В 1687 и 1689 годах икону брал с собой в Крымские походы фаворит правительницы царевны Софьи В. В. Голицын.

Так случается не часто, но внутри Донского монастыря в 1894 году между Большим и Малым соборами Донской Божией Матери был установлен четырехгранный обелиск, на котором изложена вся история монастыря. Старейший его храм – иначе Старый собор возведен в 1591–1593 годах. Одноглавый, бесстолпный (не имеющий внутренних опорных столбов), с крестовым сводом, он очень прост по декоративной обработке. И хотя в ней угадываются итальянские приемы, последние очень упрощены московскими строителями. В предреволюционные годы Старый собор служил трапезной. В конце XVII века к нему были пристроены два придела, соединенные с храмом-трапезной двумя столбами. Тогда же появилась и шатровая колокольня.

Настоящее внимание царского двора Донской монастырь приобретает только в годы правления царевны Софьи. С 1686 года начинают сооружаться каменные стены с двенадцатью башнями, которые будут закончены только в 1711 году. Это вклад дьяка Якова Аверкиева Кириллова, ведавшего лекарственным делом. Его палаты и двор, один из интереснейших памятников древнерусской архитектуры конца XVII века, поныне украшают Берсеневскую набережную рядом с бывшим Домом правительства. Монастырские стены выполнены в стиле так называемого московского барокко с характерными декоративными приемами, свидетельствующими о малороссийских веяниях. Особенно замысловатыми оказались завершения башен.

До сего дня не разгадана загадка Большого собора, построенного в 1684–1698 годах по обету старшей сводной сестры Петра I царевны Екатерины Алексеевны. Стесненные в средствах царевны редко решались на подобные траты, к тому же остается неизвестной и причина обета. Всегда интересовавшаяся архитектурой, особенно заботившаяся о внутренней отделке своих покоев в теремах, царевна Екатерина Алексеевна успевала подумать и о своих помещениях в Новодевичьем монастыре и – едва ли не главное для ее благополучия – никогда не раздражать Петра. Петр ни в чем не ограничивал старшую сестру, ни в чем ее не подозревал, охотно допускал ее жизнь в Петербурге.

В плане Большой собор имеет форму креста, середину которого представляет квадрат, а концы – апсиды. Благодаря такому решению зодчий получил возможность поместить четыре главы храма крестообразно, по странам света, что тоже свидетельствует о малороссийском влиянии. Из этих пяти глав, которыми увенчан собор, вызолочена только центральная, тогда как остальные покрыты ярью с медными позолоченными звездами.

В 1717 году собор был окружен крытой галереей со сводами и широкими двойными окнами. Впечатление монументальности храма в интерьере подчеркивается превосходным шестиярусным иконостасом конца XVII века, русской работы. Внутренняя роспись выполнена в 1782–1785 годах живописцем Антонио Клаудо по эскизам архитектора В. И. Баженова.

По окончании стены над северными воротами сооружается церковь Тихвинской Божией Матери, предположительно архитектором И. П. Зарудным (1713–1714), а с вступлением на престол Анны Иоанновны – колокольня над западными воротами (1730–1753), создание которой связывается с именами архитекторов Доменико Трезини, строителя Петропавловской крепости в Петербурге и одноименного собора в ней, И. И. Шеделя, известного по работам в Александро-Невской лавре, и московского зодчего А. П. Евлашева. Незадолго до Отечественной войны 12-го года в Донском монастыре строится выдержанная в стиле классицизма церковь Архангела Михаила (1806–1809), служившая усыпальницей князей Голицыных.

Одним из знаменательных событий в истории обители становится Чумной бунт 1771 года, когда разъяренная толпа убила прятавшегося от нее на хорах Большого собора епископа Амвросия. Все началось с площади у Варварских ворот Китай-города, где висела икона Боголюбской Божией Матери. Во время бушевавшей эпидемии, ежедневно уносившей сотни жизней, священнослужители спустили икону и ежечасно служили около нее молебны, причем верующие толпами прикладывались к святыне. Один из образованнейших людей своего времени епископ московский Амвросий (в миру Зертис-Каменский), богослов и духовный писатель, распорядился снова поднять икону, за что и подвергся нападкам народа. Его тело было растерзано (прах епископа покоится в Старом соборе). В память же об избавлении Москвы от чумы, в котором принял участие специально присланный императрицей Екатериной Григорий Орлов, установился обычай ежегодно 15 июня служить перед иконой благодарственные ночные молебны.

В 1812 году монастырь подвергся разграблению наполеоновскими войсками, но все его постройки уцелели, а наиболее ценное имущество было заблаговременно увезено в Вологду.

Но едва ли не самым интересным в истории монастыря стала связь с членами семьи царя Иоанна Алексеевича, главным образом его вдовы царицы Прасковьи Федоровны и дочерей, прежде всего царевны Прасковьи Иоанновны, младшей и самой строптивой. Средняя, Анна Иоанновна, первой покидает семью и Москву, выданная Петром I замуж за герцога Курляндского, старшая, любимица матери, Екатерина Иоанновна дождется своей судьбы спустя шесть лет, в 1716 году. Ее свадьбу с герцогом Мекленбургским с невероятной пышностью играют в Гданьске-Данциге в присутствии польского короля. Прасковья остается в Москве, а позднее в Петербурге и сама находит себе жениха – члена Военной коллегии, автора «Военного регламента» Ивана Ильича Дмитриева-Мамонова-старшего. Мало того, от этой связи рождается внебрачный ребенок и – что самое удивительное – Петр I после первой бешеной вспышки гнева дает молодым разрешение на «тихую» свадьбу. Новая семья продолжает жить при дворе.

В Донском монастыре, еще до замужества, Прасковья Иоанновна принимает участие в строительстве надвратной Тихвинской церкви, сама наблюдает за ходом работ вместе с «милетинской», как ее называли в Москве, – имеретинской царевной Дарьей Арчиловной. Одинаково не слишком богатые, обе царевны постоянно тратятся на обитель и их словно бы общую церковь.

Имеретия во второй половине XVII века. Все усиливающееся давление со стороны турецкого и персидского государств, грозившее потерей национальной независимости, а вместе с ней независимости религиозной и культурной. Вступив на престол в 1663 году, царь Арчил II находит злейшего врага в лице собственного брата – рвавшегося к власти Георгия. В начале 1680-х годов Арчил решает принести присягу русскому царю и со всем двором, семейством и свитой оставляет Имеретию.

Однако у правительства царевны Софьи иной взгляд, чем у только что скончавшегося Федора Алексеевича. Новых подданных задерживают в Астрахани, которая и предназначается для постоянного пребывания имеретинских выходцев. Арчил не чувствует себя здесь в безопасности и убеждает советников русского правительства по возможности оградить жизнь его наследников. Два старших царевича получают разрешение приехать в Москву. Александр Арчилович назначается в товарищи маленькому Петру. Так было легче следить за обоими отпрысками.

Дружба мальчиков, по-видимому, не вызывала опасений у самой Софьи, но все же на всякий случай она решает связать царственного грузина брачными узами со своей семьей. По ее выбору Александр Арчилович женится на дочери двоюродного брата правительницы, единственной наследнице незадолго до того умершего боярина И. М. Милославского. Близкий родственник первой супруги царя Алексея Михайловича был к тому же душой стрелецкого заговора против Нарышкиных. Центром подготовки заговора стала подмосковная вотчина Милославских – село Всесвятское. Теперь Всесвятское переходило в собственность Федосьи Ивановны, а с ее смертью в 1695 году стало московской резиденцией Александра Арчиловича. Иного дома в столице у него не было.