В то же время необходимо отметить, что на первых порах попытки организации партизанских действий были не вполне удачны. Так, по состоянию на 1 марта 1942 г. из 1974 партизанских отрядов, сформированных и заброшенных на оккупированную территорию Украины, в ЦК компартии Украины имелись сведения только о 241 отряде. В течение второй половины 1941 г. на оккупированную территорию Белоруссии было отправлено 437 отрядов. Но к началу 1942 г. в числе действующих значилось только 50 отрядов. На 10 июля 1942 г. в Ленинградской области действовало 72 партизанских отряда. Значительно лучше обстояли дела у смоленских, брянских и калининских партизан, где через год осталось до 25–30 % отрядов и групп, переброшенных или оставленных в тылу противника при отходе наших войск. В Ленинградской области на оккупированной территории в первый период войны немцам удалось разбить 4 партизанские бригады, 41 партизанский отряд, уничтожить десятки подпольных организаций и групп.

В организации и развитии партизанского движения было два этапа. Для первого из них (1941 — осень 1942 гг.) характерно стремление партизанских формирований к обособленным действиям на территории своих районов и областей. Разрозненные вылазки приводили к большим потерям. На втором этапе (осень 1942 — осень 1944 гг.) наметился переход к крупным, хорошо спланированным и подготовленным операциям. Из разрозненных и эпизодических акций в первый период партизанские действия становятся более эффективными. Появилась тенденция к объединению отдельных отрядов в партизанские соединения и созданию для руководства их деятельностью штабов партизанского движения (ШПД).

Создававшиеся партизанские отряды столкнулись с опытным противником, вооруженным современной техникой и заранее подготовленным к борьбе с партизанами. Не всем из них удалось выдержать испытания первых месяцев войны. Отсутствие должной подготовки и вооружения тормозило их боевую деятельность. Многие отряды, выйдя в наш тыл, рассыпались, другие погибли вследствие предательства. Некоторые командиры партизанских отрядов в первые месяцы войны боялись широко привлекать в свои отряды население, оставшееся в тылу противника. Это приводило к замкнутости многих партизанских групп и снижало их боевые возможности.

Самым трудным периодом для развития партизанского движения была зима 1941/42 г. Но уже к 1942 г. партизанская война вступила в новую фазу своего развития. К этому времени Красная Армия не только остановила противника на некоторых участках фронта, но и в ходе Московского контрнаступления смогла отбросить его к западу. Массовое вступление местных жителей в партизанские отряды стало происходить уже в первой половине 1942 г. — к этому времени население окончательно разобралось, что оккупация несет не свободу, о которой так трубила нацистская пропаганда, а смерть и рабство. Немцы совершенно неожиданно для себя встретили вооруженное противодействие, стоившее им весьма ощутимых потерь. К апрелю 1942 г. в Белоруссии, в Ленинградской, Смоленской, Орловской и Брянской областях насчитывалось 11 партизанских краёв. Они охватывали обширную территорию в тылу врага. Гарнизоны противника занимали в них лишь важные, узловые пункты. Впоследствии подобные партизанские зоны были созданы и в других оккупированных областях.

Однако по мере расширения партизанского движения стали чувствоваться недостаток в централизованном руководстве, отсутствие подготовленных кадров, нехватка вооружения и очень плохое снабжение. Следует отметить, что руководство страны в начальный период войны уделяло недостаточное внимание снабжению партизанских формирований. Так, например, командиры партизанских отрядов Федоров, Кизя и Бегма ещё в 1941 г. сообщили в центр, что «создание в тылу врага народных партизанских армий вполне реально при достаточной заброске им вооружения и боеприпасов». Неуместно считается, что Сталин не разделял такое мнение. Якобы он считал, что оружие и боеприпасы партизаны должны сами добывать в бою. Впоследствии это было закреплено в директиве Центрального штаба партизанского движения (ЦШПД) от 18 августа 1942 г. и в разделе «Партизанские действия» Полевого устава РККА в 1943 г. Утверждают, что-де такая установка нанесла огромный вред и являлась тормозом в развитии партизанского движения. Однако если разобраться честно и беспристрастно, то это подлая клевета. В связи с катастрофическим для СССР — по вине высшего военного командования — началом войны в 1941 г., захватом противником запасов РККА, массовой эвакуацией промышленности, прежде всего оборонной и тому подобными огромными проблемами, у центра просто не было возможностей для обеспечения партизан снаряжением и боеприпасами. Тем более для регулярного их снабжения. Всего этого не хватало действующей армии. Именно поэтому-то Сталин и поставил задачу самообеспечения партизан за счёт противника. И в дальнейшем проведение курса на самообеспечение тоже было правильным, потому что центр чисто физически не мог обеспечить регулярные поставки снаряжения и боеприпасов. Это было нереально в силу огромных масштабов партизанского движения. Выше уже приводились цифры действовавших партизанских соединений и их численности. Но это вовсе не значит, что центр вовсе отказался от снабжения партизан. Напротив, помощь приобрела характер острой целенаправленности — партизанам отправлялись именно те боеприпасы и то снаряжение, которые они не могли добыть у гитлеровцев, но которые имели колоссальное значение в осуществлении диверсионных мероприятий. А начиная уже с мая 1942 года, когда перебазированные на восток тысячи промышленных предприятий развернули генеральное наступление на экономическом фронте и появилась реальная возможность не в ущерб регулярной армии наладить должный уровень снабжения партизан, то, естественно, это было сделано. Факты свидетельствуют, что с указанного времени для партизан стали поставлять специальное оружие для бесшумной стрельбы, специальные зажигательные снаряды, портативные мины мгновенного и замедленного действия большой мощности, удобные для эксплуатации в тылу врага коротковолновые радиостанции, благодаря которым к концу 1943 г. 93 % партизанских формирований имели надежную радиосвязь с центром. Более того. Для обеспечения партизан были созданы специальные отдельные эскадрильи авиации дальнего действия, задействовались также и гражданский воздушный флот и фронтовая авиация. За годы войны советские летчики выполнили 109 тысяч самолетовылетов в партизанские отряды и соединения, в том числе и с посадкой на партизанские аэродромы.

Расширение масштабов партизанской войны требовало централизации руководства и координации боевых действий партизанских формирований и нанесения их ударов по противнику для оперативного содействия Красной Армии. В связи с этим появилась необходимость в создании единого органа военно-оперативного руководства партизанской войной. 24 мая 1942 г. заместитель наркома обороны генерал-полковник артиллерии Н. Н. Воронов обратился к Сталину с предложением о создании единого центра по руководству партизанскими и диверсионными действиями. Он обосновывал это тем, что почти годичный опыт войны показал низкий уровень руководства партизанской борьбой в тылу врага, что ею руководят различные органы. Воронов, в частности, указал на то, что «партизанской войной у нас занимаются ЦК ВКП(б), НКВД, немного Генеральный штаб и ряд руководящих работников Белоруссии и Украины». Сталин по достоинству оценил предложение Н. Н. Воронова, и уже 30 мая 1942 г. Государственный комитет обороны (ГКО) принял решение о создании при ставке Верховного Главнокомандования (СВГК) Красной Армии Центрального штаба партизанского движения. Его начальником был назначен от ЦК ВКП(б) секретарь ЦК КП(б) Белоруссии П. К. Пономаренко, непосредственно подчиненный Верховному Главнокомандующему. Его заместителем от НКВД стал В. Т. Сергиенко, от Генштаба РККА — Т. В. Корнеев. Это решение положило начало централизованному руководству партизанским движением. Одновременно с ЦШПД при Военных советах соответствующих фронтов были созданы фронтовые штабы партизанского движения: Украинский (при Военном совете Юго-Западного фронта), Брянский, Западный, Калининский и Ленинградский. Несколько позже решением ГКО были образованы также ШПД: Южный — Краснодарский — 3 августа 1942 г., Белорусский — 9 сентября 1942 г., Воронежский — в октябре 1942 г., Эстонский — 4 ноября 1942 г., Латвийский — 8 января 1942 г., Литовский — 20 ноября 1942 г., Крымский — в июле 1943 г. и др. При этом подчиненность фронтовых ШПД была двойственной: с одной стороны, они подчинялись ЦШПД, а с другой — Военным советам соответствующих фронтов, и в то же время они координировали свои действия через секретарей обкомов, которые в основном стояли во главе фронтовых ШПД. Вскоре фронтовые штабы стали областными.