В целях привлечения на свою сторону горцев в 1842 г. в Анапе был сформирован горский полуэскадрон, в состав которого входили черкесы, готовые верной службой доказать преданность Российскому государству. Это стало положительным фактором улучшения отношений власти с местным населением. Большое значение имело и основание в окрестностях Анапы станиц Николаевской, Витязевой, Суворовской и Благовещенской. В 1846 г. Анапа получила статус города, а вновь возникшие сельские населенные пункты в ее окрестностях - Закубанского поселения, и на них стало распространяться утвержденное государем «Положение о заселении и гражданском управлении северо-восточного берега Черного моря».

Военные экспедиции русских войск в глубь горских земель порождали ожесточенное сопротивление проживавших на них народов. Наиболее дальновидные представители русского командования на Кавказе: понимали, что для нормализации отношений здесь нужны мирные методы. Так, генерал Н. Н. Раевский «добивается в 1839 г. разрешения на торговлю солью с адыгами, получив при этом 20 тысяч пудов для продажи в районе прибрежной полосы по умеренной цене. Кроме того, ему было отпущено на торговые цели с горцами 20 тысяч рублей. Раевский стремится обратить укрепления Черноморской береговой линии в торговые пункты» (Трехбратов Б. А., 2000, с. 228).

В это время усиливает свое влияние на Кавказе и Англия. Турецким и английским эмиссарам удалось спровоцировать черкесов напасть на укрепления Черноморской береговой линии, которые в ходе боев были захвачены горцами. В ответ на это русскими войсками был проведен ряд карательных экспедиций. Так, в ходе их на западном участке удалось оттеснить черкесов с территории между устьем р. Кубани и Анапой.

Ситуация на Северо-Западном Кавказе обострилась еще и потому, что предводитель горского сопротивления в Дагестане и Чечне имам Шамиль в целях привлечения черкесов к объявленной им «священной войне против неверных» направляет сюда своих наибов (заместителей), которые убеждают племена абадзехов, шапсугов и натухайцев усилить военное сопротивление русским. Известие о предстоящей войне Турции с Россией поднимает боевой дух черкесских отрядов, руководимых в Закубанье наибом Шамиля Магомед-Амином. Летом 1853 г. в ожидании военных действий Турции они атакуют Гостагаевское и ряд других укреплений. 4 октября 1853 г. Османская империя объявила России войну, получившую в истории название Крымской.

После вступления в войну Англии и Франции и введения ими в Черное море своего флота ситуация осложнилась. Укрепления Черноморской береговой линии были слабыми и не могли противостоять новым противникам. Поэтому командованием русских войск было принято решение вывести из строя и оставить все береговые укрепления восточнее Новороссийска и Анапы, в которых и были сосредоточены эвакуированные части. Постоянные бомбардировки англо-французской морской эскадрой наносили серьезный урон береговым укреплениям в этом районе.

В мае 1855 г. войска союзников заняли Керчь, уничтожили русскую батарею на косе Чушка и подвели эскадру в район Темрюка. Появилась угроза окружения, и вице-адмирал Л. М. Серебряков принял решение об оставлении Анапы и Новороссийска и вывел их гарнизоны в район Андреевского поста Черноморской кордонной линии. Уходя из Анапы, русский отряд по приказу генерал-адъютанта М. Г. Хомутова, руководившего войсками на кавказском побережье, выжег крепость Анапу и станицы Николаевскую, Александровскую и Благовещенскую. Крепостные стены в Анапе были взорваны, а сам город превращен в руины.

Оставленную Анапу занимают турецкие войска, численность которых достигала 8 тыс. человек, и черкесские отряды под предводительством Сефер-бея Заноко. Происходил он из знатной шегакской семьи, имевшей владения в окрестностях Анапы. Еще ребенком его передали натухайцы в качестве аманата (заложника) русским властям. В России Сефер-бей получил хорошее образование и после окончания учебы был направлен обратно в Анапу в 22-й егерский полк юнкером. Однако после ссоры с командиром полка он, прихватив полковую кассу, бежал в Турцию. Здесь он получает звание полковника турецкой армии, чин паши и направляется опять в Закубанье для организации черкесского сопротивления русским. Б Анапе Сефер-бей объявляет себя главнокомандующим всеми горскими народами и начальником турецких сил. Для координации действий союзников в ставку Сефер-бея в Анапе часто наведывались английские, французские и турецкие офицеры.

В планы союзников далее входили захват Темрюка и использование его в качестве плацдарма для продвижения на Екатеринодар. Однако русские пластуны сорвали попытку высадки англо-французского десанта в районе Темрюка и Голубицких хуторов, а отрядам Сефер-бея, численность которых составляла 7 тыс. человек, не удалось пробиться к Темрюку через Джигинскую батарею и Варениковское укрепление. Последующие военные операции союзных войск не принесли ощутимого результата. Русские войска оставались в Закубанье. Парижский мирный договор 1856 г. заметно ослабил позиции России в Черноморском регионе. По условиям договора Россия лишалась возможности иметь здесь свой флот, военные базы и укрепления, что в условиях продолжения Кавказской войны делало ее уязвимой от внешнего вмешательства иностранных держав.

Анапа же по окончании Крымской войны была вновь занята русскими войсками, которые вошли в нее 10 июля 1856 г. Отряд Сефер-бея отошел в Новороссийск, где продолжил сопротивление. Так, 22 июля 1857 г. его отряд опять пытался взять Анапу, но гарнизон, которым руководил майор Ф. Ф. Левашов, отразил нападение горцев. Однако, выполняя решения Парижского мирного договора, Россия была вынуждена ослабить свое присутствие на побережье. Царским указом 31 марта 1860 г. города Анапа и Новороссийск были упразднены, а в 1862 г., в связи с переносом линии укреплений в междуречье Большой и Малой Лабы и Белой, были упразднены и черноморские укрепления, включая Анапу, которая становится теперь поселком.

После окончания Крымской войны русским войскам удалось активизировать свои действия на Восточном Кавказе и сломить сопротивление сил Шамиля. Узнав о пленении имама Чечни и Дагестана, прекратил свою деятельность среди черкесов и Мухаммед-Амин. В 1859 г. умирает Сефер-бей. Однако, лишившись лидеров, черкесские племена Закубанья не сложили оружия. Русское командование на Кавказе перебрасывает основные силы на левобережье Кубани.

В сентябре 1861 г. на Кубань совершил поездку император Александр II. Он встретился с представителями племен шапсугов, абадзехов и убыхов и, ясно обозначив цели укрепления России на Кавказе, предложил им дать согласие на прокладку через территории, занятые ими, дорог к Анапе, Новороссийску и Туапсе. Однако черкесская делегация отрицательно отнеслась к предложениям русского царя и потребовала отказаться от планов прокладки дорог, строительства укреплений и основания казачьих поселений на их землях.

В ходе последующих военных операций под командованием генерал-адъютанта Н. И. Евдокимова русские отряды привели к покорности натухайцев (i860 г.), шапсугов и абадзехов (1863 г.), убыхов (1864 г.). В целях ослабления горского движения царское правительство начало политику переселения черкесов с побережья Черного моря. Из-за принуждения русских властей и агитации турецких эмиссаров в течение 1858-1865 гг. в Турцию было вывезено