Гермоген оказывает Шуйскому не только моральную, но и материальную поддержку. Он передал царю Василию большую часть патриаршей казны, обложил самые богатые монастыри огромным принудительным безвозвратным займом в пользу царя. Особенно пострадали Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев монастыри. Келарь последнего Авраамий Палицын писал «о последнем грабеже в монастыре от царя Василия».

«Благочестивый царь» немедленно пустил на переплавку драгоценную церковную утварь, чем добыл довольно приличные запасы золота. В результате церковных экспроприаций Василий Шуйский первым из московских властителей стал в начале 1607 года чеканить золотые монеты. Естественно, что большинство этих золотых монет ушло на оплату русских и иностранных наемников.

7 июня 1607 года войска князя Андрея Голицына разбили войско Болотникова на реке Восме. Получив известие о победе, Гермоген немедленно разразился «богомольной» грамотой. В грамоте традиционно обличались противники Шуйского, «восстающи на церкви божии и на христианскую нашу истинную веру». Замечу в скобках, что в войске Болотникова почти не было поляков. Было, правда, несколько немцев-лютеран, которые исправно служили еще царю Борису. Победу на Восме, по мнению патриарха, обеспечило вмешательство свыше: «И такая, сыну, великая победа благочестивому государю нашему... совершилась милостью небесных сил».

После взятия Тулы и пленения Болотникова и «царевича Петра» царь Василий распустил войско, а сам отправился в Москву, считая войну законченной.

Гермоген был возмущен, всеми силами он пытался заставить царя идти на Стародуб Северский, занятый Лжедмитрием II. Причем обвинить лично Василия Шуйского в глупости и трусости патриарх не решился, зато вволю обличал «советников лукавых», которые «царя уласкали в царствующий град в упокоение возвратиться, когда грады все украинные в неумиримой брани шли на него» и «еще крови не унялось пролитие».

Но все было напрасно. Пятидесятипятилетнему царю попал бес в ребро. 17 января 1608 года состоялась царская свадьба. Василий Иванович женился на Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, которая была почти втрое моложе него. В летописи сказано, что патриарх молил царя отказаться от сочетания браком, но юная Машенька была куда милей царю, чем суровый старец.

Вскоре дела Шуйского пошли совсем плохо. Лжедмитрий II стал с войском в Тушине, его признали десятки русских городов. Царь Василий надоел и многим москвичам.

Первая попытка переворота произошла 17 января 1609 года в субботу на Масленице. Большая толпа заговорщиков во главе с Григорием Сунбуловым, князем Романом Гагариным и Тимофеем Грязным ворвалась в Кремль. Заговорщики обратились к боярам с требованием свергнуть Шуйского, но бояре разбежались по домам ждать исхода переворота. Один только боярин князь Василий Васильевич Голицын явился на площадь. Заговорщики ворвались в Успенский собор и потребовали от Гермогена идти на площадь, но тот отказался. Тогда патриарха потащили силой, по дороге обсыпая его песком и мусором, хватали за грудки и трясли. Заговорщики поставили Гермогена на Лобное место и объявили собравшемуся народу, что Шуйский избран царем незаконно.

Гермоген горой встал за Шуйского: «Сел он, государь, на царство не сам собою, выбрали его большие бояре и вы, дворяне и служилые люди, пьянства и никакого неистовства мы в нем не знаем. Да если бы он, царь, вам и неугоден был, то нельзя без больших бояр и всенародного собрания с царства свести». Тогда заговорщики закричали: «Шуйский тайно побивает и в воду сажает братью нашу, дворян и детей боярских, жен и детей, и таких побитых с две тысячи». Патриарх спросил их: «Как же это могло случиться, что мы ничего не знали? В какое время и кто именно погиб?» Заговорщики продолжали свое: «И теперь повели многих нашу братью сажать в воду, за это мы и стали». Гермоген опять спросил: «Да кого же именно повели в воду сажать?» В ответ заговорщики закричали: «Мы послали уже ворочать их, сами увидите!»

Потом заговорщики зачитали грамоту, написанную ко всему миру из московских полков: «Князя Василья Шуйского одною Москвою выбрали на царство, а иные города того не ведают, и князь Василий Шуйский нам на царстве не люб и для него кровь льется и земля не умирится: чтоб нам выбрать на его место другого царя?» На что Гермоген сказал: «До сих пор Москве ни Новгород, ни Казань, ни Астрахань, ни Псков и ни которые города не указывали, а указывала Москва всем городам. Государь царь и великий князь Василий Иванович возлюблен и избран и поставлен богом и всеми русскими властями и московскими боярами и вами дворянами, всякими людьми всех чинов и всеми православными христианами».

Сказав это, Гермоген демонстративно отправился на свое подворье. Он сделал свое дело. Пререкания мятежников с патриархом дали возможность Шуйскому срочно подтянуть стрельцов и немцев к своему дворцу. И когда мятежники потребовали царя, тот вышел на крыльцо и закричал: «Зачем вы, клятвопреступники, ворвались ко мне с такою наглостью? Если хотите убить меня, то я готов, но свести меня с престола без бояр и всей земли вы не можете».

Но заговорщиков смутила не сия грозная речь, как писал С. М. Соловьев, а сотни пищалей и мушкетов, направленных на толпу. Хватило бы ума у Сунбулова и Гагарина подтащить хоть пару пушек, то картечь бы быстро решила исход переговоров. Но ни кромвелей, ни бонапартов среди заговорщиков не оказалось. Они просто спокойно разошлись по домам, поругивая «шубника», стрельцов и нехристей немецких.

На следующий день Сунбулов, Гагарин, Грязной и около трехсот их сообщников спокойно отправились в Тушино, а Василий Васильевич Голицын как ни в чем не бывало заявился в Боярскую думу.

Гермоген был взбешен и в гневе отправил две грамоты в Тушино. Первая грамота была адресована тем, кто ушел к Лжедмитрию II после 17 февраля, а вторая к тем, кто оказался в Тушине еще раньше.

Обе грамоты написаны, на первый взгляд, весьма эффектно, но при внимательном рассмотрении это не более чем набор слов, в котором нет ни реальных угроз, ни реальных предостережений. В игре с самозванцами ни у Шуйского, ни у Годунова не было козырей.

Отметим еще один любопытный момент — в обеих грамотах нет персоналий, то есть никто не упомянут поименно, кроме Филарета, да и то вскользь. Не только в этих грамотах, но и в других документах Гермоген обличает тушинского царя, но старательно обходит тушинского патриарха. Это дало повод дальнейшим официальным историкам говорить, будто Гермоген понимал, что Филарет содержится в Тушине силой, что его заставляют подписывать патриаршьи грамоты, составленные другими людьми, и т. д. На самом деле и царь, и патриарх от лазутчиков и перебежчиков досконально знали обо всем, что делается в тушинском лагере. Гермоген не обольщался насчет роли патриарха Филарета, но, будучи умным политиком, понимал, что нападки на Филарета и других Романовых могут лишь повредить делу Шуйского.

В Тушине на грамоты Гермогена никто просто не обратил внимания. На переходах дворян и служилых людей из Тушина в Москву и обратно они никак не отразились. Интенсивность переходов зависела от жалований царя Василия и самозванца, цен на продовольствие в Москве и Тушине и многих других факторов, среди которых мнение патриарха Гермогена если не отсутствовало вовсе, то было на последнем месте.