При царе Федоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его...»

Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 году царь Иван казнил последнего конюшего — князя А. Б. Горбатого-Шуйского — и упразднил этот чин. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 года боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 года и в апреле 1586 года Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 года в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.

Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостинины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Федора окольничий князь Д. И. Хворостинин получил чин боярина, а его брат Ф. И. Хворостинин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 года боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 года чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешин — человек, преданный Борису Годунову. В 1584 году чин окольничего получил князь Петр Семенович Лобанов-Ростовский, приближенный Годуновых. В 1585 году боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.

Однако с воцарением Федора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 года боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года — Дмитрий Иванович Шуйский.

В 1584-1585 годах в Боярской думе оказалось много сторонников Шуйских. Так, в 1584 году из окольничих в бояре попал Ф. В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В. В. Головин.

Коронация Федора дает клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 года боярство получает князь Федор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 года боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Федор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.

Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те, и другие были родственниками царя Федора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Дмитрия и приход к власти Богдана Бельского с шайкой наглых и жадных Нагих.

После коронации Федора и ссылки Нагих и Бельского союз Годуновых и Романовых-Захарьиных не только не распался, а, наоборот, укрепился в борьбе с кланом Шуйских. Оба семейства были «плебеями» перед «принцами крови», как Шуйских называли в Польше. Был тут и субъективный фактор. Никита Романович стал уже стар и серьезно болел. В августе 1584 года Никита окончательно слег в постель и не мог выполнять свои служебные обязанности. Сыновья Никиты Романовича были еще сравнительно молоды и не имели пока большого политического веса.

Современники сходятся во мнении, что Никита Романович осенью 1584 года сам искал дружбы Бориса Годунова и вверил ему своих совсем еще молодых сыновей. Троицкий монах Авраамий Палицын, очевидец событий, утверждал, что Годунов обещал Никите Романовичу «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил слова Авраамия Палицына. Согласно «Сказанию...» Борис Годунов проявил любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев. В конце 1585 года Никита Романович постригся в монахи под именем Нифонта и скончался 23 апреля 1586 года.

Годуновы и Романовы постепенно стали оттеснять Шуйских от ведения государственных дел. Это хорошо заметно в дипломатии. Так, боярин Ф. М. Троекуров трижды (осенью 1584 года, летом 1586 года и летом 1587 года) отправляется послом в Польшу. Летом 1586 года русские послы по указанию Бориса Годунова собирали в Польше сведения о связях Шуйских с «изменником» М. И. Головиным. В апреле 1586 года Борис Годунов отказал польскому послу М. Гарабурде в аудиенции «всех бояр» и назначил для ведения переговоров доверенных лиц — «ближней думы» бояр И. В. Годунова, князя И. В. Сицкого и «ближних» дьяков Шелкаловых и Е. Д. Вылузгина.

Во внутренних делах наибольшую остроту приобрела борьба за Казенный приказ — центральное финансовое ведомство государства.

Обычно владеть царской казной назначалось два казначея, которые контролировали друг друга. Опираясь на поддержку бояр, главный казначей Петр Иванович Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Более века Головины из поколения в поколение служили главными казначеями при московских государях. Но теперь, при царе Федоре, они распоряжались государственной казной бесконтрольно. Казенный приказ оказался вотчиной сторонников Мстиславского и Шуйского.

Петр Иванович Головин имел большое влияние в Боярской думе. Показателем его положения служит его роль в коронации Федора, когда он нес перед царем шапку Мономаха.

Осенью 1584 года Борис Годунов предложил Боярской думе провести ревизию царской казны. Под нажимом Годуновых и Романовых-Захарьиных Дума вынуждена была начать ревизию. Проверка наличности выявила огромные хищения. Петр Иванович Головин был приговорен Боярской думой к смертной казни. Но и Годуновы, и Романовы-Захарьины прекрасно понимали, что Русь устала от террора Ивана Грозного и публичная казнь знатного боярина вызовет у народа нежелательные ассоциации. Поэтому Петра Головина вывели на Лобное место и передали в руки палача, который сорвал с него одежду и занес топор над головой. Но в этот момент была зачитана царская грамота о помиловании осужденного и ссылке его в Арзамас.

По дороге в Арзамас П. И. Головин был убит. Подробности его смерти до нас не дошли, но, судя по всему, дело не обошлось без Бориса Годунова. Во всяком случае, известно, что позже Годунов сделал вклад в московский Симонов Успенский монастырь «по Петру Головину». В. В. Головин также был привлечен к суду, лишен чина окольничего и сослан. Брат казначея Михаил Иванович Головин бежал в Литву.

В опалу попал и окольничий И. П. Головин. В Сибири и казанских пригородах на воеводствах (фактически в ссылке) оказались и другие члены рода Головиных: Василий Петрович, Владимир Петрович, Иван Васильевич, Никита Петрович, Петр Петрович Меньшой, Федор Васильевич Головины. Они вернулись в Москву только при Лжедмитрии I.