С мая по июнь 1909 года Хаусхоферы жили в двухкомнатных апартаментах киотской гостиницы «Мияко». Их номер располагался в возвышавшемся над основным зданием крыле, из которого открывался великолепный вид на город и гряду холмов. В конце августа 1909 года Карл Хаусхофер был направлен на прохождение службы в штаб 16-й дивизии (командир К. Яманака). Однако перед этим он должен был выполнить специальное поручение германского посольства. Для этого он был прикомандирован к 22-му артиллерийскому полку. После этого он был направлен в Маньчжурию, где должен был собрать сведения относительно того, как быстро железнодорожная ветка Антунг — Мукден могла быть превращена в полноценную железнодорожную линию. Ранее указанная узкоколейка использовалась исключительно для продовольственного снабжения. Затем Карл Хаусхофер десять дней пребывал в аннексированной японцами Корее. Вновь со своей супругой он встретился в Мукдене только 22 сентября 1909 года. Через несколько дней они оказались в Пекине. Их обратный путь в Японию лежал через Порт-Артур, куца они прибыли 6 октября. 11 октября 1909 года Карл Хаусхофер уже был на службе в японском полку. Ознакомление со страной и Дальним Востоком закончилось, теперь ему предстояло вновь стать кадровым офицером. Его основная задача сводилась к тому, чтобы обмениваться опытом с японскими военными, перенимать у них возможные новшества. По этой причине Карл Хаусхофер принимал деятельное участие в самых разнообразных тактических учениях и маневрах. 19 ноября 1909 года, в день праздника хризантем, Карл Хаусхофер был представлен императору Мейдзи (прижизненное имя Муцихито) и императрице Харуко. Во время этого приема Хаусхофер познакомился с множеством высокопоставленных политиков: принцем Фушими Хироясу, который был адмиралом флота, премьер-министром графом Коцура Таро и т. д.

В последние семь месяцев пребывания в Японии супруги Хаусхофер жили между Киото и замком Фусими. Однако они так и не смогли в полной мере насладиться красотами страны. Во-первых, из Германии стали приходить тревожные вести, которые касались самочувствия родителей Марты. Она даже стала подумывать о том, чтобы вернуться на родину раньше времени, оставив Карла в Японии. Во-вторых, и у Марты, и у Карла начались проблемы со здоровьем. В итоге было принято решение досрочно покинуть восточную страну, направившись в Германию по железной дороге. Вернувшись в Баварию, они планировали излечиться от набиравших силу болезней. Несмотря на то что у Карла Хаусхофера было подозрение на поражение верхушек легких, он продолжал принимать участие в зимних учениях, что позволяло ему наблюдать за крестьянскими праздниками. Надо отметить, что японцы были не просто гостеприимными хозяевами, они были весьма великодушными, так как ранее ни одному немецкому офицеру не было оказано столько высокой чести. Например, в апреле 1910 года Карла Хаусхофера пригласили в Токио на праздник цветущей сакуры, где он вновь был представлен императору и наследному принцу.

После того как в японском полку был организован торжественный вечер, Карл и Марта Хаусхофер 15 июня 1910 года покинули Киото. Из Японии они прибыли во Владивосток, откуда по Транссибирской железнодорожной магистрали устремились через Иркутск в Москву. 11 июля 1910 года из Москвы отъехали в Варшаву, четыре дня спустя они прибыли в Баварию. Радость от встречи с детьми, родственниками и друзьями была омрачена тем, что Карла Хаусхофера в срочном порядке госпитализировали. У него было выявлено сразу же несколько заболеваний, в том числе эмболия легочной артерии. После выхода из госпиталя Хаусхофер еще на некоторое время был освобожден от несения службы. Как говорится, нет худа без добра. Появившееся свободное время он посвятил своей семье. Именно в это время Карл и Марта Хаусхофер переехали в новый дом, который располагался в Мюнхене на Аркиштрассе. Там они проживут до 1926 года.

Первая половина 1911 года для Карла Хаусхофера была ознаменована тем, что он стал преподавать в военной академии. Он читал курс лекций о различных сражениях с их тактическим анализом. Однако это не освобождало Хаусхофера от участия в маневрах и учениях. Одни из них происходили в середине августа в Графенвёре. Стояла ужасная жара, и назад Хаусхофер прибыл в ужаснейшем состоянии. Постоянная усталость и неспадающая температура заставили вновь обратиться к специалистам. Домашний врач Хаусхофера поставил диагноз — у Карла была непролеченная легочная болезнь. Ситуация была настолько критической, что назначенный 22 августа 1911 года командиром батальона в составе 11-го артиллерийского полка Карл Хаусхофер даже не смог приступить к исполнению своих новых обязанностей. Ему был предоставлен внеочередной отпуск, который он по настоятельному требованию супруги решил провести на курорте Ароза. Однако даже в декабре 1911 года врачи весьма скептически оценивали состояние Хаусхофера. Многие из них вообще выражали сомнение относительно того, чтобы он мог дальше нести службу в армии. Пребывание в Арозе пришлось продлить на несколько месяцев.

В апреле 1912 года, вернувшись из Арозы, Карл Хаусхофер прошел очередное медицинское обследование. Вердикт был неутешительным — он должен был оставить военную службу. В противном случае медики не ручались за жизнь Хаусхофера. Пребывая в глубокой депрессии, он решил смириться со своей судьбой. В это время Марта записала в своем дневнике: «Длительное безделье тяготит Карла. Чтение вслух не может его удовлетворить — ему требуется творчество. Во время вынужденного отдыха он страдает от морального похмелья». В этих условиях Марта предложила своему супругу написать книгу о Японии. Это предложение она сделала в июне 1912 года. Некоторое время Карл противился этому плану, однако затем написал пробную главу, которая тут же была отослана известному издателю Конраду Тёхе-Митллеру. Тот сразу заинтересовался новым проектом. Именно с этого момента можно говорить о том, что Карл Хаусхофер начал свою исследовательскую деятельность. Во второй половине 1912 года он вновь направляется в Арозу, чтобы окончательно избавиться от болезни. Однако он предпочитал не столько лечиться, сколько работать над своим произведением. В этом ему помогала Марта. Опираясь на донесения, которые Хаусхофер направлял из Японии в военное министерство Баварии, он диктовал своей супруге наброски будущих глав. Марта же выступала в качестве машинистки. Она привезла с собой на курорт пишущую машинку. Хаусхофер по нескольку раз вычитывал отрывки, постоянно вносил в них правки. В декабре 1912 года рукопись была направлена в издательство. 17 марта 1913 года вышел ее сигнальный экземпляр. Книга называлась «Дай Нихон» («Великая Япония»).

Вне всякого сомнения, предложенный Мартой Хаусхофер план возымел действие — ее супруг вышел из депрессии и вновь обрел интерес к жизни. Он больше не вел вечера напролет тоскливые беседы о будущем, которое рисовалось ему в мрачных тонах. Однако Марта решила на этом не успокаиваться. Она рекомендовала Карлу направиться в Мюнхенский университет к известному полярному исследователю Эриху фон Дригальски, чтобы поинтересоваться, не имелось ли возможности получить ученую степень по географии. Карл Хаусхофер так и поступил. Он стал изучать географию. Некоторое время спустя сдал кандидатские экзамены. Его прошлая учеба в военной академии была зачтена в качестве базового университетского курса. После этого он стал работать над диссертацией, которая была посвящена участию Германии в налаживании связей с Японией, а также рассмотрению роли Японии в возможных военных конфликтах. Текст диссертации был представлен Эриху фон Дригальски в середине августа 1913 года. Три месяца спустя Карл Хаусхофер получил ученую степень — с этого момента он мог именоваться «доктором философии». Так он сделал шаг в академическую жизнь. До начала Первой мировой войны Хаусхоферу удалось начать несколько исследовательских проектов, совершить пару научных поездок, а также принять участие в географическом конгрессе, который проходил в Страсбурге.