Отчаянное сопротивление эльтигенцев и мощная поддержка авиации не дали противнику добиться быстрого успеха. Первое время большую помощь оказывала артгруппа Малахова с таманского берега, но затем у нее начались перебои с боеприпасами. До полудня 6 декабря наступление развивалось медленно, и командующий 17-й армией предупредил, что не сможет больше выделять столько боеприпасов для артиллерии. Это означало бы свертывание операции. Однако ситуация с боеприпасами в Эльтигене была еще хуже. Попытки 3-й группы высадки прорваться к плацдарму в ночи на 5 и на 6 декабря закончились потерей трех единиц и прорывом одного бота, который доставил 4,2 т боеприпасов – слишком мало, чтобы успешно продолжать борьбу. С полудня 6 декабря противник отметил резкое ослабление сопротивления. К вечеру плацдарм сжался до небольшого пятачка. В соответствии с ранее полученным приказом Петрова полковник Гладков повел всех способных ходить (около 2,5 тыс. человек) на прорыв, вынужденно оставив лежачих раненых. Тем же вечером Холостяков получил от Петрова невыполнимый приказ эвакуировать защитников Эльтигена. Из 13 находившихся в строю катеров и ботов только один бот ПВО смог вывезти 29 человек, с боем прорвавшись через блокадные дозоры. В боях несколько катеров получили повреждения и один погиб. Утром 7 декабря катера подобрали в проливе 125 десантников, пытавшихся пересечь пролив на подручных средствах, при этом немецкие истребители расстреляли один катер.

130-мм орудие 3-й батареи немецкого 613-го дивизиона береговой артиллерии на мысе Ак-Бурну. Снимок сделан после захвата батареи в апреле 1944 г.

Пройдя по тылам противника, группа Гладкова утром 7 декабря взяла штурмом гору Митридат и заняла южные кварталы Керчи. Образовался плацдарм, блокировать который с моря немцы не могли. У Отдельной Приморской армии появился шанс вырваться с Еникальского полуострова на оперативный простор. Но ее силы был истощены в безуспешных боях 4–6 декабря. Три попытки прорваться к горе 7–8 декабря не увенчались успехом. Немцы перебросили к Митридату резервы и начали сжимать плацдарм. Его защитников поддерживали дальнобойные батареи группы Малахова; несмотря на нелетную погоду, пыталась действовать авиация. 7 декабря 15 «Илов» сбросили десантникам 2,9 т патронов и гранат. Срочно был сформирован штаб высадки и отряд капитана 3-го ранга Ф. В. Тетюркина для переброски подкреплений в составе двух бронекатеров и 10 тендеров. В ночи на 8 и 9 декабря катера отряда перебросили 960 бойцов из состава 83-й морской стрелковой бригады и вывезли 650 раненых. Отряды немецких БДБ посылались в дозор в Керченскую бухту, но чувствовали себя там стесненно из-за наличия мин и помешать перевозкам не смогли. Наши катера многократно пересекали минные заграждения без всякого траления, но по не до конца понятной причине ни одного подрыва не было. Умелое использование дымзавес снизило эффективность огня немецких батарей и огневых точек. Многие катера получили повреждения, но ни один не был потоплен.

По итогам боев на Митридате стало ясно, что удержать плацдарм не удастся. Поэтому в ночи на 10 и 11 декабря отряд Тетюркина занимался эвакуацией. Заменивший убывшего Гладкова командир 83-й бригады не справился с ситуацией, потерял управление, и в последнюю ночь организованного сопротивления практически не было. Катера вывезли и подобрали из воды 1440 человек. При этом отряд потерял три единицы.

На этом Керченско-Эльтигенская операция закончилась. Ее цель (освобождение Керченского полуострова) не была достигнута, но советские войска закрепились на плацдарме под Керчью. Изначально операция планировалась с расчетом на эвакуацию противника из Крыма. Наличные средства не обеспечивали запланированные объемы перевозок в намеченные сроки. Вмешательство кригсмарине не ожидалось и в расчетах не учитывалось. Высадка в Эльтигене в существовавших условиях была связана с неоправданным риском. В борьбе за сохранение этого плацдарма были израсходованы совершенно несоразмерные ресурсы. Черноморский флот справился в целом с переправой и снабжением основного десанта, но не решил задачи снабжения вспомогательного десанта и борьбы с блокадными силами. Результаты многочисленных боев в проливе в очередной раз показали, что у нас нет катеров, способных успешно бороться с боевыми катерами и БДБ противника. Высадка на необорудованный берег без полноценных десантных судов резко увеличивала сроки разгрузки и затрудняла переброску тяжелой техники. А это ставило десант в уязвимое положение. Организация взаимодействия между родами войск улучшилась, но была еще очень далека от идеала. Большим шагом вперед стала хорошая работа баз высадки.

Немецкий флот сумел организовать и поддерживать блокаду Эльтигена, хотя неудачно действовал в первые дни. Береговые батареи противника воспретили движение в проливе в южной половине пролива в светлое время и затруднили его в ночное. Для немецкого флота, «малая война на море» и ее средства в межвоенный период явно не относились к числу приоритетных, в отличие от РККФ. Тем не менее, накопленный после начала Второй мировой войны опыт позволил немцам лучше решать возникшие на Черном море в 1943 г. задачи.

В начале 1944 г. у флота снова поменялся командующий. Вместо снятого с должности постановлением ГКО вице-адмирала Л. А. Владимирского с 9 марта временно флотом командовал вице-адмирал Басистый, которого 29 марта сменил вице-адмирал Ф. С. Октябрьский. О его былых прегрешениях пришлось забыть ввиду отсутствия иных, подготовленных к командованию флотом на черноморском театре, кандидатур. Флот находился в оперативном подчинении Отдельной Приморской армии до 31 марта, после чего перешел в подчинение главкома ВМФ адмирала флота Н. Г. Кузнецова.

Основными соединениями флота по состоянию на начало кампании являлись эскадра (линкор, четыре крейсера, пять эсминцев), бригада подлодок, две бригады торпедных катеров, бригада траления и заграждения. Общая численность корабельного состава ЧФ приведена в приложении 1. ВВС располагали 15 авиаполками и двумя отдельными эскадрильями (приложение 3). Помимо этого, имелись береговая и противовоздушная обороны, обладавшие 166 и 242 орудиями соответственно.

Система базирования флота включала главную базу флота – Поти, а также военно-морские базы в Туапсе, Новороссийске и Керчи. Очаковская военно-морская база и Одесская военно-морская база, созданные 06.11.1943 г., находились в стадии формирования. 2 апреля Одесская ВМБ и получившая задачу перебазироваться в Одессу бригада речных кораблей (позже вошла в состав Дунайской флотилии) были переданы в оперативное подчинение 3-му Украинскому фронту. 19 мая Очаковская ВМБ была переименована в Николаевскую, а 15 августа расформирована, при том, что ее силы были переданы в Одесскую ВМБ. Этим же приказом были расформированы Керченская и Туапсинская ВМБ, с передачей их соединений Новороссийской ВМБ. С 25 февраля начала формироваться Севастопольская ВМБ, которая с 3 октября была переименована в Главную. 24 августа, в связи с занятием нашими войсками дельты Дуная, часть сил Дунайской флотилии была выделена в Резервную ВМБ, которую 1 сентября переименовали в Констанцскую ВМБ.