Со времени публикации работ С. М. Соловьева и Н. И. Костомарова начинается своеобразная историографическая «развилка» в изучении биографии Лжедмитрия. Все основные вопросы и заслуживающие внимания версии этими историками были сформулированы и обсуждены, а самозванец стал восприниматься как более сложный, вовсе не однозначно отрицательный герой русской истории. Это чутко уловил Алексей Константинович Толстой, представивший еще одного Григория Отрепьева на русской сцене в завершающей части своей драматической трилогии «Царь Борис» (1870). В его пьесе все участники угличского дела, окольничий Андрей Клешнин, старица Марфа — бывшая царица Мария Нагая, знают, что Дмитрий убит, уверены в преступлении Бориса Годунова, но согласны принять того, кто назвался именем царевича Дмитрия, чтобы он отомстил Годуновым. Петр Басманов, принимая награды от царя Бориса, отдает должное храбрости Вора и даже готов сравнить его со «сражающимся львом». Однако в финальном монологе Борис Годунов обращался к боярам с обличением любой лжи, даже во имя интересов царства:

В этом итог жизни царя Бориса в пьесе А. К. Толстого, а также — другой финал известной исторической драмы Лжедмитрия. Пришло время и для оперы М. П. Мусоргского, снова и снова знакомившей ее слушателей с почти запретным ранее историческим сюжетом. Музыкальные образы мятущегося Бориса Годунова, упоенного своей тайной Самозванца и надменной Марины Мнишек стали господствовать над самой подлинной историей.

Тайна самозваного царя Дмитрия привлекала многих желающих в ней разобраться. Следствием стало появление все новых и новых материалов, без знакомства с которыми уже трудно представить историческое исследование о Лжедмитрии. Интересной находкой, немного приблизившей к разгадке тайны Лжедмитрия, стала запись на книге, обнаруженная профессором Волынской семинарии Амвросием Добротворским. Оказалось, что в 1602 году в Литве действительно путешествовали три монаха — Григорий (будущий московский «царевич»), Варлаам и Мисаил. Они получили в подарок от киевского воеводы князя Константина Острожского книгу святого Василия Великого «О постничестве» и сами сделали запись об этом60. Таким образом, историки получили надежное подтверждение подлинности «Извета Варлаама», из которого известно об обстоятельствах ухода этой троицы в Литву. Были обнаружены знаменитые парные портреты Дмитрия и Марины Мнишек, происходившие из Вишневецкого замка; журнал «Русская старина» в 1876 году впервые опубликовал большим тиражом гравюру с портретом самозванца работы Л. Килиана.

Увидев Лжедмитрия таким, каким его видели польские современники, историки все равно продолжали спорить. Традиционный взгляд на самозванца по-прежнему находил своих сторонников. В частности, П. С. Казанский собрал доказательства о гибели настоящего царевича Дмитрия в специальном очерке, опубликованном в «Русском вестнике» в 1877 году. В новой версии событий Смуты Дмитрия Ивановича Иловайского — автора еще одного общего труда об этой эпохе (1894) — получалось, что Лжедмитрий был авантюристом и игрушкой в руках поляков, использовавших его, чтобы сеять смуту на Руси. По мнению Д. И. Иловайского, с появления самозванца собственно Смута и начиналась (как и изложение событий в его книге об этом времени): «Адский замысел против Московского государства — замысел, плодом которого явилось самозванство — возник и осуществился в среде враждебной нам польской и ополяченной западно-русской аристократии». Такой крайне консервативный взгляд заставлял быть последовательным. Для полноты своей концепции Д. И. Иловайский вынужден был отказаться даже от официальной версии тождества Лжедмитрия и Григория Отрепьева, заменив ее предположением, что Лжедмитрий был «уроженец Западной Руси и притом шляхетского происхождения»61. Привыкнув к стилистике гимназических учебников, одобренных Министерством просвещения, Иловайский доказательствами себя не утруждал… Однако странно было читать такую историю Смуты после появления исследований Н. Левитского и В. С. Иконникова, опровергнувших представление о Лжедмитрии как о проповеднике католичества. Скорее, как не особенно изящно, но определенно выразился Н. Левитский, в самозванце можно было видеть «либерального царя, зараженного иноземщиной». Если замысел пропаганды католичества и существовал, то Лжедмитрии был первым, кто сумел его разрушить62.

Окончательно все легенды и версии о сознательной подготовке самозванца отцами-иезуитами были развенчаны… одним из них, о. Павлом Пирлингом, написавшим фундаментальный труд о взаимоотношениях России и папского престола, основанный на архивах Ватикана. История царевича Лжедмитрия стала одной из любимых тем о. Павла Пирлинга, впервые обратившегося к ней еще в 1870-е годы в книге на французском языке «Рим и Дмитрий»63. Он досконально изучил реакцию Ватикана на появление московского «господарчика» в Речи Посполитой и опубликовал переписку с римским престолом самого «Дмитрия», нунция Клавдия Рангони, сандомирского воеводы Юрия Мнишка и его дочери Марины Мнишек. В отличие от многих русских авторов, слабо или вовсе незнакомых с внутриконфессиональными порядками католической церкви (не говоря уж об ее архивах и написанных на латыни и итальянском языке документах), о. Павлу Пирлингу удалось раскрыть мотивы двойственного поведения Лжедмитрия. Тайное принятие им католичества было вынужденным политическим шагом. И в Ватикане не питали иллюзий в отношении своего подопечного, не выполнившего никаких обещаний после того, как он стал московским царем.

Из всех находок о. Павла Пирлинга, пожалуй, самой важной оказалось собственноручное письмо Лжедмитрия папе Клименту VIII, написанное в апреле 1604 года. Факсимильная публикация текста памятника в 1898 году была всесторонне проанализирована известными лингвистами и историками И. А. Бодуэном де Куртене64, В. А. Бильбасовым65 и С. Л. Пташицким66. Исследователи пришли к однозначному выводу, что автором документа был человек, не совсем уверенно знавший польский язык. Все догадки и предположения в теме о происхождении самозванца должны были уступить место доказательствам, и специалисты приняли версию о том, что Лжедмитрий — выходец из русских земель. Еще один важный документ, впервые опубликованный на русском языке в приложении к труду о. Павла Пирлинга «Россия и папский престол», — подробная депеша об обстоятельствах появления Дмитрия, отосланная нунцием Клавдием Рангони новому папе Павлу V в Рим 2 июля 1605 года67.

Подробное исследование источников, связанных с историей самозванца, провел Евгений Николаевич Щепкин в работе «Кто был Лжедмитрий I» (его труд был опубликован на немецком языке в редком славистическом издании в 1898–1900 годах)68. «Спрятать» так глубоко свои взгляды он имел все основания, так как выдвигал гипотезу о том, что Лжедмитрий мог быть незаконнорожденным сыном царя Ивана Грозного или его сына Ивана, — вряд ли бы обычная цензура пропустила такое в печать. В работе Е. Н. Щепкина Григорий Отрепьев и Лжедмитрий предстают двумя разными людьми. И самих Отрепьевых, по мнению исследователя, было двое, «№ 1» и «№ 2», причем происходили они соответственно из Галича и Углича. Александр Гиршберг, польский автор биографий Дмитрия Самозванца и Марины Мнишек, подчеркивал, что основой для появления человека, взявшего на себя роль убитого Дмитрия, могла быть взаимная заинтересованность служилых людей Смоленской и Северской земель в сближении со шляхтой Речи Посполитой, в первую очередь с князьями Вишневецкими69.