В министерстве Абакумова встретили хорошо: свой, начинал с рядовых должностей. За время пребывания на посту министра госбезопасности Абакумов существенно повысил возможности и силы МГБ, например, в его ведение перешли милиция, уголовный розыск, военизированная охрана. При этом было и достаточно серьезное «отсечение» — Абакумова лишили внешней разведки. Абакумов без колебаний принимал решения. Он докладывал материалы лично Сталину. По обыкновению, Абакумов устные резолюции Сталина сам записывал на прочитанных вождем бумагах. В деле была одна из таких записей: «Предложено арестовать Бежанова. Указание о том мною получено лично от т. Сталина 6.12.47».

Берия продолжал изучать досье на Абакумова. Хотя Абакумов имел только начальное образование, в его библиотеке было 1500 книг. Он завел в МГБ отличный оркестр и часто заказывал для себя классическую музыку. В ГУКР СМЕРШ Абакумова уважали. Основное внимание он уделял разыскной работе, знал ее хорошо, и велась она активно. Начальников управлений в центре и на фронтах жестко держал в руках, послаблений никому не давал. Резковат — это да, бывало по-всякому, а вот чванства за ним не замечалось. Наоборот, если случалось ему обидеть кого-то, он потом вызывал к себе в кабинет и отрабатывал назад. Абакумов никогда не кричал, не топал ногами или вообще не вел себя как-то непристойно. Бывало, улыбнется, когда увидит кого из сотрудников в коридоре. Абакумов мог неожиданно заглянуть к рядовому оперативнику, посмотреть, как тот ведет дело, проверить, сколь аккуратно подшиты бумаги.

Когда Абакумов стал раскапывать дело о трофейных ценностях, то 8 сентября 1946 года Серов, который был во время войны представителем НКВД на фронте и в грабежах не отставал от других, написал письмо Сталину о том, что «в тяжелые дни войны Абакумов выбирал девушек легкого поведения, водил их в гостиницу “Москва”». 9 апреля 1947 года только что назначенный первым заместителем министра внутренних дел Серов со своим шефом, главой МВД СССР Кругловым, направил записку Абакумову, где говорилось о безобразном поведении и грубости работников Главного управления охраны МГБ, одетых в милицейскую форму и расставленных на наружных постах на центральных, прилегающих к Кремлю улицах и правительственных трассах.

Тогда Абакумов взялся серьезно проверять Серова. 28 января 1948 года он сообщил Сталину: «Бежанов дал показания о том, что Серов присваивал ценности и переправлял их в СССР». Бежанов рассказал о захваченных людьми Серова в Рейхсбанке при штурме Берлина мешках с деньгами. Германские рейхсмарки были пущены Серовым якобы на «оперативные расходы». В этом же письме Абакумов просил санкции на арест бывших начальников оперсекторов Саксонии и Берлина генералов С.А. Клепова и А.М. Сиднева и, помимо них, М.А. Хренкова — адъютанта Серова с ноября 1942 по август 1947 года. Сталин санкцию дал. 24 февраля 1948 года Абакумов направил Сталину, Молотову и Кузнецову новое письмо, к которому приложил протокол допроса арестованного Хренкова. «Должен сказать, что Серов, будучи человеком, падким к чужому добру, начал заниматься присвоением ценностей и имущества еще в период нахождения его в Польше», — говорил на следствии Хренков. В городе Лодзе имущество из особняка немецкого гауляйтера Серов отправил в Москву — целый вагон. Сопровождали вагон жена Серова и Хренков с бумагой от Серова о бестаможенном пропуске. В особняке гроссадмирала Редера в Бабельсберге по приказанию Серова Хренков выломал мраморный камин. Камин установили на московской квартире Серова. Захваченные в подвале Рейхсбанка мешки с деньгами не были оприходованы, Серов и Сиднев бесконтрольно тратили их содержимое. Абакумов просил у Сталина санкцию на арест Л.С. Никитина, другого адъютанта Серова. Еще один сотрудник Серова, В.М. Тужлов, его секретарь, уже был арестован. Тужлов сообщил следствию много интересного о Серове: «В сентябре или октябре 1946 года, когда оперативные секторы МВД Германии передавались в ведение МГБ, Серов затребовал к себе от Сиднева все записи по расходу германских марок, и затем эти записи по его же указанию были сожжены». Абакумов сообщил Сталину, что арестованный Тужлов показывал, что «Жуков и Серов были большими друзьями, постоянно ездили на охоту», и сообщал, что Серов, посещая Дрезден, всегда «уезжал с полной машиной вещей» и что все изъятые у арестованных ценности (золото, бриллианты, валюта) направлялись лично ему. Усилия Абакумова, однако, результата не принесли — Серов остался при делах.

Вся ГДР кишела бывшими недобитыми гитлеровцами. Они грабили немецкий народ, воровали, прятались, находили подходы к заболевшим трофейной болезнью советским военным. «Следователи МГБ тоже не все конфискованное сдавали государству, кое-что оставляли себе», — подумал Берия, Абакумов их покрывал. Да и сам он, будучи начальником СМЕРШа и зная все ходы и выходы в Германии, явно руку приложил, и приклеилось к ней немало. Неспроста на даче Абакумова обнаружили столько барахла.

Берия сразу вспомнил тот случай, то заседание Политбюро, когда на основании довольно странного и сумбурного письма Рюмина была создана комиссия по расследованию неких преступлений Абакумова. Берия потом специально узнавал, что письмо Рюмину помогал писать секретаришка Маленкова Суханов. Тогда Булганин представил дело в Политбюро так, что будто бы Абакумов, как министр госбезопасности, прошляпил ситуацию в Корее и не смог узнать, как там обстояли дела. На самом деле летом 1950 года именно Булганин уверял всех, что это Ким божился, что на Юге все готово к народному восстанию против американцев и ситуацию нужно лишь чуть подтолкнуть.

Берия не забыл, что воровство и трофейная болезнь сыграли не последнюю роль в крахе Виктора Абакумова. В конце июня 1951 года Серов написал Сталину докладную о том, что Абакумов, как и в свое время маршал Жуков, погряз в воровстве и разврате. «Наверно, Абакумов не забыл, — кипя праведным гневом, писал Серов в своей докладной Сталину, — когда во время Отечественной войны в Москву прибыл эшелон из более 20 вагонов с трофейным имуществом, в числе которого ретивые подхалимы Абакумова из СМЕРШа прислали ему полный вагон, нагруженный имуществом, с надписью — “Абакумову”. Вероятно, Абакумов уже забыл, когда в Крыму еще лилась кровь солдат и офицеров Советской армии, освобождавших Севастополь, а его адъютант прилетел к начальнику контрразведки СМЕРШ и нагрузил полный самолет трофейного имущества. Пусть Абакумов расскажет в ЦК про свое трусливое поведение в тяжелое время войны, когда немцы находились под Москвой. Он ходил как мокрая курица, охал и вздыхал, что с ним будет, а делом не занимался. Пусть Абакумов откажется, как он в тяжелые дни войны ходил по городу, выбирал девушек легкого поведения и водил их в гостиницу “Москва”».

Грешки за Абакумовым водились давно. В свое время два члена Политбюро — Микоян и Косыгин — внесли предложение (под предлогом отсутствия необходимых ресурсов) о ликвидации спецторга, обеспечивавшего продуктами питания и товарами широкого потребления чекистские кадры. Против этого предложения очень резко возразил Абакумов. Тогда была создана комиссия для проверки работы спецторга. Ею были вскрыты существенные злоупотребления в спецторге. Директором центрального склада спецторга оказался человек, в прошлом привлекавшийся к уголовной ответственности за спекуляцию и снятый с должности начальника Казанского спецторга за мошенничество. Руководство же Московского областного спецторга расхитило продуктов и промышленных товаров на сумму свыше 2 миллионов рублей, за что начальник Мособлспецторга был осужден на 25 лет. Абакумов, в подчинении которого, наряду с номинальным подчинением Министерству торговли СССР, находился Спецторг, получил от Сталина первый строгий выговор с предупреждением.