Отношение Москвы к повстанцам менялось постепенно. На первом этапе, летом 1944 г. — весной 1945 г., когда большая часть оккупированных Германией территорий была уже освобождена, а Красная Армия ушла дальше на Запад, Москва не стала осмысливать ситуацию в Прибалтике, Кремль больше интересовали победоносное окончание войны и послевоенное устройство мира. Новые порядки на бывших оккупированных рейхом территориях вызывали раздражение у жителей. Действия властей не учитывали местной специфики, были стандартны: восстановление органов власти, подсчет ущерба, возвращение беженцев и т. д. Частью этого общего плана была «зачистка» освобожденных районов от остатков немецких воинских частей, диверсионных групп, а также репрессии в отношении бывших полицейских, охранников и других лиц, сотрудничавших с немцами. Решение этой задачи проходило по ведомству НКВД и НКГБ.

Перед освобождением Прибалтики руководство НКГБ СССР сочло необходимым уточнить механизм репрессий против местных коллаборационистов. Это было сделано в директиве об организации агентурно-оперативной работы на освобожденной территории прибалтийских республик, подписанной наркомом госбезопасности СССР В. Меркуловым 3 марта 1944 г. Этот документ, характеризующий видение советского руководства ситуации в Прибалтике, имеет смысл процитировать подробно:

«В целях правильной организации оперативно-чекистской работы при очистке освобождаемой территории Прибалтийских советских республик от вражеских агентов, ставленников и пособников немецко-фашистских захватчиков предлагаем руководствоваться следующим:

1. Немедленному аресту подлежат:

1) личный состав и агентура действовавших в Прибалтике разведывательных и контрразведывательных органов немцев: «Абверштелл-Остланд» в Риге, «Абвернебенштелле» — Таллин, так называемое «Бюро Целлариуса», морской и воздушной разведок (реферат «Марине» и «Люфт»); разведывательных и диверсионных школ в Лейтсе, Кейла-Юа, Мыза-Кумна, Вихула и др.;

2) командный, руководящий и оперативный состав созданных немцами полицейских батальонов, «полиции самоуправления» и полицейских школ;

3) руководящий состав тюрем, концентрационных лагерей, лагерей для советских военнопленных и лица, выполнявшие в них полицейские функции;

4) военные коменданты уездов, волостей и сельских общин;

5) прокуроры, следователи и члены военных судов, верховного трибунала, апелляционных плат, окружных судов;

6) руководящий состав рейхскомиссариата и созданных немцами органов центрального самоуправления: директора департаментов, основные референты и члены «Совета сельского хозяйства»;

7) руководители областных, окружных, уездных дум и управ, уполномоченные советников центрального самоуправления;

8) волостные, общинные начальники, бургомистры, активно содействовавшие немецким властям;

9) руководители крупных хозяйственных и административных организаций, созданных немцами («Ост-Банк», «Хозяйственная камера», «Викадо» и т. п.);

10) руководители центрального аппарата созданных немцами профсоюзов и бирж труда;

11) члены уездных (и выше) комитетов созданных немцами различных организаций по оказанию содействия оккупационным властям: «Союз взаимной помощи», «Союз трезвенников», «Спортивный совет физкультуры», «Союз юных крестьян», члены комитетов по оказанию помощи «солдатам, находящимся на восточном фронте, и семьям сосланных в Сибирь»;

12) редакторы газет, журналов и авторы антисоветских статей, опубликованных в печатных органах оккупационных властей;

13) организаторы, экскурсоводы и «активисты-агитаторы» различных антисоветских передвижных выставок и стендов;

14) руководящий состав и активные участники антисоветских националистических организаций: «Железный волк», «Вольдемаросовцы», «Вабс», «Тевияс-Сарге», «Перконкруст», «Шаулю-Саюнга», «Кайтселиит», «Айзсарги», отряды «самоохраны», «Единый фронт активистов», «Литовская национал-социалистическая партия», «Гитлер-Югенд», «Омакайтсе», «Таутининки», «Измаалит», «Крестьянский союз», «Партия центра», «Ляудининки», «Нео-Литуания», «Литува» и др.;

15) участники банд, организованных немцами в первые дни войны, проводившие боевые действия в тылу Красной Армии («Зеленые братья», «Батальон Эрна II», «Лесные братья» и др.);

16) члены немецких националистических организаций («Культурфербанд», «Маншафт», «Крафт-дурх-фрейде» и др.), а также немцы, записавшиеся в период репатриации на выезд в Германию, но впоследствии отказавшиеся выехать;

17) руководящий и административный аппарат созданных немцами еврейских гетто;

18) командный состав «Русской освободительной армии» (РОА), «Русских отрядов СС» и других формирований, созданных немцами из числа военнопленных;

19) офицеры (от командира взвода и выше) созданных немцами национальных прибалтийский частей, предназначенных для борьбы с Красной Армией»{631}.

О масштабах репрессий против коллаборантов в Эстонии можно судить по направленному в Государственный комитет обороны сообщению наркома госбезопасности СССР В. Меркулова от 14 ноября 1944 г: «За период работы на освобожденной территории Эстонии до 6-го ноября т.г органами НКГБ было арестовано всего 696 человек.

В результате пересмотра имеющихся разработок, усиления агентурной работы и следствия дополнительно за период с 6 по 14 ноября т.г. нами арестовано, по неполным данным, 420 человек (сведения о проведенных операциях в уездах еще полностью не получены).

Таким образом, на 14-е ноября арестовано всего 1116 человек, из них по гор. Таллину — 575 человек.

В числе арестованных: агентов разведывательных и контрразведывательных органов противника — 48 человек; официальных сотрудников разведывательных и контрразведывательных органов противника — 97 человек; участников эстонской националистической военно-фашистской организации «Омакайтсе» — 421 человек; предателей, немецких ставленников и пособников — 206 человек; разного антисоветского элемента — 344 человека»{632}.

Органами НКВД ЭССР с 1 октября по 31 декабря было задержано 356 лесных братьев, членов «Омакайтсе» и полицейских, 620 военнослужащих немецкой армии и 161 бывший красноармеец, сражавшихся на стороне немцев. Общую численность арестованных органами НКВД — НКГБ в Эстонии в 1944 г. можно определить примерно в 3,5 тыс. человек, около 2 тыс. (60%) из которых составили коллаборационисты{633}.

В октябре-декабре того же года отдел по борьбе с бандитизмом НКВД СССР провел несколько чекистско-войсковых операций на территории Эстонии, в результате которых были задержаны, 333 бандпособника, изъяты 712 винтовок, 28 автоматов, 45 пулеметов, 32 револьвера, 43 500 патронов{634}.

Накануне освобождения Латвии органы НКВД располагали информацией о 1895 агентах немецкой разведки, предателях и изменниках на территории республики{635}, однако эта информация не была окончательной.