9 ноября 1939 года нарком внутренних дел Берия подписал приказ «О недостатках в следственной работе органов НКВД». Согласно этому документу, надлежало установить повсюду строгий контроль над соблюдением всех уголовно-процессуальных норм, а тех людей, кто был арестован незаконно, – освободить. Прежде всего это относилось к арестам, совершенным при предшественнике Берии, Ежове. После выхода приказа только до конца 1939 года было освобождено свыше трехсот тысяч человек. В приказе были приведены многочисленные примеры не только небрежного расследования или обращения с документами, но и случаи, когда человек, чье дело было прекращено постановлением прокуратуры, оставался в заключении по воле сотрудника НКВД. Было и такое, когда в тюрьме находился заключенный, на которого не было даже заведено никакого дела.

26 октября 1940 года Берия подписал приказ «О награждении работников НКВД». Ряд сотрудников надлежало премировать в размере месячного оклада, другим полагалось в награду по 800 рублей. Среди тех, кто был отмечен в первой части списка, значился майор В. М. Блохин, дослужившийся впоследствии до генерал-майора. С 1926 по 1953 год он был начальником комендатуры ОГПУ – НКВД – МГБ, и среди его обязанностей была организация расстрелов. Существует мнение, подкрепленное свидетельствами очевидцев, что Блохин регулярно расстреливал приговоренных лично и на его счету десять, а то и пятнадцать тысяч убитых. Пользовался он при этом немецким пистолетом «вальтер». В конце 1953 года Блохин был уволен со службы и лишен воинского звания, вскоре после чего, по разным версиям, то ли умер от инфаркта, то ли застрелился.

27 мая 1940 года произошло первое покушение на Л. Д. Троцкого, организованное по приказу Сталина и окончившееся неудачей. Руководил этой акцией (получившей название «Операция „Утка“») советский секретный агент, разведчик-нелегал, работавший в странах Латинской Америки. В этот день группа вооруженных автоматическим оружием молодых людей под командованием известного мексиканского художника (и по убеждениям – пламенного революционера, сторонника СССР и верящего в непогрешимость Сталина) Д. Сикейроса ворвалась на виллу, где жил Троцкий, и начала неприцельную стрельбу. Но ни сам Троцкий, ни его родные (жена и внук), успевшие спрятаться за массивной кроватью, не пострадали. Вызванная после ухода налетчиков полиция нашла на стенах множество следов от выстрелов и начала расследование, которое привело к Сикейросу. Но, несмотря на все заявления Троцкого, так и не было доказана роль Сталина в организации этого покушения. Однако эта попытка избавиться от Троцкого не стала последней, хотя его роль как внешнего врага Советского Союза, по мнению Сталина, уже была исчерпана.

20 августа 1940 года Лев Давидович, живший на своей вилле в Мексике, был смертельно ранен, получив удар ледорубом по голове от агента НКВД Р. Меркадера. Несмотря на все усилия врачей, через несколько часов Троцкий скончался. Его убийца, сданный в полицию, на суде заявил о своих идейных разногласиях с Троцким, умолчав о том, что исполнил тайную волю Сталина. Да и официальные представители СССР опровергли версию о причастности к убийству, обвинив в этом тех, кто поначалу поверил Троцкому, а затем разочаровался в нем и его лживых идеях.

Состоялся суд, приговоривший Меркадера к двадцати годам заключения. Он отбыл их полностью, после освобождения уехал на Кубу, откуда его тайно переправили в СССР. Здесь руководители страны и разведки выполнили обещание о награде, данное более двадцати лет назад. 8 июня 1960 года убийце врага советского народа Л. Троцкого – Р. Меркадеру были вручены руководителем КГБ СССР А. Н. Шелепиным орден Ленина и медаль «Золотая Звезда» (за номером 11 089). Указ Президиума Верховного Совета СССР о награждении Лопеса Рамона Ивановича (на эту фамилию Меркадеру были оформлены документы в Советском Союзе) был подписан немногим более чем за неделю до этого, 31 мая 1960 года. Помимо звания Меркадеру дали четырехкомнатную квартиру и государственную дачу.

Организация покушений на Сталина регулярно вменялась среди прочего в вину «врагам народа».

Одно из покушений произошло 16 ноября 1931 года в Москве. В вождя попытался выстрелить из револьвера офицер белой армии Огарев, приехавший в Москву как представитель западной нефтеторговой фирмы. Огарев был активным деятелем «Русского общевоинского союза»{Объединял русские эмигрантские военные организации и союзы во всех странах в 1924–1940 годах, создан генералом П. Н. Врангелем.}, об этом стало известно НКВД, отследившему его приезд и обеспечившему Огарева квартирой, хозяин которой был сотрудником спецслужб. Были подозрения, что приезжий работает на английскую разведку. 16 ноября Огарев и хозяин квартиры отправились на прогулку после обеда и на Ильинке столкнулись со Сталиным, который шел, как это тогда было принято, в сопровождении единственного охранника – Власика. Огарев на мгновение застыл, глядя на советского вождя, а потом потянулся за револьвером, но чекист успел сбить террориста-импровизатора с ног. После этого появилось специальное решение Политбюро, запрещавшее Сталину ходить пешком по Москве.

25 января 1939 года на советско-турецкой границе была уничтожена группа диверсантов, намеревавшаяся организовать покушение на Сталина в Мацесте, где советский вождь периодически поправлял здоровье в санатории, принимая лечебные ванны. Идея такого покушения принадлежала беглому сотруднику НКВД – начальнику Дальневосточного управления Г. С. Люшкову, который за некоторое время до того перешел в Манчжурии границу и попал к японцам. В свое время Люшков был начальником Азово-Черноморского управления НКВД и знал особенности устройства ванного корпуса санатория. Ночью по водостоку, где в это время снижался уровень воды, можно было добраться до подсобных помещений корпуса. Осуществить покушение должны были бывшие белогвардейцы. Но агент НКВД выяснил их планы задолго до подхода к границе, и группу уже ждала засада.