После того как Коротков установил прямой контакт со «Старшиной» и освободил «Корсиканца» от необходимости служить в качестве связного, работа обоих источников разведки стала более эффективной. Через «Старшину» Коротков установил контакт с писателем-антифашистом Адамом Кукхофом (оперативный псевдоним — «Старик»), Через двоюродного брата «Корсиканца» он установил связь с тайной оппозиционной социал-демократической организацией во главе с бывшим мэром Лейпцига Карлом Гердлером и Адольфом Гримме. Членом подпольного кружка этой организации являлся шеф берлинской полиции граф Вольф фон Гельдорф, собравший досье компромата на нацистское руководство.

Во второй командировке в Берлин Коротков находился вместе с женой, также разведчицей, Марией Вильковысской. Она вместе с родителями, сотрудниками советского торгпредства, с 1922 по 1931 год проживала в Германии и блестяще овладела немецким языком. Работать им пришлось в весьма тяжелых условиях, так как связь с ценными источниками информации была нарушена. А резидент Кобулов свято помнил наказ наркома о том, что Сталин войны с Германией не хочет, поэтому всякие слухи о ней следует считать провокацией.

Разведчик Коротков одним из первых понял ее неизбежность. Поскольку резидент Кобулов, к которому гестапо сумело подвести провокатора «Лицеиста», уверявшего, что Гитлер свято блюдет договор о ненападении, не хотел и слышать о скорой войне, Коротков в марте 1941 года обращается с личным письмом на имя Берии. Ссылаясь на информацию «Корсиканца», он пишет о подготовке немцами военного выступления против СССР весной этого года. Разведчик подробно аргументирует свои выводы, перечисляя военные приготовления Германии, и просит Центр перепроверить эту информацию через другие источники:

«Тов. Павлу — лично.

В процессе работы с «Корсиканцем» от него получен ряд данных, говорящих о подготовке немцами военного выступления против Сов. Союза на весну текущего года… Знакомый «Корсиканца» X., имеющий связи в военных кругах, заявил ему, что подготовка удара против СССР стала очевидностью. Об этом свидетельствует расположение концентрированных на нашей границе немецких войск… Упомянутый источник недавно заявил, что выступление против Советского Союза является решенным вопросом.

Насколько мне известно, по линии военных соседей от одного их агента поступили сведения, которые чуть ли не буква в букву совпадают с данными «Корсиканца» о том, что немцы планируют выступить в мае против СССР и отторгнуть территорию западнее линии Ленинград — Одесса… Гитлер заявил, что скоро Сов. Союз может стать слишком сильным.

…В моих глазах «Корсиканец» заслуживает полного доверия и мне кажется, что данные о том, что немцы с полной серьезностью рассматривают вопрос о нападении в скором времени на Сов. Союз, полностью соответствуют действительности.

Ввиду того, что время не терпит, прошу дать указание о телеграфном сообщении Вашего решения».

Поскольку из Москвы не последовало никакой реакции, спустя месяц он инициирует письмо берлинской резидентуры в Центр с предложением немедленно приступить к подготовке падежных агентов к самостоятельной связи с Центром на случай войны. С согласия Москвы Коротков передает радиоаппаратуру группе немецких антифашистов в Берлине, возглавляемой доктором Ар-видом Харнаком и Харо Шульце-Бойзеном.

Первая пробная радиопередача «Корсиканца» была получена в Москве незадолго до нацистского нашествия и подтверждала близость войны. В дальнейшем, вплоть до ареста в августе 1942 года, он регулярно направлял в Центр телеграммы, которые, однако, не достигали цели, поскольку приемный центр в районе Минска прервал работу через неделю после начала войны и был перебазировал в Казань.

17 июня в Москву поступила телеграмма, составленная Коротковым на основе информации, полученной от «Старшины» и «Корсиканца». В подготовленном затем спецсообщении для Сталина говорилось:

«Все военные приготовления Германии по подготовке вооруженного выступления против СССР полностью закончены и удара можно ожидать в любое время».

В тот же день нарком госбезопасности В.Н. Меркулов и начальник внешней разведки П.М. Фитин были приняты И.В. Сталиным, которому они доложили спецсообщенис из Берлина. Сталин поинтересовался, от кого получена информация и насколько можно доверять источникам. Нарком молчал: ему было известно мнение кремлевского хозяина о том, что войну удастся предотвратить. П.М. Фитин ответил, что «Старшине» и «Корсиканцу» можно вполне доверять. На это замечание Сталин запальчиво возразил, что в Германии можно верить только одному человеку — Вильгельму Пику, — и приказал тщательно перепроверить всю поступающую из Берлина информацию о близящемся нападении Германии на СССР.

За три дня до нападения Германии на СССР работник резидентуры внешней разведки в Берлине Борис Журавлев встретился с другим ценным агентом, сотрудником гестапо Вилли Леманом, более известным под псевдонимом «Брайтенбах». Он являлся начальником отдела гестапо по борьбе с коммунистической угрозой. Именно от него поступала важнейшая контрразведывательная информация, позволявшая избегать провалов в работе. В свое время «Брайтенбах» также передал информацию о работе немецких инженеров над ракетным оружием, получившим впоследствии название «Фау-1». На этой встрече взволнованный агент, ненавидевший нацизм и сознательно пошедший на сотрудничество с советской разведкой, сообщил, что война начнется через три дня. Журавлев впоследствии вспоминал, что он не помнил, как добрался до посольства, настолько он был оглушен этой новостью. Резидент «Захар» (Л. Кобулов), которому была доложена эта информация, совершенно потерял голову от страха. Вопреки тому, что он писал в Центр, война стучится в дверь, и Сталин не простит ему дезинформации. Оп беспомощно повторял: «Я так и знал, что этот подлец Гитлер всех обманет». В Москву ушла срочная телеграмма, ответа на которую так и не последовало: началась война.

Войну Коротков встретил в логове нацистского зверя, в Берлине. Подвергаясь серьезной опасности, он сумел выйти из советского посольства, заблокированного гестапо, и дважды — 22 и 24 июня — конспиративно встретиться с «Корсиканцем» и «Старшиной», передать им уточненные инструкции по использованию радиошифров, деньги на ведение антифашистской борьбы и высказать рекомендации относительно развертывания активного сопротивления нацистскому режиму.

Прибыв в Москву в июле 1941 года транзитом через Болгарию и Турцию с эшелоном советских дипломатов и специалистов из Германии, Финляндии и других стран, оккупированных нацистами, Коротков был назначен начальником германского отдела внешней разведки, который занимался ведением разведки не только в самой Германии, но и в оккупированных ею европейских странах. При непосредственном участии Короткова была создана специальная разведывательная школа для заброски в глубокий германский тыл нелегальных разведчиков. Возглавляя отдел, он одновременно был и одним из преподавателей этой школы, обучавших курсантов разведывательному мастерству. Во время войны Л.М. Коротков неоднократно вылетал на фронт. Там, переодетый в немецкую форму, он под видом военнопленного вступал в камерах заключения в разговоры с пленными офицерами вермахта. В ходе этих бесед ему нередко удавалось получать важную информацию.