Через полгода началась русско-турецкая война, которая сделала имя Ушакова известным не только в России, но и за ее пределами. Правда, первый боевой поход черноморской эскадры оказался неудачным. У Варны сильный шторм, продолжавшийся несколько дней, разметал корабли по морю, едва не погиб и «Святой Павел» Ушакова, но мужественный и искусный капитан сумел его спасти.

Летом 1788 г. эскадра вновь вышла в море и 3 июля встретилась с турецким флотом у острова Фидониси. Турки вдвое превосходили русских по числу кораблей, имели тройной перевес в орудиях и первыми открыли огонь по русскому авангарду («Святой Павел» и три фрегата). Расстояние не позволяло русским фрегатам вести эффективную стрельбу из 12-фунтовых пушек, и Ушаков, возглавлявший авангард, предпринял смелый маневр. Он приказал фрегатам обойти головные турецкие корабли с наветренной стороны, чтобы поставить их «в два огня», а сам на «Святом Павле» вышел из строя и решительно атаковал флагманский корабль Гассан-паши. В результате боя, продолжавшегося около трех часов, флагманский корабль противника получил серьезные повреждения. Это вынудило Гассан-пашу, а за ним и все корабли его эскадры покинуть район боя. Потемкин высоко оценил боевое искусство Ушакова, последний был награжден орденом Святого Георгия 4-й степени, произведен в контр-адмиралы и получил начальство над всем корабельным флотом в Севастополе.

С этого момента началось подлинное боевое становление этого флота, стали закладываться его славные боевые традиции. В мае 1790 г. Федор Федорович ходил с эскадрой под стены Синопа и Анапы, жег и топил неприятельские корабли, разведывал турецкие крепости, огнем своих пушек наводил трепет на их гарнизоны. В июле у Керченского пролива он преградил путь турецкой эскадре, рвавшейся в Азовское море; смело маневрируя и ведя меткий огонь, Ушаков отразил атаку противника, а затем сам пошел вперед, сблизился с турками на дистанцию картечного залпа и ввел в действие всю артиллерию. Турецкие корабли, значительная часть которых получила повреждения, начали отход и смогли уйти от преследования лишь благодаря большой скорости. Федор Федорович был удостоен ордена Святого Владимира 2-й степени.

В августе, следуя с эскадрой из Севастополя к Очакову, Ушаков обнаружил у острова Тендра турецкую эскадру, стоявшую на якоре. Он немедленно атаковал противника, не перестраивая свою эскадру из походного положения. Турецкие корабли стали в беспорядке отходить к устью Дуная. Русский контр-адмирал уничтожил два линейных корабля, несколько малых судов, турки потеряли свыше двух тысяч человек, в том числе более семисот пленными.

С этого времени турки стали откровенно бояться Ушакова, а тот получил от Екатерины II еще одну награду – орден Святого Георгия 2-й степени.

31 июля 1791 г. Ушаков одержал над турецким флотом блистательную победу в сражении у мыса Калиакрия. В этом сражении он атаковал противника в походном строю трех колонн. Исход боя решили смелые маневренные действия – проход русской эскадры между берегом и турецкими кораблями для занятия выгодного наветренного положения перед атакой, выход флагманского корабля Ушакова «Рождество Христово» из кильватерного строя в ходе преследования флагмана противника. Понеся тяжелые потери, турецкие корабли прекратили бой и, пользуясь темнотой, ушли к Босфору. Это поражение перечеркнуло последние надежды Оттоманской Порты и ускорило подписание победного для России Ясского мирного договора.

В этой войне Ушаков прибегнул к созданной им новой маневренной тактике, принципиально отличавшейся от принятой в то время линейной. Основными чертами тактики Ушакова были: применение единых походно-боевых порядков, выделение резерва («эскадры кайзер-флага»), решительное сближение с противником на короткую дистанцию без перестроения боевого порядка, сосредоточение основных усилий против флагманских кораблей противника, сочетание прицельного артиллерийского огня и маневра, преследование противника до полного его уничтожения или взятия в плен. Придавая большое значение морской и огневой выучке личного состава, Ушаков был сторонником суворовских принципов воспитания подчиненных. Не потеряв в морских сражениях ни одного судна, Ушаков нанес турецкому флоту невосполнимый урон более чем в 50 судов, отвоевав для России целый Черноморский регион. Турки были напуганы победами Ф. Ушакова до такой степени, что их флот не решался выходить из Босфорского пролива, боясь встретиться с грозным для них адмиралом, получившим прозвище Ушак-паша.

Наряду с боевыми подвигами Ф. Ушаков показал высокие административные способности. В 1783 г. он успешно борется с чумой в Херсоне, причем в принятых им мерах против распространения заразы предусмотрены средства борьбы с чумой, разработанные наукой много десятков лет позднее. Благоустраивает военный порт и город Севастополь. После войны с Турцией немедленно приступает к приведению в порядок кораблей Черноморского флота: их ремонту, постройке новых кораблей, пристаней, казарм для экипажей кораблей, госпиталя. По отзыву историков, административные способности Ф. Ф. Ушакова и умение взяться за всякое дело способствовали тому, что за 15 лет его пребывания в Севастополе не только новый черноморский порт сделался надежным убежищем для флота, но и сам город достиг внушительных размеров.

Барельеф флотоводца на станции «Алмиралтейская» петербургского метро.

Сражение у острова Тендра. А. Блинков.

13 сентября 1793 г. Ф. Ушаков был произведен в вице-адмиралы (контр-адмиралом он стал еще 25 апреля 1789 г.).

С ростом завоевательных устремлений Франции и созданием антифранцузской коалиции европейских государств с участием России Федор Федорович оказался в эпицентре событий, происходивших в Средиземноморье. В 1798 г. Павел I вступил в союз с недавним противником – Турцией, и Черноморскому флоту было поручено действовать вместе с турками в Средиземном море против французов. При этом полный адмирал Кадыр-бей получил от своего султана приказ не только быть в подчинении у русского вице-адмирала, но и учиться у него. Приняв в Константинополе под свое командование присоединившуюся к Черноморскому флоту турецкую эскадру, Ушаков направился в Архипелаг. Силою оружия он освободил из-под власти французов острова Цериго, Занте, Кефалонию, Святой Мавры и в октябре осадил важнейшую стратегическую базу Франции в Ионическом море – остров Корфу.