В тот же день было издано постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР № 662-219сс, согласно которому отменялось постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР № 26-12сс от 4 января 1940 г. и пункт 2 постановления Экономического совета № 1264-301сс от 5 ноября 1939 г.[577]. Соответственно 7 мая нарком обороны издал приказ № 087, которым была установлена вышеуказанная новая система оплаты личного состава войск в Прибалтике и отменялся приказ № 0173 от 11 ноября 1939 г.[578].

Еще одной проблемой, связанной с советскими гарнизонами в Прибалтике, был вопрос о затратах на их содержание. 4 декабря 1939 г. заместитель наркома ВМФ флагман флота 1-го ранга Г.И. Левченко направил заместителю председателя СНК СССР А.И. Микояну докладную записку № 161735/сс со сметой валютных расходов на содержание частей КБФ в Прибалтике, согласно которой предлагалось выделить для частей в Эстонии 1 224 150 крон, а для частей в Латвии – 661 600 латов[579]. Отвечая на запрос об обоснованности этих сумм, Наркомат финансов 15 декабря подготовил докладную записку № 2-313/1сс, согласно которой следовало сократить смету до 971 890 крон и 446 115 латов. Поскольку к 14 декабря уже было отпущено 522 тыс. крон и 349 тыс. латов, то можно выделить 449 890 крон и 97 115 латов. Кроме того, НКФ предлагал обязать НКВМФ сокращать расходы за счет самообеспечения[580]. Однако, проработав этот вопрос с обоими наркоматами, аппарат Комитета обороны предложил выделить 990 591 крону и 497 875 латов[581]. 2 января 1940 г. председатель СНК СССР В.М. Молотов направил в Политбюро ЦК ВКП(б) докладную записку № 31/ко с просьбой утвердить это предложение[582]. 4 января Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило постановление СНК СССР № 30-16сс «О смете валютных расходов Наркомата Военно-Морского Флота на IV квартал 1939 года», которое разрешало НКФ выделить для НКВМФ в счет его сметы на 1939 г. и с зачетом аванса, отпущенного постановлением Экономсовета № 1264-301сс от 5 ноября 1939 г., на содержание частей флота на территории Эстонии 990 951 крону, а на территории Латвии 497 875 латов[583].

5 января нарком ВМФ флагман флота 2-го ранга Н.Г. Кузнецов направил заместителю председателя СНК СССР А.И. Микояну докладную записку № 38/сс со сметой валютных расходов на I квартал 1940 г. по Эстонии и Латвии, для чего следовало выделить 4 541 тыс. крон и 2 822 тыс. латов. 9 января аппарат Комитета обороны предложил отпустить аванс в 3 млн крон и 2 млн латов. 11 января председатель СНК СССР просил об утверждении этого решения Политбюро ЦК ВКП(б)[584]. 14 января Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило постановление СНК СССР № 74-35сс «Об отпуске аванса на содержание кораблей и частей РКВМФ в Эстонии и Латвии в I квартале 1940 г.», которым было предусмотрено выделение 3 млн крон и 2 млн латов. НКВМФ должен был не позднее 10 февраля представить смету валютных расходов на 1940 г.[585].

Еще 8 января нарком обороны направил председателю СНК СССР докладную записку № 13541/сс с просьбой до утверждения валютной сметы выделить в I квартале 1940 г. на содержание частей в Эстонии, Латвии и Литве аванс в 5 млн руб. в валюте (из них для Эстонии – 2 млн руб., для Латвии и Литвы по 1,5 млн руб.)[586]. 14 января Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило постановление СНК СССР № 75-36сс «Об отпуске аванса для НКО на содержание частей РККА в Эстонии, Латвии и Литве в I квартале 1940 г.», выделявшее на эти нужды 5 млн руб. в местной валюте, в том числе 2 млн руб. для войск в Эстонии, 1,5 млн руб. для войск в Латвии и 1,5 млн руб. для войск в Литве. НКО должен был к 20 января представить смету валютных расходов на 1940 г.[587]. 1 февраля нарком обороны направил заместителю председателя СНК СССР Н.А. Булганину докладную записку № 13685/с с просьбой до утверждения валютной сметы отпустить авансом на февраль по Прибалтике 3,5 млн руб. в валюте (из них для Эстонии – 1,5 млн, для Латвии и Литвы – по 1 млн руб.). 5 февраля НКФ подготовил докладную записку № 4-28/2с, в которой выразил согласие с этим предложением НКО. 9 февраля было издано распоряжение СНК СССР № 1490/12ко о выделении этих средств[588]. 23 февраля нарком обороны направил заместителю председателя СНК СССР Н.А. Булганину докладную записку № 13840/с с просьбой отпустить на март для войск в Прибалтике авансом 2 млн руб. в валюте (из них для Эстонии – 1,4 млн руб. и Латвии – 600 тыс. руб.). В ответ на запрос об адекватности запрашиваемых средств, НКФ 26 февраля сократил эту заявку по Эстонии до 1 120 тыс. руб. Однако аппарат Комитета обороны в тот же день согласовал с НКО сокращение его запроса по Эстонии до 1,2 млн руб. В итоге 4 марта распоряжением СНК СССР № 2379/ко было разрешено отпустить НКО 1,2 млн руб. для войск в Эстонии и 600 тыс. руб. в Латвии[589].

25 марта нарком ВМФ направил председателю СНК СССР докладную записку № 1127/с с просьбой в связи с задержкой утверждения годовой сметы отпустить на апрель – май 1940 г. для Эстонии 900 тыс. крон и для Латвии 1 млн латов. 28 марта НКФ своей докладной запиской № 54/1с и аппарат Комитета обороны поддержали эту просьбу, указав, что из аванса 1 квартала израсходовано 2,61 млн крон и 1,85 млн латов. 3 апреля 1940 г. было издано распоряжение СНК СССР № 3419/12ко о выделении 900 тыс. крон и 1 млн латов[590]. 23 мая нарком ВМФ направил заместителю председателя СНК СССР А.И. Микояну докладную записку № 2193/с с просьбой отпустить в июне 1940 г. на содержание войск в Эстонии 1,2 млн крон и в Латвии 950 тыс. латов. 28 мая аппарат Комитета обороны сократил заявку до 1 млн крон и 800 тыс. латов, так как уже было ассигновано 3,9 млн крон и 3 млн латов (не получено 65 тыс. крон и 155 тыс. латов, а остаток составляет 160 тыс. крон и 50 тыс. латов). 2 июня было издано распоряжение СНК СССР № 5191/12ко о выделении НКВМФ 1 млн крон и 800 тыс. латов[591].