалось, и военный флот полностью уничтожил последнюю отчаянную вылазку Византия с моря. С падением осажденного города зимой 195/196 года флоты вернулись в итальянские порты. Тиберий Клавдий Субатиан Прокул, заместитель префекта Мизенского флота, оказал столь большую услугу морским операциям, что Септимий Север выдвинул его в сенате на должность городского квестора и постоянно продвигал его впоследствии. Навархи и триерархи Мизенского флота составили посвящение Каракалле, как для того, чтобы ознаменовать победу, так и, возможно, для демонстрации своей благодарности за снисходительность Септимия Севера в 193 году.[606]

В 197 году Септимий Север отправился морем из Брундизия на войну с Парфией. Позднее он совершил морскую поездку на родину в Африку, а последние годы жизни проводил в походах вдоль северного побережья Британии в сопровождении британского флота.[607]С его смертью весь комплекс географической и административной инфраструктуры имперских военно-морских сил еще сохранялся во всей своей целостности. После широкой перестройки Веспасиана флоты стали дряхлеть от десятилетия к десятилетию без фундаментальных перемен: старая дисциплина готовила новых рекрутов к замещению уволенных ветеранов; верфи заменяли старые корабли новыми; префект сменял префекта в непрерывном, неизменном круговороте администрации. Флот жил более строгим соблюдением традиций и был способен выдержать напряжение 193 года. Осада Византия показала, что имперские флоты все еще господствовали в Средиземноморье. Однако более серьезные испытания, должно быть, демонстрировали постепенное снижение оценки военно-морских сил в империи. И признаком этого упадка являются язвительные замечания Диона относительно военной подготовки моряков Мизенского флота. Отчасти они несправедливы, ибо моряки не предназначались быть первоклассными солдатами, и в 69 году тоже не были такими. Однако, в свете грядущих испытаний, эти насмешки заставляют предполагать постепенное падение дисциплины на флоте.

Какое-то время те надписи из Малой Азии, которые прославляют представителей династии Северов в качестве «хозяев суши и моря», не грешили против истины.[608]В этот период флот появляется главным образом в прежней роли вспомогательной силы для восточных войн, которые неуклонно становились более опасными и частыми после того, как Сасаниды в 224–226 годах уничтожили Парфянское государство.[609]В 214 году Каракалла двинулся тяжелой поступью на Восток вдоль тщательно разработанного маршрута, который включал, очевидно, морскую переправу из Равенны в Альтин (современный Альтино к северо-востоку от нынешней Венеции). В Геллеспонте императорская галера утонула, а Каракаллу спас неназванный praefectus classis. Монеты Никеи приписали спасение богу Серапису, который изображен на борту галеры вместе с императором.[610]Имперские монеты упустили из виду трудности похода, но оба преторианских флота получили в это время титулы pia vindex (верный мститель), которые они носили до конца столетия.[611]Помимо этого гранта, который подтверждает активность двух итальянских флотов, имеется другое свидетельство их многочисленных передвижений во время войны с Парфией. Александрийский флот доходил на север, возможно, до города Филиппы, чтобы помочь войскам переправиться. Военные машины доставляли из Никомедии, где Каракалла зимовал в 214/215 году, в Сирию. Триерарх Равеннского флота умер в Берите (Бейрут) в последние годы правления Каракаллы. Сенатор Марк Агриппа, вероятно префект Мизенского флота, находился на Востоке во время убийства Каракаллы, в котором, возможно, был соучастником.[612]