Невысокий, чуть более 170 см ростом, рано пополневший Комельков объективно не подходил для подобной службы. Но мечта оставалась и в конце концов сбылась. После распада СССР и создания новой службы охраны президента люди понадобились Коржакову. Последнему Комелькова рекомендовал, несмотря на увольнение из КГБ, его старый приятель по совместной учебе в Институте культуры и службе в 5-м управлении Геннадий Зотов, в прошлом сотрудник 4-го отдела 5-го управления, курировавшего религию в СССР и осуществлявшего разработку религиозных деятелей, ставший впоследствии начальником Службы собственной безопасности ФСБ, генерал-лейтенантом, представителем российской службы безопасности в Болгарии.

С Комельковым Коржаков беседовал лично. Он предложил ему прежде всего заниматься сбором информации обо всем, что происходит на телевидении. Прежде всего его интересовали люди и группировки, негативно относившиеся к президенту и СБП. Ожидалось также, что Комельков сможет влиять на редакционную политику в выгодном для Коржакова направлении. Наконец, Коржаков предупредил Комелькова, что утечки информации от него к бывшим его коллегам по 5-му управлению, работающим теперь во главе с Бобковым у Гусинского, быть не должно, и, наоборот, нужно по возможности, используя старые связи, пытаться собирать информацию обо всем том, что происходит в корпорации "Мост".

Комельков, являвшийся до увольнения из КГБ одним из руководителей подразделения, курировавшего Останкинский телецентр и в силу этого сохранивший в памяти много ценной информации о сотрудниках телевидения и возможность возобновить контакты с ними, как никто другой подходил Службе безопасности президента для работы среди "телевизионщиков". Учитывалось Коржаковым и то обстоятельство, что Комельков был "порченый", уволенный из КГБ, обиженный на коллег, и прежде всего на своего бывшего шефа Бобкова. Это давало Коржакову основания считать, что Комельков сможет и будет работать против своих бывших коллег по 5-му управлению, составляющих костяк службы Бобкова в "Мостбанке".

Кроме того, Комельков после увольнения из КГБ успел поработать в собственном бизнесе, приобретя контакты в среде московских бизнесменов и в криминальных кругах. Частыми гостями в его ресторане на Кутузовском проспекте были лидеры московских организованных преступных группировок (ОПГ), прежде всего "солнцевские" бандиты. Кутузовский проспект относился к числу правительственных трасс, наблюдение за которыми вело 9-е управление, а затем служба, возглавляемая Коржаковым. Так что информацию о ресторане Комелькова Коржаков имел полную, так же как и об отправке теплоходов на Олимпиаду в Испанию (и об офшорных счетах, на которые были положены деньги, заработанные в Испании на этом проекте). Иными словами, Коржаков знал о Комелькове достаточно для того, чтобы сделать его преданным человеком или чтобы легко уничтожить того, если потребуется.

Комельков приступил к работе. Много лет Комельков был знаком с Юрием Балевым, закончившим службу в КГБ в качестве начальника 2-го отдела Управления по защите конституционного строя, преемнике 5-го управления КГБ. Несмотря на смену названия, все оставалось по-старому. Отдел, который возглавлял Балев еще в бытность 5-го управления, занимался национальными проблемами СССР. При смене названия управления сохранился номер отдела, остались на прежних позициях его руководители и оперативный состав. Отдел являлся одним из ведущих в управлении по характеру решаемых задач, в особенности в годы перестройки. В стране повсеместно усиливались центробежные тенденции: многочисленные республики - от прибалтийских до кавказских и среднеазиатских - подумывали о собственной независимости и выходе из СССР, угрожая целостности Советского Союза. С этими многочисленными национальными движениями как раз и боролся отдел Балева.

После распада СССР перешедший в структуру Гусинского Бобков предложил бывшему своему подчиненному Балеву работать в новой структуре. Балев ушел к Бобкову и стал у Гусинского одним из ведущих аналитиков службы безопасности "Мостбанка". С Комельковым Балев продолжал поддерживать приятельские отношения, возможно, рассчитывая получать от него информацию о ведомстве Коржакова. Комельков рассчитывал, в свою очередь, получить от Балева информацию о ведомстве Бобкова и в какой-то момент открыто предложил Балеву шпионить на Коржакова. Балев Комелькову не просто отказал, но и заявил о разрыве с ним отношений. Через несколько дней Балев был жестоко избит неизвестными у своего дома.

Гораздо проще обстояли дела у Комелькова по получению информации о процессах, происходящих на телевидении. Остались старые связи и старые контакты. Имея за собой поддержку в лице могущественного Коржакова, он быстро сумел стать достаточно влиятельным человеком в телецентре. С его мнением считались. Мало было желающих ему перечить. Большинство кадровых назначений теперь проходило по согласованию с Комельковым.

В этот период активнейшим образом продолжалась коммерциализация государственного телевидения. Те, кто успел приватизировать отдельные каналы, получали огромные личные доходы. Комельков внимательно отслеживал эти процессы, достоверно зная, кто, сколько и от кого получает. Вернувшись к контролю над телевидением, он с огорчением отмечал, что многое им было уже упущено. Сформировавшиеся на телецентре финансовые группы и их лидеры не торопились допускать кого бы то ни было к установившемуся теневому распределению эфирного времени и, соответственно, к дележу огромных денежных средств, исчисляемых миллионами долларов.

В конце 80-х на телевидении появился бывший комсомольский функционер Сергей Лисовский. До прихода на телевидение он стал достаточно широко известен в Москве, благодаря организации грандиозных дискотек в спорткомплексе "Олимпийский". В 1991 г. он организовал телевизионные рекламные агентства "ЛИС'С" и "Премьер СВ". До 1998 г. "Премьер СВ" контролировал 65% телевизионного рекламного рынка. Именно через него решил зайти Коржаков в рекламный бизнес телевидения. В 1995 г. Комельков, знавший о том, какие именно доходы от рекламного бизнеса получает Лисовский, направил к Лисовскому человека, предъявившего удостоверение полковника СБП. К Лисовскому полковник приехал на "мерседесе", отвез его в свой кабинет в Кремле и потребовал плату в 100 тысяч долларов ежемесячно. Лисовский отказал. На следующий день бизнес его был разгромлен людьми из службы охраны президента.

В конце 1987 г. на телевидение пришел работать журналист Владислав Листьев. Через несколько лет он стал ведущим телевизионным журналистом, всеобщим любимцем. Выросший в простой семье, рано потерявший отца, Листьев поступил в лучший советский университет - Московский (МГУ). Учился он на факультете журналистики, а спустя несколько лет перевелся на факультет международной журналистики.

На факультетах Московского университета училось много иностранных студентов, приезжавших на учебу в СССР из различных стран мира. Все они были объектами пристального внимания со стороны органов государственной безопасности. МГУ и Университет Дружбы народов им. П. Лумумбы находились под оперативным контролем 3-го отдела 5-го управления.

В целях осуществления наиболее полного контроля за иностранными студентами, глубокого изучения их политических взглядов и ориентации, их характеров и психологических особенностей производилась массовая вербовка профессорско-преподавательского состава и студентов университетов, как из числа советских граждан, так и иностранцев. Агентуре, приобретенной из числа иностранных студентов, уделялось большое внимание, так как из них готовились, по терминологии КГБ, "агенты оседания". На Западе такую категорию агентов называют "спящими агентами". Первоочередной их задачей была легализация в какой-либо стране и занятие положения в обществе, дающее возможность получения информации, представляющей интерес для органов госбезопасности СССР.