15 января 1939 г. Маркарян утвердил обвинительное заключение по делу начальника Бакинского порта Усейнова, секретаря парткома Амирова и ещё десяти других руководящих работников порта, необоснованно обвинённых в совершении особо опасных государственных преступлений.

В суде Маркарян пытался представить дело так, что он не знал о фальсификации в АзНКВД дел в отношении необоснованно арестованных граждан. Но это не соответствовало действительности. Так, Маркаряном 10 февраля 1939 г. было утверждено обвинительное заключение по сфальсифицированному с участием Григоряна и Борщева делу в отношении работников Ленинского райкома партии города Баку Мамедова, Арутюнова и Долунца, ложно обвинённых в контрреволюционной деятельности. Как заявил в суде Маркарян, он не знал, что дело в отношении названных лиц сфальсифицировано. Это заявление Маркаряна опровергается содержанием его же письма в апреле 1939 г. председателю выездной сессии военного трибунала Закавказского военного округа. Он писал, что ряд арестованных, ранее дававших показания на Мамедова, Арутюнова и Долунца, не может быть вызван в суд, так как они «подпали под влияние содержавшихся совместно с ними участников контрреволюционной организации, продолжавших свою к-р подрывную работу и в камерах […] и от своих показаний отказались». Это письмо Маркарян подписал, будучи заместителем народного комиссара внутренних дел Азербайджана. О каком же неведении Маркаряна относительно творившегося беззакония можно было говорить?

14 мая 1939 г. Маркарян утвердил обвинительное заключение по делу директора завода имени Парижской Коммуны Шнейдера и десяти других работников этого завода, которые затем были оправданы военным трибуналом.

В разное время Маркаряном были утверждены обвинительные заключения по сфальсифицированным делам в отношении уже называвшихся ответственного работника народного комиссариата земледелия Гулама Нуриева, инженера по технике безопасности треста «Кагановичнефть» Манунтиновича, управляющего трестом «Сталиннефть» Али Мурад Бейли, заместителя начальника политотдела Каспийского пароходства Зенина, начальника планового отдела завода имени Парижской Коммуны Мамеда Касимова, крупного специалиста геолога-нефтяника Султанова.

По постановлениям, подписанным Маркаряном, в один день 3 марта 1940 г. были арестованы старые коммунисты Манучаров, Овчиян и Севумян. Их ложно обвинили в проведении антисоветской агитации.

В связи с арестом этих лиц Маркарян дал такое «разъяснение»: «К моменту ареста указанные лица членами партии не являлись. Они только что возвратились из ссылки». Получалось, что если уж был приклеен ярлык «антисоветчика», то до конца дней своих человек должен был носить его. И таких людей фактически не выпускали на свободу — их содержали либо в местах лишения свободы, либо направляли в ссылку.

Маркарян рассказал в суде и о том, как было встречено в НКВД Азербайджана известное постановление ЦК ВКП/б/ и СНК СССР от 17 ноября 1938 г., в котором, в частности, указывалось на недопустимость применения незаконных методов ведения предварительного следствия.

Это постановление поступило в Баку вскоре после назначения Маркаряна временно исполнявшим обязанности народного комиссара внутренних дел Азербайджанской ССР. В связи с этим состоялось совещание начальников отделов, в производстве которых находились не законченные следствием дела. Были составлены списки лиц, подлежавших немедленному освобождению из-под стражи. Таких оказалось очень много. Списки передали Багирову. Казалось бы, зачем передавать эти списки первому секретарю ЦК КП/б/ Азербайджана, если возникшая проблема должна была решаться в первую очередь руководством НКВД республики, поскольку арестованные находились в их ведении. Но всё дело в том, что именно Багиров являлся фактическим главой всех республиканских ведомств и, в первую очередь, народного комиссариата внутренних дел республики.

Длительное время Багиров не принимал никакого решения по направленным к нему спискам. В конечном итоге лишь незначительное число из этих лиц освободили из-под стражи. Дела в отношении остальных содержавшихся под стражей направили в суд. Если же суд возвращал эти дела на дополнительное расследование, то никакого расследования не производилось, а по указанию Багирова их направляли на рассмотрение Особого совещания, которое, как известно, постановлений об оправдании арестованных не выносило. Таким образом, и после принятия постановления «на верхах», в деятельности органов НКВД Азербайджана мало что изменилось.

О том, как вели следствие сотрудники 11 отдела АзНКВД, возглавлявшегося Григоряном, убедительно показал допрошенный по делу бывший его сотрудник Ф.Д. Горяев. Он показал, что сотрудники отдела избивали и всячески издевались над арестованными, принуждая их оговаривать себя и других в совершении тяжких преступлений. В результате таких методов следствия некоторые арестованные, кроме себя, называли ещё по 40–50 человек как участников антисоветских организаций.

У Григоряна, показал Горяев, имелся толстый ремень со специальной рукояткой. Длина этого ремня 50–60 сантиметров, толщина и ширина примерно в два пальца. Этим ремнем Григорян избивал арестованных, другие избивали резиновыми дубинками. Применялся и такой способ истязания, как «стойка». На третьи сутки беспрерывной «стойки» у арестованного распухали ноги так, что в обуви вообще невозможно было стоять. У некоторых арестованные через трое суток начинались галлюцинации, они теряли сознание, падали. На «стойках» держали до тех пор, пока арестованные не «признавались». Кроме того, арестованных избивали. Как показал Атакишиев, именно за умение добиваться нужных показаний от арестованных Григоряну поручалось расследование дел в отношении ответственных советских и партийных работников. Он пользовался поддержкой у Багирова.

О человеческих качествах Григоряна свидетельствует такой факт. Он был дружен с бывшим заместителем наркома социального обеспечения республики Л.С. Смотриковым, бывал в его доме. Однако именно Григорян утвердил постановление о предъявлении Смотрикову обвинения в террористической деятельности. Григорян признал, что хотя он и не верил, что Смотриков является контрреволюционером, тем не менее утвердил названное постановление.

Смотриков был осужден к лишению свободы и впоследствии умер в лагере.

Григорян участвовал в фальсификации дела на секретаря Бакинского комитета партии Кулькова. Допрошенный по делу бывший сотрудник АзНКВД Булычев показал, что Григорян дал ему указание избивать арестованного бывшего секретаря Ленинского райкома партии Мамедова до тех пор, пока тот не назовет Кулькова членом контрреволюционной организации.

Участвовал Григорян и в фальсификации уже упоминавшегося дела на бывшего секретаря Кагановичского райкома партии П.И. Ханцева, которому было предъявлено обвинение в подготовке вооружённого восстания, террористической и диверсионной деятельности.

Григорян подтвердил, что он «раза два-три ударил рукой» Ханцева. Били его потому, пояснил Григорян, что «он не давал показаний на других участников контрреволюционной организации».

В суде были оглашены следующие показания Ханцева, данные им по своему делу: «Григорян с помощью Кудина и Крюченкова стал избивать меня. Меня били кулаком по лицу, по голове, наносили удары сапогом по бокам, когда я был сбит на пол. После ряда ударов сапогом я потерял сознание и очнулся в камере весь в кровоподтеках, окровавленный.