Характеристики нового высотного самолета, получившего обозначение Ju-86R, вполне устраивали рейхсминистерство авиации. Однако, не желая сильно отвлекать производственные мощности фирмы «Юнкере» от выпуска основной продукции – самолетов Ju-88, оно дало согласие на переделку лишь небольшого числа самолетов. Работы начались в ноябре 1941 г., при этом Ju-86P-1 переоборудовались в Ju-86R-2, a Ju-86P-2 – в Ju-86R-1. Несколько самолетов были переданы в так называемую опытную станцию высотных полетов (VfH), которая размещалась на аэродроме Ораниенбург, и в ходе испытаний Ju-86R-1 достиг высоты 14 400 м.

Разведчики Ju-86P активно использовались и для разведки территории Советского Союза. Еще в начале 1941 г. 4-я эскадрилья Aufkl.Gr.Ob.d.L., в составе которой имелись пять высотных «Юнкерсов», выполняла такие полеты, взлетая с аэродромов Бухареста и Кракова. Советская противовоздушная оборона ничего не могла поделать с ними, так как не имела перехватчиков, способных подниматься на высоту их полета. Оставалось лишь бессильно наблюдать за безмятежно плывущими высоко в небе разведчиками и надеяться на некое благоприятное стечение обстоятельств. И вот 15 апреля судьба все же сделала подарок…

В тот день с аэродрома Кракова взлетел Ju-86R, имевший гражданский бортовой код D-APEW. Его экипаж – пилот унтер-офицер Шнец и штурман унтер-офицер Вальтер – имел задание провести аэрофотосъемку объектов в районе украинского города Житомир. Все шло как обычно. Набрав высоту, разведчик пересек советскую границу и спокойно направился на восток, к своей цели. Однако затем правый двигатель «Юнкерса» неожиданно отказал. Самолет больше не мог держаться на большой высоте, и Шнец был вынужден снизиться. Надо было срочно возвращаться обратно.

Тем временем в воздух по тревоге поднялись советские истребители, которые перехватили немецкий разведчик в районе Ровно. Теперь он летел на доступной для них высоте, и они атаковали его. Советские пилоты вывели из строя левый – единственный рабочий – двигатель «Юнкерса». Шнец совершил вынужденную посадку на брюхо, и оба летчика выбрались из самолета. На случай подобных ситуаций на каждом Ju-86P имелись заряды взрывчатки для уничтожения секретного оборудования гермокабины и фотокамер, и, перед тем как покинуть кабину, Вальтер включил их часовые механизмы. Вскоре появились сотрудники НКВД, которые арестовали немцев и сразу же увезли с места посадки. Поэтому затем ни Шнец, ни Вальтер не могли четко утверждать, произошло ли самоуничтожение самолета.

После первого беглого допроса обоих летчиков перевезли в Ровно, где в местном управлении НКВД стали «работать» с ними более обстоятельно. Первоначально немцы придерживались заранее составленной легенды – они курсанты школы летчиков-испытателей в Кракове и оказались в советском воздушном пространстве случайно, из-за неисправности приборов. Однако затем Шнец и Вальтер неожиданно поняли, что допрашивавшие их сотрудники НКВД считают, что они летели на Ju-88 и что, помимо них, на борту были еще люди, поскольку экипаж этого самолета действительно состоял из четырех человек. И это, кстати, подтверждает, что механизмы самоуничтожения разведчика все же сработали. В итоге летчики немного изменили показания и заявили, что у них в самолете были еще двое – русский и украинец, которые ранее выпрыгнули на парашютах. При этом Шнец утверждал, что один из них – русский – якобы даже прошел обучение в школе слепых полетов в Кракове.

Оба немца пробыли в тюрьме в Ровно вплоть до нападения Германии на Советский Союз. Их должны были перевезти в другую тюрьму в глубине страны, но из-за общего беспорядка, возникшего в ходе быстрого отступления советских войск, охрана попросту бросила их. Оставшись без присмотра, Шнец и Вальтер уже вскоре встретились с одной из наступающих пехотных частей вермахта. Они вернулись в свою эскадрилью и затем в Варшаве имели беседу с командиром группы оберст-лейтенантом Ровелем, пожелавшим лично узнать подробности их пребывания в СССР.

Вскоре после начала войны на Восточном фронте 4-я эскадрилья Aufkl.Gr.Ob.d.L. была отозвана в Германию и вернулась на аэродром Рангсдорф, расположенный в 20 км южнее Берлина. Снова высотные Ju-86P/R появились над советской территорией лишь год спустя.

Ровель знал, что экипаж сообщил по радио о вынужденной посадке на советской территории, но не знал, смогли ли летчики уничтожить самолет. В ожидании серьезного скандала он задумался о перспективе дальнейших полетов над СССР. Однако ответом советского руководства стал жалкий протест, заявленный германскому правительству по дипломатическим каналам. В итоге полеты не только не прекратились, а продолжились с новой силой.

Надо отметить, что это уже был не первый случай посадки самолетов люфтваффе на советской территории. Так, 20 марта на аэродроме Вельск-Подляски приземлился Do-17E-l, а на следующий день около местечка Цехановец, расположенного в 46 км к юго-западу, сел Do-17E-3 W.Nr.3003 «NA+EU». Экипажи обоих «Дорнье» повторяли заученную легенду, что они якобы из авиашкол в Варшаве и Оруне, где, кстати, никаких авиашкол люфтваффе не было и в помине, и что они в сложных погодных условиях потеряли ориентировку и потому случайно нарушили советскую границу. Как ни странно, но им поверили и вскоре передали представителям немецкой стороны. Через некоторое время вернули и оба самолета, правда проведя перед этим их тщательный осмотр.

С середины апреля до середины июня 1941 г. самолеты-разведчики Aufkl.Gr.Ob.d.L. систематически появлялись в советском воздушном пространстве, в среднем по три раза в день. Их основной задачей было обновить аэрофотоснимки советских укреплений в приграничной полосе, сделанные в мае – октябре прошлого года. Особое внимание также уделялось районам Ровно и Луцка и Киевскому укрепленному району.

В конце мая наркома обороны С.К. Тимошенко и начальника Генерального штаба Г. К. Жукова срочно вызвали в Политбюро ЦК ВКП(б). На этой встрече нарком заявил руководству страны, что немцы совсем обнаглели и их надо сбивать, таково, мол, мнение военных. Каково же было удивление маршала и генерала, когда они услышали спокойный ответ Сталина. Вождь поведал своим военачальникам, что германский посол заявил от имени Гитлера, что у них сейчас в авиации много молодежи, которая «слабо подготовлена». Все дело, оказывается, было в том, что германская «молодежь» плохо ориентировалась в воздухе и случайно залетала в СССР. Жуков и Тимошенко тем не менее продолжали настаивать на своем, и в итоге Сталин согласился подготовить соответствующую ноту по данному вопросу и потребовать от Гитлера, чтобы он прекратил «самоуправство» своих военных. В заключение вождь сказал, что он не уверен, знает ли вообще Гитлер про эти полеты.

В итоге немцы продолжали безнаказанно бороздить воздушные просторы Советского Союза. В июне «Юнкерсы», «Хейнкели» и «Дорнье» каждый день фотографировали районы расположения советских войск. Если в течение мая – первых десяти дней июня служба ВНОС зафиксировала 91 пролет самолетов-нарушителей, то с 10 по 19 июня их было уже 86! Хотя фиксировались далеко не все пролеты. Наибольшая активность разведчиков наблюдалась в районах строительства оборонительных сооружений и расположения крупных воинских гарнизонов. Генштаб Красной армии в очередной раз обратился к Сталину, но снова получил по-детски наивный ответ – отныне обо всех нарушениях воздушного пространства докладывать заместителю наркома по иностранным делам А.Я. Вышинскому, а тот «будет иметь дело с немецким послом Шуленбургом…».