Европейская слава Леонардо да Винчи не спасла художника от денежных проблем, которые продолжали его преследовать. После недолгой остановки во Флоренции Леонардо отправился в Рим, где работал для Джулиано де Медичи, но к тому времени здоровье художника начало ухудшаться. В 1516 году французский король Франциск I предложил великому мастеру поселиться в поместье Клуа, неподалеку от его замка в Амбуазе. Здесь Леонардо и провел последние дни, систематизируя свои записки. Умер он второго мая 1519 года вскоре после своего шестидесятисемилетия. Миланский период его творчества считается самым продуктивным.

Портрет Беатриче д'Эсте кисти Леонардо на южной стене трапезной Санта Мария делле Грацие от времени почти стерся, но ее бледный профиль все еще можно разглядеть на фреске Монторфано. Напротив — «Тайная вечеря» Леонардо. Прекрасный бюст Беатриче работы Кристофоро Романо хранится в Лувре, а великолепная гробница Лодовико и Беатриче ныне находится в Павии.