Однако уже в октябре 1941 года Государственный Комитет Обороны, учитывая наличие в стране крупной специализированной организации, Главсевморпути, и большой опыт, накопленный отечественными полярниками, изменил первоначальное решение. 15 октября начальника Главсевморпути И. Д. Папанина вызвали в Кремль. И. В. Сталин охарактеризовал сложившуюся ситуацию так: «Архангельский порт имеет сейчас и будет иметь в ближайшем будущем особо важное значение. Это на западе самый близкий к линии фронта свободный морской порт». В этот же день было принято решение о назначении И. Д. Папанина уполномоченным Государственного Комитета Обороны по перевозкам на Севере. Ему было присвоено воинское морское звание — контр-адмирал, и поэтому создалась двойственная ситуация при видимой самостоятельности — уполномоченный ГКО по званию подчинялся командующему Северным флотом вице-адмиралу А. Г. Головко и, конечно, наркому ВМФ адмиралу Н. Г. Кузнецову. Без поддержки и помощи ВМФ контр-адмирал И. Д. Папанин не мог принять ни одного важного решения.

17 октября 1941 года Иван Дмитриевич Папанин прибыл в поморскую столицу. Для штаба уполномоченного ГКО было выделено специальное помещение, оборудованное всеми средствами связи. С помощью местных партийных, советских и военных властей был укомплектован штаб, в который вошли 26 человек. Кабинет под номером 84 в Доме Советов стал известен отныне многим северянам и военным морякам.

А еще раньше в Архангельск стали прибывать первые иностранные суда. 29 августа на рейде Северодвинского плавучего маяка встали пассажирский лайнер «Импресс оф Канада» и сопровождавшие его английский крейсер «Нигерия» и три эсминца. На пассажирском судне прибыли советские, норвежские рабочие и служащие, вывезенные с угольных рудников Шпицбергена, которых пересадили на два наших судна, а лайнер принял на борт двести французов-де-голлевцев, которые уезжали в Англию.

Северный морской коридор в годы войны обслуживали около 800 транспортных судов и десятки боевых кораблей под флагами двенадцати стран: США, Великобритании, Франции, Норвегии, Польши и других, а также весь советский Северный военный и транспортный флот.

31 августа на рейде Архангельска появился первый морской караван союзников — шесть английских транспортов с боевым сопровождением. Они доставили в порт на Двине оборонные грузы, включая самолеты «Харрикейн». В английском адмиралтействе операция по проводке этого каравана получила наименование «Дервиш», позднее самому конвою присвоят литер PQ-0, а проследовавшему в обратном направлении — QP-0. Этот код произошел от инициалов офицера оперативного управления британского адмиралтейства, ведавшего проводкой конвоев в СССР, которого звали P. Q. Edwards.

Общее руководство обслуживанием иностранных судов было возложено тогда на заместителя начальника торгового порта Г. И. Дикого. После разгрузки судов сразу началась сборка самолетов на аэродроме Кегостров напротив Архангельска. Трудности были большие: из-за отсутствия сложного сборочного инструмента его пришлось в срочном порядке изготовлять на архангельских заводах.

В ходе разгрузки первого каравана союзников выяснились недостаточные возможности архангельского порта. Государственный Комитет Обороны в решении от 7 сентября 1941 года наметил широкую программу строительных работ в порту. Из Ленинградского, Владивостокского, Мурманского, Печорского и других портов Архангельску было передано около 30 различных кранов, сотни автомобилей и много другой строительной и разгрузочной техники. Для нужд порта выделялись рельсы, лес и другие строительные материалы. Только в портах Бакарица и Экономия началось строительство восьми причалов, закрытых складов площадью пять тысяч квадратных метров и подъездных путей к этим сооружениям.

Начальник Архангельского порта Я. Л. Бейлинсон получил в свое распоряжение три военизированные рабочие колонны, насчитывавшие три тысячи грузчиков. Был полностью реконструирован погрузочный район в Молотовске (Северодвинске). «Аванучасток» Экономия превратился в новый порт с большим количеством причалов и складов, с соответствующими океанским пароходам глубинами.

В конце октября 1941 года нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов был вызван в Кремль к Сталину. «Вам нужно спешно отправиться на Северный флот», — начал Верховный главнокомандующий и пояснил, что он не уверен, все ли там подготовлено для встречи конвоев союзников. На следующий день адмирал Кузнецов выехал в Архангельск, куда уже шли первые транспорты с военными грузами из США и Англии. С командующим Северным флотом А. Г. Головко уточнили, какие выделить силы в помощь английским кораблям сопровождения, определили и порядок взаимодействия с англичанами. Адмиралу Н. Г. Кузнецову очень пригодилась испанская практика организации конвойных проводок. Нарком ВМФ был удовлетворен деятельностью командующего Беломорской флотилией контр-адмирала М. М. Долинина, основной заботой которого стала подготовка к проводке и разгрузке транспортов с грузами в зимних условиях. Командующий флотилией распорядился срочно отремонтировать все наличные ледоколы, вооружить их и подготовить для военных операций.

Еще ранее, 10 октября 1941 года, совместным приказом народного комиссара Военно-морского флота СССР адмирала Н. Г. Кузнецова и начальника Главного управления Северного морского пути при СНК СССР И. Д. Папанина было создано Управление беломорскими ледовыми операциями (УБЛО) с постоянным местом пребывания в Архангельске. Управление возглавил известный ледовый капитан, Герой Советского Союза капитан 2-го ранга М. П. Белоусов.

В первых числах ноября на Северной Двине появился первый лед — предвестник суровой полярной зимы. «В те дни, — писал позднее адмирал Н. Г. Кузнецов, — мы обсуждали, как долго смогут транспорты проходить до Бакарицы, что немного выше Архангельска, или до Северодвинска, когда и в какое время до начала ледостава можно использовать аванпорт Экономия. Мне вспомнились далекие годы Первой мировой войны. Тогда, в летние месяцы, иностранные суда теснились на Двине, ожидая разгрузки. Зимой они добирались только до устья реки. Там, на Экономии, грузы перегружали в вагоны и доставляли на станцию Бакарица. Для этого через реку по льду проложили времянку и вагоны вручную перекатывали с одного берега на другой». История с перевозкой военных грузов вновь повторилась в годы Великой Отечественной войны. В конце 1941 года была построена сорокакилометровая железнодорожная колея от Экономии до Жаровихи на правом берегу. Здесь она упиралась в Северную Двину.

…В кабинете заведующего отделом водного транспорта Архангельского обкома ВКП(б) К. К. Кострова собрались портовики, железнодорожники, военные. Обсуждался вопрос о строительстве ледовой переправы. Положение было сложным — толщина льда едва достигала 65 сантиметров. На помощь в создании надежной дороги были призваны ученые-гидрографы Н. Н. Зубов, М. М. Сомов и архангельский специалист по портостроительству Г. Я. Наливайко. (Профессору Н. Н. Зубову позднее было присвоено воинское звание контр-адмирал-инженер.) Их расчеты показали: единственный выход — искусственным путем наморозить лед. Для этой необычайной операции была мобилизована большая часть пожарных помп города.

Строительство ледовой переправы в зиму 1941/42 года еще шло, а через реку уже переправлялись танки. Их путь был сложен: по неокрепшему льду скользил легкий трактор, за ним на длинном тросе двигались широкие деревянные сани, на которых стояла грозная машина. А вскоре в строй вступила и ледовая переправа. Первый мотовоз вел машинист Вениамин Малючин с помощником Василием Поповым. На отдельных участках лед прогибался, трещал, из мелких трещин выступала вода. Здесь же стояли И. Д. Папанин, Г. Я. Наливайко и В. Б. Витоженц — они подбадривали железнодорожников. После этого испытания военные грузы стали бесперебойно поступать на железнодорожную станцию Исакогорка, оттуда шли прямо на фронт. Ледовая переправа действовала и следующей зимой, а вот теплая зима 1943/44 года нарушила все планы. Толщина льда не позволяла проложить железнодорожный путь по Северной Двине.