Однако пока Чухнину удавалось контролировать ситуацию на Черноморском флоте. Где уговорами, а где силой вице-адмирал сдерживал натиск революционного движения. А потому Чухнину, честно говоря, было не до своего старого соплавателя, тем более что ничего приятного вспомнить о совместной службе было нельзя. Однако он и здесь идёт навстречу всем пожеланием дяди-сенатора. По прибытии в Севастополь Шмидт перво-наперво проходит медицинское обследование в местном военно-морском госпитале. Вот заключение медицинской комиссии: «Лейтенант Шмидт страдает тяжёлым простатитом почечных колик с воспалением почечных лоханок, что обостряется в холодном и сыром климате. По характеру болезни нуждается в пребывании в тёплом климате». Вот тебе и раз! То Шмидту была вредна тропическая жара, теперь ему, наоборот, никак нельзя служить даже на вечно сырой Балтике! Кто прав: врачи Второй эскадры или Севастопольского госпиталя? К этому вопросу мы ещё вернёмся в своё время.

Уже в мае, едва прибыв в Севастополь, П.П. Шмидт в единственном числе объявил о создании некого «Союза офицеров — друзей народа», куда входил он один. От имени этого мифического «союза» он написал и разослал по кораблям и частям воззвание «К офицерам Черноморского флота» следующего содержания: «Господа офицеры Черноморского флота! Вы не можете не знать о том, что происходит. Правительство, навязавшее стране неслыханно позорную войну, продолжает душить свой народ, стремящийся сбросить цепи тысячелетнего рабства. Оно безжалостно и неуклонно ведёт страну к небывалой катастрофе. Многое зависит от нас в завязавшейся кровавой борьбе. Как русские люди, вы не можете желать зла своему народу, желать видеть его несчастным и порабощённым. Ваше Отечество, ваша совесть, ваше высокое звание зовут вас исполнить свой офицерский долг. Грядущие поколения будут судить вас, ибо велики права ваши и священны ваши обязанности. Офицеры славного Черноморского флота! Составляйте петиции на Высочайшее имя! Просите, умоляйте, требуйте у Государя Императора дарование действительных конституционных гарантий, давно составляющих неотъемлемую собственность всех культурных народов. Составляйте петиции, организуйтесь и присоединяйтесь к нам».

Любопытно, что своё воззвание он подписать побоялся, так и отправив анонимно. Результат получился соответствующий.

В те дни Шмидт заявлял в узком кругу: «Если благодаря воззванию откроются глаза хотя бы у одного офицера, я и тогда буду считать свою задачу выполненной». Увы, на пустословное воззвание Шмидта так никто и не откликнулся. После этого всякий интерес к своим сотоварищам он потерял.

Чтобы больному Шмидту было как можно легче служить, Чухнин назначает его командиром небольшого номерного миноносца № 262, который базировался в провинциальном Измаиле. Измаил далеко от Севастополя, а тем более от театра боевых действий. Там тихо и спокойно, и Шмидт прекрасно может дождаться в Измаиле окончания войны, чтобы снова вернуться на коммерческий флот. Отметим, что консилиум врачей Второй Тихоокеанской эскадры признал нашего героя годным лишь к береговой службе. Однако вопреки заключению медиков его всё же назначают на боевой корабль. Почему? Совершенно ясно, что без согласия самого Шмидта такое назначение никогда не могло бы состояться. Однако Шмидт согласился. Как увидим позднее, основания для такого согласия у него скорее всего были весьма веские.

13 июня Пётр Шмидт с сыном Евгением с Приморского бульвара Севастополя наблюдали уход броненосца «Князь Потёмкин-Таврический» в учебное плавание к Тендровской косе, где два дня спустя произойдут трагические события. Среди одесситов и севастопольцев ходили слухи, что этими событиями руководил не кто иной, как лейтенант Шмидт. Слухи странные, если Шмидт до той поры был честным службистом. Однако если он уже тогда налаживал контакты с одесскими революционерами, то тогда данные слухи, имели под собой вполне реальную почву.

В то время на Измаиле базировалось сразу два миноносца № 262 и № 253, в задачу которых входила охрана российских промыслов на Дунае. Так как особенно на наши промыслы никто не посягал, служба на миноносках в Измаиле была настоящей синекурой. При этом Шмидт, как старший по возрасту из двух командиров (многие однокашники Шмидта к этому времени давно были уже капитанами 2-го ранга), назначается одновременно внештатным начальником этого маленького отряда. При этом вначале 75 суток Шмидт числится командиром № 262, а потом 98 суток, вплоть до указа о своём увольнении, командиром миноноски № 253. Здесь необходимо отметить, что, несмотря на непосредственное неучастие в боевых действиях, Черноморский флот всё же находился в состоянии повышенной боеготовности как флот воюющей страны, что подразумевало под собой постоянное нахождение на борту экипажей и готовность кораблей к выходу в море.

Биограф «красного лейтенанта» пишет: «В Черноморском флоте П.П. Шмидт выделялся как инициативный командир. Во время манёвров был такой случай. Командующий минным отрядом принял решение атаковать главные силы „неприятеля“. Миноносец „№ 253“ уклонился к болгарскому берегу. Здесь Шмидт распорядился замаскировать его: трубы накрыли брезентом и поставили паруса. Днём появились главные силы „противника“ и не заметили миноносца, который шёл вслед за ними. Когда же стемнело, Шмидт произвёл весьма удачную торпедную атаку, за что получил благодарность от адмирала. Стремление вложить душу в порученное дело — отличительная черта П.П. Шмидта. Постоянно и упорно работая над собой, он всегда старался применить полученные знания к практике».

Вполне возможно, что Шмидт действительно закрыл трубы брезентом и обманул командира Черноморской эскадры. Хотя куда больше было бы толку, если бы он таким образом обманул Того или Камимуру на настоящей, а не на учебной войне.

И ещё одна весьма большая особенность нахождения Шмидта в Измаиле. Будучи начальником отряда, Шмидт был в значительной мере автономен от далёкого Севастопольского начальства, а потому мог сам распоряжаться своим временем. Учитывая же его предыдущее проживание в Одессе, контакты с тамошними демократами и близкое расстояние между городами, нет никаких сомнений, что лейтенант наведывался туда весьма часто. Это тем более вероятно, что военной службой Шмидт к тому времени уже явно не жил, а лишь с нетерпением дожидался своего увольнения в запас.

В ночь с 17 на 18 июля в людных местах Измаила нашли кем-то разбросанные гектографированные прокламации «К русскому народу», призывающие к свержению царского правительства. Жандармы приписали это гимназистам и студентам, но впоследствии ряд историков стал утверждать, что листовки написал и размножил П.П. Шмидт, оставаясь при этом вне подозрений. Сопоставление воззвания с эпистолярным наследием Шмидта позволяет ряду историков считать именно его автором листовки. В Измаиле Шмидт пробыл почти два месяца. Результатом его работы среди матросов было то, что два его питомца стали активными участниками Севастопольского вооружённого восстания в ноябре 1905 года: Андрей Колесников и социал-демократ Константин Петров, выстрелами которого это восстание, собственно, и началось. Эти два матроса были боевиками Шмидта, остальные матросы миноносцев оказались весьма индифферентны к экзальтированным выступлениям своего командира.