Первоначально «недочеловеки» изгонялись. Давление на евреев в Германии привело к их массовой эмиграции, начиная с 1933 г. После захвата нацистами Австрии Гиммлер, по предложению своего сотрудника Эйхмана, создал в Вене Бюро еврейской эмиграции. Желавшие покинуть Австрию должны были отказаться от всего имущества и дать обязательство никогда туда больше не возвращаться. К началу Второй мировой войны около 100 тысяч евреев покинули Остмарк, как теперь стали именовать Австрию.

В 1938 г. в Германии широко обсуждался так называемый «Мадагаскарский проект», в соответствии с которым предполагалось выселить 4 миллиона евреев из разных стран мира на Мадагаскар, создав там по соглашению с Францией что-то вроде резервации.

Другие «недочеловеки» обрекались Гиммлером на рабский труд или уничтожение. В этой же речи Гиммлер охарактеризовал заключенных в лагерях как «отребье, преступников и уродов». Он говорил, что, с одной стороны, необходимо «изгнать эти негативные элементы из рядов немецкого народа», а, с другой – «использовать их на благо нашего великого общества, например, для добычи камня или обжига кирпичей, дабы фюреру было из чего воздвигать свои величественные здания».

Расширение концентрационных лагерей, созданных впервые в 1933 г., продолжалось. В 1937 г. вблизи Веймара был создан лагерь Бухенвальд. Под Берлин-Ораниенбургом был учрежден лагерь Заксенхаузен. Захват Австрии Германией в марте 1938 г. сопровождался увеличением числа заключенных в концентрационных лагерях. Арестами руководили Гиммлер и Гейдрих, а также шеф СС Австрии с 1935 г. Эрнст Кальтенбруннер. Уже в первые недели после аншлюса только в Вене было арестовано 79 тысяч человек. Многие из них были направлены в Дахау и другие концентрационные лагеря в Германии. Одновременно по распоряжению Гиммлера на австрийской земле был создан концентрационный лагерь в Маутхаузене. Если до аншлюса в германских лагерях находилось около 20 тысяч заключенных, то к апрелю 1939 г. их было 280 тысяч.

В дальнейшем концлагерей стало более ста. Были созданы такие крупные лагеря как Гросс-Розен, Равенсбрюк (женский), Освенцим (Аушвиц), Майданек (возле Люблина), Натцвайлер, Берген-Бельзен. Р. Мэнвелл и Г. Френкель писали: «По оценке Когона, в период войны во всех лагерях содержалось одновременно около миллиона человек, причем число это колебалось в сторону уменьшения или увеличения по мере того, как машина истребления ускоряла или замедляла свою работу». Число погибших в концлагерях не было установлено точно; называли цифру в несколько миллионов.

В приговоре Международного военного трибунала приводился отрывок из донесения военной прокуратуры 3-й армии США, обследовавшей условия содержания заключенных в одном из таких концентрационных лагерей: «Фленсбургский концентрационный лагерь можно лучше всего описать как фабрику смерти. Хотя на первый взгляд основным назначением лагеря являлось использование массового рабского труда, он имел другое назначение – уничтожение людей путем применения специальных методов при обращении с заключенными. Голод и голодная смерть, садизм, плохая одежда, отсутствие медицинского обслуживания, болезни, избиения, виселицы, замораживание, вынужденные самоубийства, расстрелы и т. п.; преднамеренные убийства евреев были обычны; впрыскивание яда, расстрелы в затылок были ежедневными событиями; свирепствующие эпидемии брюшного и сыпного тифа, которым предоставляли неистовствовать, служили средством уничтожения заключенных; человеческая жизнь в этом лагере ничего не значила. Убийство стало обычным делом, настолько обычным, что несчастные жертвы просто приветствовали смерть, когда она наступала быстро».

В приговоре Международного военного трибунала говорилось: «В некоторых концентрационных лагерях были оборудованы газовые камеры для массового уничтожения заключенных и специальные крематории для сжигания трупов убитых. Некоторые из лагерей фактически использовались для уничтожения евреев, как один из методов «окончательного решения» еврейского вопроса. Большинство заключенных неевреев использовалось на работе, причем условия, при которых они работали, делали эту работу почти равносильной смерти. Тех заключенных, которые заболевали и не были в состоянии работать, либо уничтожали в газовых камерах, либо посылали в специальные изоляторы, где они не получали никакого медицинского обслуживания, а их пища была еще хуже, чем у работавших заключенных, и таким образом они были обречены на смерть».

Масштабы бесчеловечных пыток над заключенными расширялись в ходе проведения так называемых «экспериментов» над людьми, к которым подключился созданный при «Аненербе» по приказу Гиммлера институт практических исследований в военной науке. Его директор Зиверс писал в письме: «Рейхсфюрер СС хотел бы услышать от вас больше подробностей, касающихся начальной стадии ваших экспериментов с ипритом». Опыты включали нанесение на тело человека жидких отравляющих веществ, вызывавших ожоги и язвы, которые с каждым днем становились все больше. Гиммлер санкционировал проведение опытов по изучению состояния людей в камерах с низким давлением. Из 200 человек, подвергнутых этим «экспериментам», более 70 умерли.

13 апреля 1942 г. Гиммлер писал доктору Зигмунду Рашеру, руководителю этих «экспериментов»: «Последние открытия, сделанные в ходе ваших экспериментов, крайне меня заинтересовали… Опыты необходимо повторить на других людях, приговоренных к смерти… Учитывая, как долго работает сердце, условия проведения экспериментов следует модифицировать таким образом, чтобы выяснить, нельзя ли оживить этих людей. В случае успеха приговоренный, разумеется, должен быть помилован и отправлен в концентрационный лагерь для пожизненного заключения».

Считая, что его ученые могут помочь спасти немецких летчиков, попавших в холодное море, Гиммлер выдвинул идею согревания замерзшего человека теплотой человеческого тела, сославшись на случаи, о которых ему довелось слышать. В октябре 1942 г. Рашер приступил к подобным опытам. Испытуемых одевали в летную форму или раздевали догола, а затем погружали в ледяную воду на срок до полутора часов. Для согревания замерзшего мужчины чаще всего использовали цыганок. В ходе таких «опытов» погибло несколько десятков людей. Хотя Рашер в своем рапорте из Дахау сообщал, что замерзшие люди плохо поддавались оживлению, Гиммлер требовал продолжения «экспериментов». Одновременно он возмущался теми, кто критиковал деятельность Рашера: «Я рассматриваю как виновных в измене тех, кто даже сегодня отвергает эксперименты на людях, обрекая на смерть отважных немецких солдат».

По заданию Гиммлера проводились «эксперименты» по стерилизации с помощью рентгеновского облучения. Поскольку по приказу Гиммлера врачи заставляли пить морскую воду цыган, то рейхсфюрер приказал для сравнения внести в список подопытных «нормальных людей».

Уничтожение населения совершалось и вне концентрационных лагерей. В приговоре Международного военного трибунала говорилось: «Примерно за четыре недели до вторжения в Россию части специального назначения Зипо и СД, называемые эйнзатцгруппами, были созданы на основании приказа Гиммлера, и их назначение было следовать за германскими армиями в Россию, ведя борьбу с партизанами и членами групп сопротивления, а также уничтожая евреев и коммунистов-руководителей, а также другие группы населения. Вначале были созданы четыре таких эйзанцгруппы: одна из них действовала в Прибалтике, другая – на Московском направлении, третья – на Киевском и последняя – на юге России. Олендорф, бывший начальник III Управления РСХА, руководивший четвертой группой, заявил в своем письменном показании: