В мероприятиях чекистов по разработке польской агентуры участвовал и Федор Карин, приобретший достаточный опыт за время работы в Оперативном отделе. Чекистам стало известно о том, что «Сверчок» располагает в Москве разветвленной агентурной сетью. Для борьбы с польским шпионами в ВЧК была создана «Комиссия Артузова», занимавшего в то время пост заместителя начальника Особого отдела. В комиссию был включен и Федор Карин.

10 мая 1920 года 750-тысячная польская армия начала наступление на Республику Советов. Польша, получившая независимость от Советской России, нанесла ей удар в спину. Противостоящие польской армии войска Западного и Юго-Западного фронтов насчитывали всего 65 тысяч бойцов. В тот же день руководство ВЧК направило Артузова с группой сотрудников Особого отдела ВЧК на Западный фронт для организации особых отделов фронтов и армий и налаживания их работы против польских шпионов. Вместе с Артузовым на Западный фронт командируется и Карин. Ему был выдан мандат от 10 мая 1920 года за подписью управляющего делами Особого отдела ВЧК Ягоды, который гласил:

«Дано сие Комиссару Активной части Особого отдела ВЧК тов. Карину в том, что он командируется на Западный фронт в распоряжение Особоуполномоченного Особого отдела ВЧК тов. Артузова.

Особый отдел ВЧК просит оказывать тов. Карину законное содействие при исполнении им поручений, возложенных на него тов. Артузовым.

Действительно по 7-е июня 1920 года».

На Западном фронте московским чекистам, в числе которых был и Карин, пришлось бороться с польскими шпионами, обезвреживать диверсантов, сражаться с засылаемыми в тыл Красной Армии бандами польских националистов. Чекистам удалось предотвратить взрыв штаба Западного фронта, расположенный в Минске, которым в то время командовал Тухачевский. Согласно сохранившимся архивным материалам, в 1920 году Ф. Карин трижды выезжал вместе с А. Артузовым на Западный фронт.

Одновременно чекисты не спускали глаз с резидентуры польской «двуйки» в Москве. 25 июня 1920 года на квартире ксендза Гриневского чекистская засада задержала курьера из Польши. В возникшей перестрелке он был убит. В ходе изучения найденных у курьера документов чекисты обнаружили фамилию политрука бронечасти московского гарнизона Добржинского. Группа чекистов выехала к нему на квартиру. Поняв, что ему не удастся уйти, Добржинский попытался застрелиться. Однако в последний момент Федор Карин схватил его за руку и не дал покончить с собой.

На первых допросах Добржинский, который и был «Сверчком», молчал. Произведенный чекистами обыск на его квартире показал, что он являлся членом Польской социалистической партии, изучал марксистскую литературу. Артузов решил перевербовать его. Вместо допросов последовали беседы на политические темы. Активное участие в них принимал и Федор Карин. Он подробно рассказывал о борьбе с контрреволюцией в Бессарабии и на польском фронте, приводил примеры зверств польских оккупантов в белорусских городах и селах. И однажды Добржинского словно прорвало. Поляк признался, что ему многое в политике «маршала» Пилсудского, бывшего в прошлом социалистом, не нравится, в том числе «русский поход», и что ему ближе по идейным соображениям политика Советов.

К дальнейшим беседам с Добржинским подключились заместитель председателя ВЧК В.Р. Менжинский, а также член ЦК компартии Полыни Ю. Мархлевский. Встречи с последним проходили в Кремле. Вскоре Добржинский дал согласие на сотрудничество с ВЧК. Взамен ему было обещано, что все названные польским резидентом сообщники будут возвращены на родину еще до прекращения военных действий, но только те, кто работал из идейных соображений. Добржинский сменил фамилию и стал Сосновским. Вместе с Артузовым и Кариным он выехал на Западный фронт, чтобы лично удостовериться в том, что арестованным чекистами польским разведчикам было позволено возвратиться в Польшу. Одновременно особые отделы Западного фронта ликвидировали основные ячейки Польской войсковой организации (ПОВ), занимавшиеся проведением диверсий и терактов в тылу Красной Армии. В их ликвидации активное участие принимал и Федор Карин.

В 1920 году закончилась Гражданская война на европейской части России. Все эти годы Федор Карин работал без отдыха, с громадным напряжением сил. Интенсивная работа и полученное им ранение отрицательно сказались на здоровье контрразведчика. По настоянию врачей он написал рапорт на имя исполняющего обязанности начальника Оперативного отдела Артузова:

«Представляя при сем заключение профессора Мартынова и удостоверение врача Ос. Отдела ВЧК, прошу Вашего разрешения и ходатайства об отправлении меня в санаторий для лечения.

Прим.: за все время с Октябрьской революции никакими отпусками ни разу не пользовался.

Сотрудник Оперотдела — Ф. Карин».

Артузов наложил резолюцию на рапорт: «Упр. делами: Карину необходим отпуск на две недели по болезни. Прошу оформить. И. о. оперотдела А. Артузов. 8. XI. 20 г.».

Отдохнув и поправив здоровье, Федор возвращается в Оперативный отдел. В мае 1921 года чекисты выходят на след контрреволюционной организации «Народный союз защиты Родины и свободы» (НСЗРиС), возглавляемой известным террористом эсером Борисом Савинковым, организатором ряда громких убийств, в том числе московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича. Этот террорист «прославился» еще и тем, что в годы Гражданской войны организовал восстание эсеров в тылу Красной Армии в городах Рыбинск и Ярославль. Во время этих восстаний были убиты тысячи мирных граждан. В 1921 году Савинкову удалось создать Западный областной комитет своей организации на Украине и в Белоруссии. Для борьбы с савинковцами Артузов разработал операцию «Синдикат-2», в реализации шторой принимали участие Карин и другие сотрудники ВЧК, среди которых, в частности, был ставший впоследствии знаменитым разведчиком Наум Эйтингон.

Гомельская губчека зафиксировала распространение в городе листовок контрреволюционного содержания. Одновременно чекисты вышли на некоторых военных специалистов, чье поведение вызывало подозрения. У ряда из них, в том числе на квартире уездного военрука Максимова, были произведены обыски. Чекисты нашли антисоветскую литературу, документы и печати НСЗРиС. Они произвели аресты, и в июле 1921 года Западный областной комитет НСЗРиС был ликвидирован. В 1925 году был арестован и сам Б. Савинков. А операция «Синдикат-2» продолжалась до полного разгрома его организации.

В 1922 году Гражданская война завершилась на всей территории Советской России. Отпала необходимость содержать в прежнем объеме самый крупный в системе ВЧК Особый отдел, занимавшийся прежде всего военными делами. В феврале 1922 года Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем упраздняется и на се основе создается Государственное политическое управление (ГПУ) при НКВД РСФСР. Федор Карин становится сотрудником Иностранного отдела (ИНО) ГПУ (внешней разведки).

28 июня 1922 года Коллегия ГПУ утвердила «Положение о закордонном отделении ИНО ГПУ», в котором были определены его функции, четко сформулированы основные задачи разведывательной работы за рубежом, указаны средства их выполнения. Коллегия ГПУ приняла решение создать резидентуры ИНО в основных европейских странах. Наряду с широким спектром задач политического, военного и контрразведывательного характера в документе предусматривалось целенаправленное использование нелегальных возможностей разведки, оговаривались поручения по освещению экономической ситуации в каждом отдельном государстве и выявлению особенностей их экономической политики по отношению к РСФСР.