В Киеве Прокопович стал преподавать в академии сначала пиитику, потом риторику, философию и, наконец, богословие. По всем этим предметам он составил руководства, для которых были характерны ясность изложения и отсутствие схоластических приемов. Феофан для школьной сцены написал «трагедо-комедию» «Владимир», которая рассматривалась им как упражнение в пиитике, стихосложении. В этом произведении изображалась победа христианства над язычеством, осмеивались жрецы как поборники суеверия и невежества.

Феофан выступал горячим защитником просвещения и сторонником начавшихся реформ Петра I. Особенно Петру I понравился панегирик, составленный им по случаю Полтавской победы 1709 г. В 1711 г. Прокопович был вызван в царский лагерь во время турецкого похода, а по возвращении оттуда поставлен игуменом Братского монастыря и ректором Киево-Могилянской академии. Он, продолжая свою преподавательскую деятельность, издал ряд популярных рассуждений, диалогов и проповедей по различным богословским вопросам. Все эти сочинения отличаются живым и остроумным изложением и стремлением к критическому анализу. Феофан являлся заклятым противником всего католического в науке и жизни. Он был поклонником новой европейской науки, созданной Бэконом и Декартом; решительно выступал с резким, принципиальным отрицанием всякого авторитета духовенства как учительского сословия, требуя свободного, критического отношения ко всем научным и жизненным вопросам. В основе его концептуального, методологического подхода лежало опровержение теории о первенстве духовной власти над светской. Он не признавал тезиса о первенстве духовенства над всеми прочими общественными классами, что было характерно для папизма, для католического взгляда на мироустройство.

С такими взглядами на значение и положение духовенства в государстве Феофан закономерно стал сторонником сильной светской власти, обосновывал необходимость церковных и государственных реформ. Его взгляды были созвучны замыслам российского императора. Петр I оценил выдающиеся способности и правильное направление мыслей Феофана Прокоповича и в 1716 г. вызвал его в Петербург. Здесь Феофан сначала выступил в качестве проповедника-публициста, разъясняя действия правительства и доказывая необходимость преобразований, а также осмеивая и сатирически обличая ее противников. Из этих проповедей особенно замечательны «Слово о царском путешествии за границу» и «Слово о власти и чести царской» (1718), посвященное доказательству необходимости для России неограниченного самодержавия. Проповедник особенно ополчался на «богословов», полагавших, что власть духовная выше светской. Феофан Прокопович одновременно выступил и как предшественник отдела пропаганды и агитации ЦК КПСС, и как PR-менеджер своего времени.

В 1718 г. он стал епископом Псковским и главным помощником Петра Великого в делах духовного управления. Через руки Феофана проходят, им составляются или, по крайней мере, редактируются все важнейшие законодательные акты по делам церкви. Он продолжал писать учебники, богословские и политические трактаты; по поручению царя готовил предисловия и толкования к переводам иностранных книг. Ф. Прокопович составил «Духовный регламент» (1720), предисловие к Морскому уставу (1719), «Слово похвальное о флоте российском», краткое руководство для проповедников, «Объявление» о монашестве (1724), трактат о патриаршестве, «Первое учение отрокам», рассуждения о браках с иноверцами, о крещении, о расколе и т. д.

Особое значение имел подробный комментарий Ф. Прокоповича к «Уставу о престолонаследии», известный под заглавием «Правда воли монаршей в определении наследника державы своей». Прокопович обосновывал право монарха на назначение преемника по собственному выбору без оглядки на какие-либо традиции. Следует вспомнить, что в 1719 г. погиб родной сын Петра Алексей, и выбирать наследника престола было в общем-то не из кого. Феофан Прокопович существенно поддержал императора в его тяжелых раздумьях по поводу обычной российской проблемки – о преемнике. Монарх самый мудрый. Как решит, так и будет. Трудно отказать Ф. Прокоповичу в исключительном политическом чутье.

С 1720 г. Феофан был архиепископом Новгородским и вскоре затем сделался первенствующим членом Священного синода. Следует вспомнить, что патриарх Адриан, десятый за первый период патриаршества в России, умер еще в 1700 г. Петр Алексеевич очень не хотел назначать нового патриарха. Интеллектуальная поддержка со стороны Феофана позволила Петру I ликвидировать патриаршество и завершить огосударствление Православной церкви.

Мощное давление со стороны императора повлияло на формирование в Русской православной церкви своеобразной ситуации. Влиятельные представители великорусской церковной партии и старшие иерархи из киевских ученых, руководителем которых был Стефан Яворский, в своих воззрениях на отношения светской власти к духовной, а также и в некоторых богословских вопросах фактически склонялись к католическому учению. Феофан же стоял на точке зрения, близкой к убеждениям протестантских богословов, среди которых он имел немало друзей и почитателей. Любимец императора обладал ясным логическим умом и язвительным остроумием. Он выступал во всеоружии огромной эрудиции и в качестве полемиста был очень опасным противником. Его теорию так называемого «просвещенного деспотизма» всецело разделял государь. При Петре I Феофан чувствовал себя вполне защищенным от многочисленных врагов.

После смерти Петра Великого обстоятельства изменились. Староцерковная партия подняла голову. На Феофана обрушивались удар за ударом. Ему пришлось выдержать ожесточенную и опасную борьбу, отражая обвинения уже не столько богословского, сколько политического характера. Она могла бы кончиться для него неблагополучно, если бы ему не удалось искусно воспользоваться обстоятельствами вступления на престол императрицы Анны Ивановны и стать во главе партии «среднего чина людей», которые разрушили замыслы «верховников» подачей государыне известной челобитной о восстановлении самодержавия. Феофан вновь приобрел прочное положение при дворе и в Синоде и обрушился на своих старых врагов, полемику с которыми на этот раз повел уже не столько в литературе, сколько в застенках тайной канцелярии.

В новой исторической обстановке официальный проповедник-публицист постепенно превращался из прогрессивного деятеля в последовательного консерватора. Он оставался в своем амплуа блестящего панегириста, но уже стал оправдывать существующий порядок даже и в тех случаях, когда он противоречил его собственному идеалу. Впрочем, и в эту тяжелую для него пору Феофан все-таки оставался человеком, высоко ценившим и, по возможности, отстаивавшим науку и просвещение. В лучших своих произведениях он представлял критически-обличительное направление, в рамках возможного выступал против невежества, ханжества и суеверия, а также показной псевдоучености. Его идеалом был просвещенный человек в просвещенном государстве. Феофан сатирически изображал современную ему русскую жизнь. Его, может быть с некоторым преувеличением, можно назвать первым русским сатириком, первым представителем того направления, к которому впоследствии примкнули лучшие литературные силы. Влияние Прокоповича обнаруживается в сатирах Кантемира, в которых можно найти идеи, образы из проповедей петровского публициста. Труды Феофана Прокоповича досконально изучал В. Н. Татищев. Умер певец неограниченного самодержавия в России Феофан Прокопович 8 сентября 1736 г. Но дело его живет. Риторика Феофана явно слышится в пафосных выступлениях некоторых современных российских идеологов и политиков.