Представители Англии и Франции на августовских переговорах 1939 года выдвинули так называемые «три принципа организации обороны». Глава советской военной делегации К.Е. Ворошилов назвал эти «принципы» слишком универсальными, абстрактными, бесплодными, никого ни к чему не обязывающими. Они могли послужить материалом для абстрактной декларации, а не для выработки конкретной конвенции, которая должна четко определить, какое количество дивизий, артиллерийских орудий, танков, самолетов, морских эскадр выставят союзники против агрессора.

Правительства Англии и Франции не приняли советские предложения. По их вине были сорваны переговоры военных делегаций трех стран. Становилось очевидным, что все реакционные круги западных стран подталкивали Гитлера, чтобы он совершил нападение на Советский Союз. От правителей Англии и Франции Гитлер, по сути дела, получил полную свободу действий на Востоке. О том, как развивались дальнейшие события и чем кончились заигрывания правительств западных держав с германским фашизмом, достаточно хорошо известно.

Одним из самых памятных событий в жизни Бориса Михайловича было присвоение ему высшего воинского звания — Маршала Советского Союза. Весьма примечательно, что этого звания он удостоен в мирное время — 7 мая 1940 года. Коммунистическая партия и советское правительство высоко оценили выдающуюся военную деятельность Б.М. Шапошникова. Хотелось бы отметить, что его успешной работе благотворно способствовало на редкость внимательное и заботливое к нему отношение нашего правительства. За год до начала Отечественной войны Б.М. Шапошников был назначен заместителем Народного комиссара обороны. На этом посту ему было поручено важное дело — ведать оборонительным строительством. В связи с изменением государственных границ нашей страны оборонительное строительство на нашей западной границе приобретало тогда особую значимость. И Б.М. Шапошников приложил немало усилий, чтобы осуществить широкий комплекс работ по укреплению оборонительной линии на западной границе. Важно отметить, что в первый же день вероломного нападения фашистской Германии на Советский Союз — 22 июня 1941 года — Б.М. Шапошников выехал в штаб Западного фронта с ответственным поручением — помочь организовать управление нашими войсками, укрепить их оборонительные позиции. Советские войска прикрытия нашей западной границы находились тогда в очень тяжелом положении. Наиболее опасная обстановка сложилась на Западном направлении, потому что именно здесь гитлеровская армия наносила внезапный удар своими главными силами. Б.М. Шапошникову удалось в какой-то мере наладить управление войсками на Западном направлении, восстановить связь фронтового командования с Генеральным штабом. А вскоре, когда было создано Главное командование Западного направления во главе с С.К. Тимошенко, Борис Михайлович возглавил штаб этого командования.

В годы Великой Отечественной войны полководческие и организаторские способности Бориса Михайловича проявились с наибольшей полнотой.

Навязанная германским фашизмом война Советскому Союзу потребовала от советского правительства и Верховного Командования мобилизации всех сил страны, перестройки на военный лад всего военного аппарата. Большой вклад в перестройку оперативного руководства внес Б.М. Шапошников, который решением Государственного Комитета Обороны в июле 1941 года вновь был назначен начальником Генерального штаба. Это решение широкими кругами командного состава действующей армии и особенно работниками Генерального штаба было встречено с большим удовлетворением.

В жизни Бориса Михайловича наступил наиболее ответственный и напряженный период, достойно увенчавший многолетний путь и самоотверженный труд Б.М. Шапошникова. Его глубокая вера в нашу победу и непреклонная воля к ее достижению вдохновляли и сплачивали Генеральный штаб в единый, крепкий и слаженный коллектив. В работе Генерального штаба был установлен четкий ритм, была налажена оперативная связь Ставки с войсками, обеспечена планомерная работа коллективов управлений Генштаба. Постоянно опираясь на коллектив Генштаба, и прежде всего на его партийную организацию, Борис Михайлович непрерывно совершенствовал методы и стиль работы большого и сложного центрального органа управления войсками, приводя ее в соответствие с требованиями войны.

Б.М. Шапошников постоянно держал Верховное Главное Командование в курсе событий на фронтах Великой Отечественной войны. Ежедневно он по два раза докладывал Верховному Главнокомандованию о положении дел на фронтах. Постепенно сложился такой порядок: без предварительного доклада соображений начальника Генерального штаба Ставка Верховного Главнокомандующего не принимала ответственных решений по ведению операций.

Особое внимание в это время он уделял организации управления войсками, перестройке работы штабов. Генеральный штаб под его руководством тщательно разрабатывал планы операций, передислокаций войск, организационных и штатных изменений, которые диктовались новой, военной обстановкой. Большое значение для улучшения военно-стратегического руководства имело новое положение о работе фронтовых управлений и управлений Генерального штаба. Оно было разработано по указанию Б.М. Шапошникова и введено в действие 10 августа 1941 года. В соответствии с этим положением специальной директивой было определено, что командования фронтов обязаны представлять Генштабу боевые донесения и оперативные сводки не позднее 2 часов ночи, а срочные донесения исключительно важного характера — передавать лично дежурному заместителю начальника Генерального штаба. Это и ряд других мероприятий способствовали повышению организованности в работе штабов, обеспечению более устойчивого управления войсками. Реорганизация полевых управлений и переформирование штабов фронтов и армий, обеспечение более четкой их работы позволили завершить перестройку органов управления с учетом требований войны.

Используя свой многолетний опыт генштабиста, Борис Михайлович настойчиво, последовательно, шаг за шагом, совершенствовал стиль и методы аппарата военно-стратегического и оперативного руководства. Он понимал, что сложный комплекс подразделений, составляющих Генеральный штаб, может успешно действовать лишь при условии, если его руководство будет проявлять гибкость в решении назревших вопросов перестройки и переформирований в войсках, если эти вопросы будут решаться на научной основе, на твердом фундаменте передового опыта, накопленного в ходе войны. Борис Михайлович, не допуская поспешности в работе, вдумчиво подходил к подбору работников Генштаба. Первостепенное значение он придавал работе ведущих управлений и отделов Генерального штаба, особенно тщательно подбирал в них кадры. Контроль, который осуществляло Политбюро ЦК ВКП(б) за работой Генштаба, за подбором его кадров, благотворно сказывался на деятельности Бориса Михайловича.

Нельзя не отметить, что Б.М. Шапошников проявлял постоянную заботу об организации четкой и непрерывкой связи, добиваясь от Оперативного управления, чтобы оно поддерживало самую тесную связь с войсками.

Борису Михайловичу нередко приходилось отводить для себя лишь два-три часа для сна. Особенно напряженными для Генштаба были октябрь и ноябрь 1941 года. В глубокой тайне, с привлечением лишь двух-трех человек из Оперативного управления, при не затихавших оборонительных боях изыскивались боевые средства и резервы для нанесения ударов по врагу под Ростовом, Тихвином, а затем и под Москвой.