На втором этапе реформы общинные хозяйства предполагалось преобразовывать в сельскохозяйственные кооперативы. Пахота и посев там должны были производиться всеми членами кооператива на едином земельном массиве, но уход за посевами и уборка урожая должны были осуществляться каждым двором на своем закрепленном участке, который предоставлялся данному двору из года в год.

Все крестьянские дворы должны были получить одинаковые по размеру участки, независимо от числа едоков или трудоспособных членов. Каждый двор нес ответственность за выполнение агрономических мероприятий, за уборку урожая, за обмолот и хранение хлеба. Правление сельскохозяйственного кооператива составляло планы севооборота, проводило агрономические и хозяйственные мероприятия по указанию или с разрешения германской администрации.

Было объявлено, что при переходе от общинного хозяйства к кооперативу рабочий скот и сельскохозяйственные орудия будут распределены между группами крестьян или отдельными членами кооператива. С кооператива будет взыскиваться натуральный налог, исчисляемый с общей земельной площади. Правление будет распределять налог между членами кооператива, которые несут коллективную ответственность за взнос всего налога. Размеры налога в указе не определялись. Членам сельскохозяйственного кооператива никакой зарплаты не полагалось, но предполагалось, что им будут принадлежать сельскохозяйственные продукты, оставшиеся у них после взноса натурального налога. Приусадебные участки членов кооператива, как и при общинном хозяйстве, не облагались налогами, скотоводство не ограничивалось.

Переход от общинного хозяйства к сельскохозяйственному кооперативу мог произойти только с разрешения немецких властей. Разрешение давалось лишь тем общинным хозяйствам, которые аккуратно выполняли все обязательства по поставкам, правильно (с немецкой точки зрения) вели хозяйство и исполняли распоряжения оккупационной администрации. Политически неблагонадежным членам общинного хозяйства, а также тем, кто не зарекомендовал себя способным к индивидуальному землепользованию, запрещалось вступать в сельскохозяйственный кооператив.

Третьим и конечным этапом аграрной реформы должно было быть расчленение сельскохозяйственных кооперативов на единоличные крестьянские хозяйства. Осуществление этой стадии переносилось на неопределенный срок.

Вслед за «Новым аграрным порядком» 17 марта 1942 года последовало «Распоряжение № 1 об организации, управлении и ведении хозяйства в крестьянских общинных хозяйствах». Первый раздел «Распоряжения» включал основные положения по созданию общинных хозяйств. Все сельские населенные пункты с их земельными угодьями, животноводческой базой и сельхозинвентарем объявлялись «общинными хозяйствами». С этого момента крестьяне считались наделенными приусадебными участками. Селяне получали звание «хозяева-крестьяне», а члены их семей — «участники общинного хозяйства».

«Распоряжение» обязывало крестьян осуществлять обработку приусадебных участков собственными силами, но общинные земли крестьяне должны были обрабатывать коллективно, с использованием орудий производства, находившихся как в их личном пользовании, так и принадлежащих общине. Общиной руководило правление, состоявшее из старшего общинного хозяйства и его заместителя. При правлении вводилась должность бухгалтера или счетовода, отвечавшего за состояние бухгалтерского учета.

В порядке исключения «Распоряжение № 1» допускало создание единоличных хозяйств. Но этот процесс был весьма сложным и запутанным и допускался лишь там, где нацисты считали это нужным для себя.

Во втором разделе «Распоряжения № 1» разъяснялось, что пашни и другие основные угодья бывших колхозов относились к «общей земле». Сельскохозяйственный инвентарь делился на «общий инвентарь» (бывшая колхозная усадьба с помещениями и постройками, скот и машины) и «крестьянский инвентарь» (крестьянские дворы, личный скот, мелкий сельхозинвентарь).

Одновременно был опубликован и «Приказ № 2», который потребовал от крестьян в течение семи дней проведения во всех бывших колхозах собраний и создания «общинных хозяйств». Собрания были обязаны проводить бывшие председатели колхозов (где они сохранили свои посты) или сельские старосты. На собрании обязаны были присутствовать представители от каждого двора — главы семей. Крестьяне должны были познакомиться с «новым порядком землепользования», распоряжениями германского командования по этому вопросу, а также выбрать правление и дать новое название «общинному хозяйству», если оно до этого носило советское название.

Выборы правления «общинного хозяйства» проводились открытым голосованием. Кандидатуры в члены правления заранее подбирались из числа тех людей, которые за что-либо могли ненавидеть советскую власть или по своим личным качествам заслуживали доверия оккупантов. Правление приступало к исполнению своих обязанностей только после утверждения решения собрания земельным районным управлением.

Выполнение своих приказов оккупационные власти пытались ускорить с помощью приказа № 3 германского главного земельного управления, опубликованного, как и два предыдущих, 23 марта 1942 года. На основании этого приказа осуществлялся раздел колхозной земли и колхозного сельскохозяйственного инвентаря по «общинным хозяйствам». Согласно ему «общинные хозяйства» создавались в пределах старых границ деревни и принадлежащих ей земель. Колхозные постройки и инвентарь на время переходили в собственность «общинного двора», который нес ответственность за его сохранность до того времени, пока земельное управление не примет приказа о его разделе.

Стремясь придать характер равного распределения инвентаря между «общинными хозяйствами», оккупанты разрешали передавать часть инвентаря из более обеспеченных сел менее обеспеченным. Делалось это, как правило, без учета желаний законных владельцев.

Приказом № 4 от 23 марта 1942 года германское главное земельное управление запретило крестьянам проводить самовольный раздел пастбищ, пустырей, садов, питомников и огородов крупного размера. Разделу также не подлежали школьные участки и леса. Уход и контроль за этими сельскохозяйственными угодьями и их обработку приказывалось проводить сообща.

Приказом № 5 от того же числа вводилась единая система сельскохозяйственных поставок — так называемый «натуральный военный сбор». Его крестьяне должны были выполнять с 1 апреля 1942 года по 31 марта 1943 года. Размер поставок для общинных хозяйств устанавливался земельным управлением. «Общины», в свою очередь, распределяли общую сумму сбора по крестьянским дворам.

В этом приказе нормы сдачи сельскохозяйственной продукции и их цены не были точно установлены. Крестьянам только обещали оставить для собственного потребления или продажи всё, что они произведут сверх «военного сбора». Поскольку не были известны размеры и формы оплаты за работу в общинном хозяйстве, единственным определенным источником существования крестьянина оставались приусадебный участок и немногочисленный скот, который мог быть прокормлен на этом участке. Но и этот источник существования фактически ничем не был защищен от конфискации и поборов. С марта 1942 года начались официальное преобразование колхозов в общинные хозяйства, массовое назначение немецких управляющих и торжественное вручение грамот о передаче приусадебных участков в единоличную собственность. К лету 1942 года эти мероприятия на Северо-Западе и в Центральной части РСФСР были в основном закончены.