В 1590 году, в царствование царя Феодора Иоанновича, шведами был сожжен старый Печенгский монастырь. Неподалеку от обители, там, где был погребен преподобный Трифон, находился скит, при котором жили иеромонах Иона и один из монастырских служебников. Шведы сожгли храм Успения, стоявший над мощами преподобного, замучили монаха Иону и скитского служебника. Семь дней они таились, не смея напасть на монастырь. Но в самый праздник Рождества Христова, когда заканчивалась литургия, внезапно появились на территории обители. Сначала убили всех бывших вне церкви, потом ворвались в храм. Здесь сщи предали мучительной смерти всех монахов и служебников, особенно мучили игумена Гурия и диакона, добиваясь от них монастырской казны. После кровавой расправы шведы подожгли обитель. Когда монахи, отсутствовавшие в монастыре по разным делам, вернулись на пепелище, они собрали остатки обгорелых тел, отслужили панихиду и погребли с честью погибших иноков. В то Рождество погибло 54 монаха и 65 трудников. Вновь строить монастырь на этом месте было опасно, так как Россия находилась в состоянии постоянной войны со Швецией. Иноки написали письмо царю Феодору Иоанновичу, и тот повелел поставить монастырь в крепости города Кола (РНБ. Сол. № 188/ 188.Л. 21–21 об.).

В Смутное время, когда почти вся Русская земля находилась под властью поляков и литовцев, Троице-Сергиев, Кирилло-Белозерский и Соловецкий монастыри оставались едва ли не единственными очагами сопротивления иноземцам, символами национальной независимости страны. Мудрая политика соловецкого игумена — преподобного Антония спасла не только Соловецкий монастырь, но и все русское Поморье от вторжения шведов. Антонию пришлось быть игуменом в 1605–1613 годах, когда вокруг Соловков сложилась чрезвычайно непростая дипломатическая и военная ситуация. Русский царь Василий Шуйский просил шведского короля Карла IX помочь ему в борьбе с поляками. Карл помогать, конечно, не собирался, но решил воспользоваться удобным случаем. Ссылаясь на просьбу царя, он написал игумену Антонию письмо, в котором спрашивал, готов ли Соловецкий монастырь принять помощь и впустить шведские войска. Но игумен молчал. В 1610 году царь Василий был низложен и увезен в Польшу. Тогда Антоний написал Карлу IX, что ни он, ни вся Русская земля не желают иметь дела с иностранцами, а выберут себе царя из бояр Московского государства, и отказался сдать шведам Сумский острог. В 1612 году шведские войска окружили беломорские острова Кузова, но, простояв здесь все лето, так и не решились напасть на обитель и покинули Белое море (Досифей. Т. 1. С. 97–107,114–115,120–121). В последующие годы Соловецкая обитель продолжала нести свою пограничную службу. Иноки монастыря, подобно настоящим воинам, всегда находились в состоянии повышенной боевой готовности. Как говорил царь Алексей Михайлович, они «были бесстрашны и надежны». В 1646 году царь предупреждал в своей грамоте соловецкого игумена остерегаться внезапных нападений шведов. Монахи должны были заблаговременно запастись продуктами «с большой прибавкою» на случай продолжительной осады, жить «неоплошно», вести тщательную разведку, чтобы шведы внезапно не появились под стенами обители и Сумской крепости, корабли и вооружение стрельцов содержать в порядке (Досифей. Т. 3. С. 143).

В годы польской интервенции около шести лет держал оборону Кирилло-Белозерский монастырь. После неудачной осады Троицкого монастыря отряды поляков, литовцев, казаков и других «воровских людей» двинулись дальше на север и 20 августа 1612 году подошли к Кирилловой обители. Они сожгли все монастырские дворы и хлебные амбары, находившиеся за стенами, но сам монастырь не тронули. Тогда погиб почти весь хлебный запас — 2140 четей, был угнан и посечен монастырский скот — 145 кобылиц, 98 служивых лошадей и 52 жеребчика. В декабре того же года шайки пана Бобовского опять появились под стенами обители и попытались взять монастырь, но атака была отбита. Следующий приступ, в ночь на 11 декабря, которым командовал пан Песоцкий, тоже был безуспешен. Уходя от Кириллова после гибели Песоцкого, поляки будто бы говорили: «Не устояла-де от нас Москва и Великий Новгород и иные многие городы, а Кириллову-де монастырю от нас не устояти» (Никольский. Т. 1. Вып. 1. С. 55). Но «великая государева крепость» устояла. До 1618 года Кириллов монастырь жил в ожидании внезапного нападения. Поляки возвращались не раз в тщетной надежде взять обитель, манившую их множеством богатств, но вынуждены были признать: «К Кириллову монастырю мы зимусь (то есть в декабре 1612 года. — Е.Р.) и летось (в 1613 году. — Е.Р.) приступали и лесницами, да Бог их помиловал» (Там же. С. 57).

Урон, нанесенный монастырю, был огромен. По подсчетам Н. К. Никольского, погибло больше половины населения монастырской вотчины, требовали серьезного ремонта стены и постройки монастыря. Сообщая об убытках, кирилловская братия писала, что за годы литовского разорения в разных городах и промыслах погибло 14 875 рублей 12 алтын с деньгою монастырской казны; сумма по тем временам — грандиозная. Кроме того, погибло множество монахов и слуг, находившихся на монастырских службах за стенами обители. На соляном промысле в Зозотице литовские люди замучили старца Гедеона и пятерых слуг, также были замучены люди на промыслах в Лалеце, Турчасове и других местах. В результате доходные соляные промыслы обезлюдели и пришли в полный упадок. В былые времена с Холмогор привозили по шесть тысяч соляных денег, жаловалась братия, а после разорения в монастырь стало поступать только по тысяче рублей, а то и меньше, и «от того монастырь оскудел, что в казны… приходит мало» (Никольский. Т. 1. Вып. 1. С. LXXXIV–LXXXV).

Малым обителям, которые не могли надеяться на мощь своих стен, приходилось избирать иную тактику. Мудрая предусмотрительность преподобного Адриана Монзенского позволила спасти братию от погибели, а монастырь от разорения. Однажды к преподобному Адриану пришли вестники из Галича, они сообщили, что посады Галича уже разграблены и литовцы на пути к монастырю. Тогда игумен Адриан повелел построить в лесу, на расстоянии одного поприща от монастыря, небольшую клеть, в которой спрятал монастырский хлеб и имущество. Сам игумен и братия ушли в лес. Вскоре пришли литовцы, но нашли монастырь пустым. Два дня и две ночи они пробыли в обители, потоптали засеянные поля и, оставив огонь в монастыре, чтобы он сгорел, покинули его. Вернувшаяся братия нашла свою обитель в ужасающем беспорядке, по двору валялись котлы и другие сосуды, которые нельзя было увезти, конюшня была пустой. Но, главное, монастырь был цел, огонь не причинил ему никакого вреда, и даже два коня, на радость братии, скоро прибежали из леса. Осмотрев монастырь, иноки направились к заветной лесной клети, но по дороге натерпелись немало страха: вся тропинка до клети была истоптана людьми и копытами коней. Каковы же были радость и изумление братии, когда они увидели клеть и ее замки неповрежденными. Молитвами братии и ее святых основателей обитель была спасена от разорения и голода.

Постоянными спутниками монастырской жизни были пожары. Часто случалось так, что монастыри выгорали дотла: огонь уничтожал постройки, иконы, рукописи, документы. Поэтому мы мало что знаем о начальной поре существования обителей и о жизни их основателей. В 1596 году в монастыре преподобного Арсения Комельского сгорела теплая (зимняя) церковь, освященная когда-то самим преподобным. Вместе с книгами сгорело и древнее Житие святого, только в монастырской дохее (кладовой) сохранилась «малая хартия» (небольшая грамота), на которой был записан краткий рассказ о преподобном Арсении. Монастырь Антония Сийского несколько раз исчезал в огне пожара, но всегда его восстанавливали заново. Однажды после сильного пожара, во время которого в обители сгорели две церкви, случилось удивительное: икону Троицы, которую написал сам святой Антоний, нашли посреди монастыря, неповрежденную огнем. В летописце монастыря подробно перечисляются пожары разных лет, потери, приводятся сметы расходов на возобновление обители. 2 мая 1658 года, в воскресенье, один из иноков, совершая службу часов в своей келье, решил покадить святые иконы и случайно выронил уголь. Загорелась келья, за ней вторая, с молниеносной скоростью огонь стал распространяться по направлению к Святым воротам обители. Сгорела деревянная колокольня, а колокола на ней «растопилися», загорелись кровли у каменных церквей, в соборной церкви сгорели все иконы. И паникадила «растопились». К счастью, уцелела казенная палата со всем добром: «пламень и уголья летало в окна с огнем и тамо погасло». В трапезной сгорели окна, а деревянная келарская выгорела вся. Во время этого страшного пожара монахи стали свидетелями необычного явления. Смоленская икона Пресвятой Богородицы осталась невредимой: «Той же пречюдной иконы ни воня дымная прикоснуся, ниже левкас зде спыхнул, якоже у прочих, ни пелена» (Рыжова. С. 136–137). Расплавилась только свеча перед чудотворным образом.