Царь Василий сурово расправился с сообщниками Катырева. Несколько дворян, в их числе Яков Желябужский, были казнены в Москве. Желябужские были выборными дворянами. Дьяк Григорий Желябужский получил чин думного дьяка от Шуйского и сменил Афанасия Власьева в Казенном приказе. Еще до похода на Незнань, в феврале 1608 г., дьяк лишился думного чина и был отослан вторым воеводой в сибирский острог Тару.

По мнению С. Ф. Платонова, «чисто боярская шатость» была затеяна кружком Романовых. Едва ли это так. Двое главных заговорщиков представляли суздальскую знать. Летопись ничего не сообщает, кого заговорщики прочили на трон.

Армию, ранее подчинявшуюся Скопину, царь Василий вверил своему брату Ивану Ивановичу Шуйскому. Воеводы армии Скопина — Иван Воротынский, Иван Романов, Григорий Ромодановский, Иван Черкасский, Данила Мезецкий — сохранили свои посты. Снят был один Скопин.

Фактически он был отстранен от руководства армией накануне решающих битв.

Москва оказалась в критическом положении. Присутствие в столице самого даровитого из полководцев — Скопина было абсолютно необходимо. Но князь Михаил был не только отозван с Незнани, но и отправлен царем в Новгород Великий. Для отставки нужны были серьезные причины. Видимо, Скопина заподозрили в том, что он был причастен к измене или же не проявил должного усердия в обличении заговорщиков. Ясно лишь одно: борьба за первенство внутри клана князей Шуйских началась.

Племянник царя получил жестокий урок. В дальнейшем он позаботился о том, чтобы обеспечить себе свободу действий и избежать произвола самодержца.

Рать князя Ивана была разгромлена в битве под Рахманцевом в окрестностях Москвы 22 сентября 1608 г. Сражение началось с того, что ратники обратили в бегство полки Микулинского, Вилямовского и Стравинского. В центре они окружили полк Яна Сапеги и завладели всей его артиллерией. Гетман едва избежал плена. Воеводы считали, что противник разгромлен, и не ожидали контратаки.

Между тем Сапега вырвался из окружения и бросил в атаку две гусарские роты. Эта атака решила исход битвы. Победа обратилась в поражение. Иван Шуйский трусливо бежал с поля боя. Передовой полк воеводы Ромодановского выстоял. Но он не получил помощи от большого полка и был разбит. Литовцы преследовали московские полки на протяжении четырех миль.

30 сентября к Яну Сапеге явились трое московских перебежчиков — служилый немец Виктор Франк и два сына боярских Максим Муранов и Вешняк Ефремов. Их показания были записаны в Дневник гетмана 1 октября 1608 г.:

«Шуйскому установлен срок до Покрова, чтобы с «литвой» договорился или государство им оставил, тогда и он сам до того срока просил сенаторов своих и у всего мира, чтобы воздержались, не сдавали столицу».

Ответ за поражение Шуйскому пришлось держать перед боярами и всем миром. Дума требовала ответить, как случилось, что крупные отряды литовской армии оказались под стенами Москвы. Царю были поставлены определенные условия. Он должен был добиться вывода литовских ратных людей из России не позднее 1 октября. Если царю сделать это не удастся, он должен «оставить государство».

Перебежчики появились в лагере Сапеги через неделю после битвы под Рахманцевом. Вывести иноземные войска в столь короткий срок было невозможно. Очевидно, срок ультиматума был установлен много раньше.

Царь Василий приложил все усилия, чтобы выполнить требование бояр. В соответствии с мирным договором, подписанным польскими послами в Москве, король Сигизмунд III должен был отозвать своих подданных с территории России. Но Ружинский не собирался выполнять условия договора.

От имени думы царь Василий предложил провести переговоры. 7 сентября состоялся обмен заложниками. В Тушино прибыли бояре Андрей Голицын и Иван Крюк-Колычев, в Москву — «боярин» Заруцкий и полковник Лисовский.

При таких заложниках тушинцы могли затеять любую рискованную авантюру.

На переговорах польскую сторону представляли Юрий Мнишек, Ружинский и двое братьев Вишневецких. Список русских представителей не сохранился. По всей видимости, комиссию возглавляли старшие бояре. С ними были стольники Василий Бутурлин и князь Семен Прозоровский. Переговоры не дали результатов. Шуйский не выполнил своих обещаний. Литовцы продолжали громить его войска и разорять страну. Противники царя поняли, что низложить его можно только силой.

Осенью 1608 г. войска Сапеги перерезали Ярославскую и Дмитровскую дороги, что вызвало панику в столице. Дворяне из Новгорода, Пскова, Ярославля стали спешно покидать Москву и пробираться в родные места. Царь Василий пытался отговорить их и принуждал к присяге. Но помещики отвечали: «Нашим де домам от литвы и от русских воров быть разореным». Рязанские дворяне, покинув лагерь Болотникова, не пристали к «тушинскому вору».

Рязань находилась поблизости от столицы, и многие из местных помещиков участвовали в обороне Москвы. Царь Василий еще до прихода Лжедмитрия II в Тушино настойчиво советовал рязанским служилым людям, «чтобы они для воровского приходу жен своих и детей присылали б к нам к Москве с людьми своими». Многие люди последовали его совету. Союз между столицей и Рязанским краем имел неоценимое значение для «царствующего града». Из Рязани в Москву постоянно шли обозы с хлебом и отряды ратных людей. Государь не раз благодарил за усердие и верность воеводу Прокофия Ляпунова.

К исходу зимы 1609 г. ситуация вновь осложнилась.

Среди рязанских дворян, оборонявших столицу, обнаружилась «шатость».

Первая осадная зима принесла тяготы и нужду московскому населению. Враги царя решили использовать момент и совершить переворот. Заговор возглавили князь Роман Гагарин-Стародубский, вождь рязанских дворян Григорий Сумбулов и московский дворянин Тимофей Ильин (последний происходил из известной опричной семьи Грязных). Заговор был хорошо подготовлен. В нем участвовали до 200 дворян. Столько же было у Василия Шуйского, когда он сверг Лжедмитрия I. Но среди заговорщиков не было бояр, что сказалось на исходе дела.

25 февраля 1608 г. заговорщики проникли в Кремль и ворвались в думные палаты, где заседала Боярская дума.

«Придя в верх к бояром, — повествует летописец, — и начата говорить, чтоб царя Василия переменити». Действия Гагарина и его сообщников не были собственно мятежом.

Они пытались низложить царя законным путем, через думу.

Для этого надо было настоять на том, чтобы Боярская дума подтвердила свое прежнее решение об отрешении Шуйского в случае, если к 1 октября он не добьется вывода иноземных войск из страны.

Летописец уверяет, что бояре «отказаша» Гагарину.

Правда заключается в том, что дума не выступила в защиту Шуйского и не приняла мер для вызова войск и подавления бунта. Вместо энергичных действий члены думы поспешно разъехались по своим дворам.

Гагарин с дворянами не были обескуражены. Из дворца они отправились в Успенский собор, где патриарх Гермоген вел богослужение. Прервав службу, они «ведоша его на Лобное место», где уже собралась большая толпа. Мятежники объявили владыке, что восстали на Шуйского за его тайные казни: «и топере, де, повели многих, нашу братию сажать в воду, за то, де, мы стали».