Четыре авианосца были так важны, что их утрата заставила японцев пересмотреть всю структуру своего кораблестроения, даже во вред судам сопровождения, в которых возникла острая необходимость, когда за дело принялись американские подводные лодки. Это было достаточно серьезно, но еще большее значение имело господство в воздухе над океаном. Пока продолжалась операция, Соединенные Штаты успели спустить на воду еще девять авианосцев против двух японских, которым не удалось компенсировать потерю погибших у Мидуэя кораблей. Также свою роль сыграла непредвиденная, имевшая роковые последствия гибель самолетов. Крушение авианосцев стоило японцам двухсот пятидесяти машин; эскадрильи военно-морской авиации, которым полагалось иметь одну треть от общего числа в резерве, внезапно оказались без резерва.

Но самой серьезной оказалась утрата опытных летчиков, которые были сбиты или погибли от бомб, упавших среди готовых к взлету самолетов на палубах авианосцев. Можно сказать, что японцы вышли бы из битвы с меньшими потерями, если бы не пытались атаковать «Йорктаун». Слишком много пилотов погибло зря.

До войны бытовало мнение, зачастую даже весьма категоричное, что «из японцев не выходят хорошие летчики». Перл-Харбор, Коралловое море и Мидуэй, казалось, опровергли это суждение. Японские летчики ни в одном отношении не уступали американским. Но в итоге довоенные заявления оказались верны. Из японцев выходили хорошие летчики только после тщательного отбора и длительного обучения опытными инструкторами, гораздо более длительного, чем требовалось американским летчикам, а в мидуэйской операции погиб весь семенной фонд японской авиации. Незаменимые наставники и командиры эскадрилий с большим боевым опытом были сбиты или пошли ко дну вместе со своими кораблями. Несмотря на отчаянные усилия летчиков, пришедших им на смену на Соломоновых островах, военно-воздушные силы так и не оправились от потери. Новые летчики успевали кое-чему научиться, но не многому, и в одно утро через два года после Мидуэя четыреста четыре самолета были сбиты над Филиппинским морем. Спруэнс пожал плоды тех семян, которые были посеяны 4 июля 1942 года.