Но вскоре сам Потей изменил своему доверию к сим двум лицам и возвысил над ними своего нового любимца, Иосифа Велямина Рутского.

Этот Рутский, которому судьба готовила большую роль в истории унии, был происхождением из Московской Руси, сын воеводы Вельяминова, подобно Курбскому передавшегося неприятелям во время войны Ивана Грозного с Сигизмундом Августом (1568) и награжденного от короля поместьями; по одному из них, Руту (в Новгородском воеводстве), он получил название Рутского. В молодости своей Иосиф обнаружил охоту к учению и увлекался протестантизмом; но попал в руки иезуитов и отправился для довершения своего образования в Рим. Ввиду выдающихся способностей, иезуиты отклонили явный переход его в католичество; они рассчитали сделать из него ревностного, полезного для унии деятеля и не ошиблись. Потей желал преобразовать русские монастыри в духе католических орденов, по образцу грекоуниатской конгрегации св. Василия в Риме. Когда Рутский воротился в отечество, иезуиты указали на него Потею как на человека вполне знакомого с устройством этой конгрегации. Потей сам постриг его в иноки (1606), поместил в Троицком монастыре и поручил ему ведение новооткрытою монастырскою школою вместе с надзором за послушниками и молодыми монахами.

Здесь, в Троицком монастыре, Рутский сошелся и подружился с другим будущим знаменитым деятелем унии, Иосафатом Кунцевичем. Последний был родом из Владимира Волынского, сын сапожника. Отец думал сделать из него торговца и поместил его на службу к одному виленскому купцу. Но молодой Иван Кунцевич любил читать книги и стал посещать уроки иезуитской академии, чтобы пополнить свое скудное образование. Наконец, отдаваясь влечению к Церкви, он вступил в Троицкий монастырь и принял пострижение от самого Потея, который нарек его Иоасафом (1604). Руководители-иезуиты направили его, так же, как и Рутского, не в католичество, а именно в унию, предуготовляя в нем ревностного ее подвижника. Кунцевич не владел такою ученостию и таким изворотливым умом, как его друг Рутский, но превосходил его своею дерзостию и пламенным красноречием, благодаря которому он так успешно потом совращал православных в унию, что получил от них прозвание «душехвата».

Пребывая сам в своей Владимирской епархии, Потей назначил своего любимца Иосифа Рутского митрополичьим наместником в Виленской епархии (1608). Деятельность его, конечно, наиболее почувствовалась в самом городе Вильне и белым и черным духовенством, а в особенности Троицким монастырем, доходы которого митрополит отдавал в его распоряжение. Понятно, что такое назначение сильно задело интересы и самолюбие как троицкого архимандрита Сенчила, так и протопопа Жашковского. Они немедленно соединились для общей оппозиции и начали возбуждать Виленских священников к непризнанию власти нового наместника.

Со стороны виленского духовенства последовали протесты против его назначения, обращенные и в русское отделение лавицы (часть магистрата), и к самому Потею, и в Виленский гродский суд. В городе началось сильное волнение. Тщетно призывая Сенчила к своему суду, митрополит заочно приговорил его к лишению сана и отлучению от Церкви. В ответ на этот приговор протестующие вписались в православное Святодуховское братство и объявили, что более не признают Потея своим архипастырем; ибо он сам нарушил свою присягу: обязавшись не вводить никаких новых порядков, противных Восточной церкви, он, наоборот, стал постепенно подчинять ее духовным латинским властям, назначил своим наместником ксендза Рутского, который отказал в повиновении своему архимандриту, и т. д. Таким образом, большая часть виленского духовенства, принявшего унию, отказывалась от нее и возвращалась в православие.

По одному не совсем достоверному рассказу, чтобы удалить Рутского из Троицкого монастыря и очистить этот монастырь от униатов, духовенство втайне составило такой план: во время ночной службы с 5 на 6 декабря собраться православным братчикам в возможно большем числе; архимандрит Сенчило в полном облачении соборне, имея с собою Рутского, выйдет для великого славословия на средину церкви; тут он толкнет Рутского в толпу со словами: «Иди вон, еретик»; а толпа подхватит его и выпроводит за дверь. Но участники сего заговора будто бы вздумали привлечь на свою сторону Кунцевича и умоляли его оказать им свое содействие. Это обстоятельство погубило их план. Кунцевич предупредил иезуитов и своего друга. Разумеется, против заговорщиков были приняты все меры со стороны светских и духовных (католических) властей города; о чем усердно хлопотал присланный Потеем в Вильну его секретарь Моховский. Означенную ночь с субботы на воскресенье магистрат провел в заседании с готовою стражей под рукой; цехи вооружились и расхаживали по улицам с выстрелами и угрозами против православных (святодуховских) братчиков; подвоевода прислал из замка военный отряд в Троицкий монастырь. Таким образом, в эту ночь здесь не произошло никакого движения.

Тем не менее, вопреки назначению Рутского настоятелем Троицкого монастыря, Сенчило упорствовал и не хотел покинуть его, ссылаясь на королевские привилегии. Вместе с некоторыми священниками и светскими представителями Святодуховского братства он явился на Варшавском сейме следующего, 1609 года и представил на его решение свою распрю с Потеем. Напрасно сей последний лично прибыл в Варшаву и повторял свою новую теорию о стародавности унии и отщепенстве православных. Настроенный не в пользу королевско-иезуитской партии, сейм подтвердил те постановления, которые были сделаны два года тому назад. Отпадение священников от унии из Вильны распространилось и на другие города. Положение ее казалось критическим. Но король, возбуждаемый папским нунцием, энергично поспешил ей на помощь. Вопреки сеймовому постановлению, он выдал Потею грамоты, приказавшие отобрать Пречистенский собор и другие виленские церкви у непослушных священников; особыми декретами назначил Рутского архимандритом Троицкого монастыря, а Сенчила объявил баннитом, т. е. осудил на изгнание. Православное население Вильны волновалось и готово было силою воспротивиться этим декретам. Православные члены ратуши, державшие сторону Святодуховского братства, подали в Трибунальный суд жалобу на незаконные действия Потея и Рутского. Но последние отказались явиться перед ним и требовали суда, смешанного из равного числа светских членов трибунала и духовных лиц Католической церкви. Несмотря на отказ светских членов, духовные лица собрались и постановили приговор в пользу Потея и Рутского. Главный трибунал кассировал их решение. Тогда униатская иерархия обратилась к задворному или асессорскому суду, т. е. к суду самого короля, который в это время прибыл в Вильну, отправляясь в свой знаменитый поход под Смоленск.

Королевский или задворный суд составился из нескольких сенаторов под председательством литовского канцлера Льва Сапеги. Этот суд отменил приговор Трибунального суда. Затем привлекли к суду за подстрекательство народа к неповиновению и за оскорбление величества двух членов ратуши и вместе Святодуховского братства, Ивана Тупеку и Исаака Кононовича, и приговорили их к смертной казни. Король смягчил наказание и только навсегда отрешил их от общественных должностей. Ипатий Потей также прибыл в Вильну. Королевский дворянин с вооруженным отрядом отправился к Пречистенскому собору, отбил замки и ввел в него Потея, которому передал и церковную казну, и митрополичий дом. Потом таким же способом постепенно были отобраны у православных и другие виленские церкви, числом до 15, и переданы униатскому митрополиту со всеми их скарбами; между прочим, передали ему икону Богоматери (Остробрамской), почитаемую за чудотворную. Эта святыня хранилась в Перенесенском храме Св. Николая, и со стороны униатов было опасение, чтобы протоиерей Жашковский при своем бегстве из Вильны не похитил иконы вместе с другими там же сохранявшимися драгоценностями. Убедясь в их целости и поклонившись образу Богородицы, Ипатий Потей из этого храма отправился в дом католического епископа, где остановился папский нунций, Франческо Симонетта, — чтобы принести ему свою благодарность за усердное содействие делу унии.