В 22 ч 50 мин, чтобы прикрыть переполненную якорную стоянку от ожидаемой воздушной атаки немцев, была поставлена дымовая завеса, а всего через 10 минут пришло сообщение о приближении германских самолетов. Их появление совпало по времени с пролетом над якорной стоянкой 300 союзных транспортных самолетов и буксируемых десантных планеров, несущих подкрепления 6‑й воздушно-десантной дивизии. Ряд кораблей, игнорируя запрещающие сигналы, открыли огонь, и, по крайней мере, два английских самолета были сбиты. В итоге адмирал Вайен потребовал, чтобы все последующие воздушно-десантные операции подобного рода проводились только в дневные часы.

По мнению союзного командования, успех первой фазы операции «Нептун» был полным. В своем рапорте адмирал Рамсей отметил, что «самым выдающимся фактом является то, что, несмотря на неблагоприятную погоду, в своих главных положениях план был выполнен так, как он был составлен».

Общие потери десантных кораблей составили 304 единицы, из которых 50 % погибли на береговых заграждениях, оборудованных минами Теллера. К концу «Дня Д» в англо-канадском районе вторжения было высажено на берег 70 472 человека из подразделений первого и второго эшелонов десанта.

Следует отметить, что германские ВВС, захваченные врасплох, произвели несколько десятков вылетов. Ко второй половине дня вторжения немцы потеряли четыре бомбардировщика «Юнкерс-88» и один истребитель «Фокке-Вульф-190», который прежде чем его сбили над морем, сбросил 250‑фунтовую фосфорную бомбу на палубу флагманского корабля «Булоло», взрыв которой вызвал жертвы и разрушения.

6 июня потери союзников, вызванные главным образом огнем зенитной артиллерии, были незначительными и составляли 113 самолетов на 14 674 самолетовылета (из них 5656 самолетовылетов приходилось на долю английских ВВС).

Непосредственное прикрытие с воздуха осуществляли шесть эскадрилий «Спитфайеров», дальнее — три эскадрильи «Тандерболтов». Кроме того, постоянное патрулирование над путями конвоев и соединениями вторжения выполняли четыре эскадрильи «Лайтнингов».

Адмирал Рамсей писал: «К концу „Дня Д“ беспокойство чувствовалось только по одному поводу — чтобы улучшившаяся погода позволила начать накопление сил на плацдармах так, как планировалось».

Подавляющее воздушное превосходство союзников гарантировало оборону от воздушных атак немцев. На море якорные стоянки в районе вторжения были сосредоточены ближе друг к другу для лучшего обеспечения обороны их от атак немецких подводных лодок и торпедных катеров. Атаки более крупных надводных кораблей противника считались маловероятными из-за повышенной минной опасности в районе. Возможность крупномасштабных воздушных налетов немецкой авиации вообще не учитывалась. Поэтому было решено принять статичную систему обороны, хотя и при любом другом варианте у кораблей все равно было бы очень мало пространства для маневрирования.

Ответственность за оборону Ла-Манша вне района вторжения лежала на командующих военно-морскими базами Портсмут, Плимут и Дувр, которые действовали в тесном взаимодействии друг с другом и с адмиралом Рамсеем.

Командующие военно-морскими Оперативными соединениями Западного и Восточного секторов района вторжения составили собственные диспозиции для охраны флангов своих секторов. Адмирал Керк разделил американский район вторжения на восемь оборонительных подрайонов с кодовыми названиями «Маунтин», «Хикери», «Эльде», «Прери», «Вермонт», «Канзас», «Орегон» и «Огайо». Из них первые три подрайона находились мористее остальных, гранича с ними на юге и востоке.

Линия, известная под названием «Линия Дикси», шла из точки в семи милях к северу от Пор-ан-Бессена вдоль разделительной линии между Западным и Восточным секторами к точке в трех милях на 26 от островов Сен-Маркуф. Эта линия определяла периметр обороны американского сектора высадки. Адмирал Керк разместил в подрайоне «Прери» дивизион эсминцев, а в северной части подрайонов «Канзас» и «Огайо» установил радиолокационное патрулирование. Линия, идущая от северо-западного конца «Линии Дикси» на юго-запад к северной границе участка «Юта», называлась «Линией Мезона» и патрулировалась торпедными катерами. Позднее, по мере накопления опыта, торпедные и артиллерийские катера перебрасывались в северо-западную часть подрайона «Маунтин», где они занимали удобную позицию для перехвата вражеских сил, идущих мимо мыса Барфлер. Это патрулирование было так хорошо организовано, что германские торпедные катера после нескольких попыток прорыва в район вторжения совершенно оставили этот подрайон в покое.

В районе Восточного Оперативного соединения адмирал Вайен учредил две оборонительных зоны севернее района вторжения. Разделительная линия между этими зонами шла на север от Сен-Обена до широты 49°40′. Восточный район, названный «Танни», охватывал устье Сены и считался наиболее опасным, так как отражение радиосигналов от земли могло создать путаницу в интерпретации сигналов на РЛС слежения и обнаружения.

Западный район, получивший название «Пайк», простирался до 0°40′ западной долготы, где шла разделительная линия между Американским и Английским районами. В шести милях от побережья параллельно ему шла оборонительная линия, где постоянно по ночам несли боевое дежурство тральщики, стоявшие на якорях в пяти кабельтовых друг от друга. От восточного конца этой линии начиналась другая линия, идущая на юг к побережью и названная «Траут». По ночам на этой линии несли боевое дежурство десантно-артиллерийские корабли баржи ПВО, стоя на якорях в 200 метрах друг от друга.

После того как в июле и августе немцы применили для прорыва в район вторжения дистанционно управляемые катера «Линзе», набитые взрывчаткой, человеко-торпеды и сверхмалые подводные лодки, линия «Траут» стала наиболее важной во всей системе обороны. Два или три дивизиона торпедных катеров обычно дрейфовали севернее северо-западного угла оборонительного периметра, а 2–3 полудивизиона эсминцев патрулировали северные и южные сектора западной части подрайона «Танни». Командир такого сторожевого дозора руководил всей организацией обороны, действуя с эсминца или фрегата, которые обычно находились на ходу вне оборонительной зоны или дрейфовали внутри ее.

Первоначально для прикрытия кораблей на внутренних якорных стоянках применялись дымовые завесы, но по мере усиления немцами интенсивности минно-заградительных операций важность маркирования минных заграждений изменила обычный порядок применения дымовых завес.

Координация всех мероприятий, связанных с обороной Восточного сектора, осуществлялась из оперативной рубки крейсера «Сцилла», который каждую ночь стоял на якоре примерно в 2,5 мили за внешней линией оборонительного периметра ближе к его северо-восточному углу.

С наступлением дня корветы и вооруженные траулеры, а иногда и эсминцы патрулировали море за пределами внутренней оборонительной зоны, но немцы не делали никаких попыток помешать наращиванию сил союзников в дневное время, а ночи были короткими.

После того как десантники постепенно пробивали себе дорогу вглубь французской территории, увеличивая плацдармы, характер огневой поддержки кораблей стал более избирательным. В Западном секторе весь полуостров Котантен был в пределах досягаемости огня корабельных орудий.